PDB-4eqm: Structural analysis of Staphylococcus aureus serine/threonine kin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eqm

タイトル

Structural analysis of Staphylococcus aureus serine/threonine kinase PknB

要素

Protein kinase

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / serine/threonine protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane => GO:0016020 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Rakette, S. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Structural Analysis of Staphylococcus aureus Serine/Threonine Kinase PknB.
著者: Rakette, S. / Donat, S. / Ohlsen, K. / Stehle, T.

履歴

登録	2012年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eqm.cif.gz	320.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eqm.ent.gz	259.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eqm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4eqm_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4eqm_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	4eqm_validation.xml.gz	60.7 KB	表示
CIF形式データ	4eqm_validation.cif.gz	75.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/4eqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/4eqm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7jj8-4 1tmn-d 2wdt-1 4gsj-d 3m59-d 3m55-d 6kvh-d 6d5q-d 2iq7-6 5gt4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (1)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
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キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
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リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
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Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
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#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
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#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
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#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein kinase

B: Protein kinase

C: Protein kinase

D: Protein kinase

E: Protein kinase

F: Protein kinase

ヘテロ分子

202 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Protein kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Protein kinase

ヘテロ分子

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33.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Protein kinase

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33.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Protein kinase

ヘテロ分子

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5

E: Protein kinase

ヘテロ分子

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33.7 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Protein kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	221.510, 127.550, 70.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.96, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Protein kinase 分子量: 33152.539 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 1-291 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / 遺伝子: SA1063 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7A5Z8, UniProt: A0A0H3JME9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン分子量: 120.152 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₈N₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.72 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.06M magnesium chloride, 0.08M MES, 1.3M sodium citrate, 2% benzamidine hydrochloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月10日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→43.5 Å / Num. all: 39231 / Num. obs: 38868 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 3→3.08 Å / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
RemDAq		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→43.5 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2461	1944	5 %
R_work	0.2149	-	-
obs	0.2165	38854	99.07 %
all	-	39231	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 70.934 Å² / k_sol: 0.315 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	12.9981 Å²	0 Å²	2.2875 Å²
2-	-	8.3536 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-13.8873 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→43.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12420	0	189	0	12609

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	12822
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.918	17444
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.257	4822
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	2043
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2246

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	85	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	85	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.01
1	3	C	85	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.027
2	1	D	89	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	E	89	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.117
2	3	F	89	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.342
3	1	A	62	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	62	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.005
3	3	C	62	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
4	1	A	51	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	51	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.007
4	3	C	51	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.006
5	1	D	58	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	E	58	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
5	3	F	58	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
6	1	D	51	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	E	51	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.005
6	3	F	51	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.005
7	1	A	203	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	B	203	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.167
7	3	C	203	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
8	1	A	76	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
8	2	B	76	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.005
8	3	C	76	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.006
9	1	D	197	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
9	2	E	197	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.008
9	3	F	195	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.005
10	1	D	76	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
10	2	E	76	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.005
10	3	F	76	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.005
11	1	A	427	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
11	2	B	427	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
11	3	C	427	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.031
12	1	D	423	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
12	2	E	423	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.073
12	3	F	423	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.075
13	1	A	585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
13	2	B	585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
13	3	C	585	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.021
14	1	A	111	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
14	2	B	111	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.005
14	3	C	111	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.005
15	1	A	77	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
15	2	B	77	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
15	3	C	77	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004
16	1	D	571	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
16	2	E	571	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.16
16	3	F	571	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.011
17	1	D	111	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
17	2	E	111	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.514
17	3	F	111	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.133
18	1	D	71	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
18	2	E	71	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.005
18	3	F	71	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.004

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.075	0.3954	139	0.3406	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
3.075-3.1582	0.3751	140	0.3162	2661	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1582-3.2511	0.3426	139	0.2965	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2511-3.356	0.3515	139	0.2948	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
3.356-3.4759	0.3333	137	0.2888	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4759-3.615	0.3323	137	0.2932	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
3.615-3.7794	0.3087	138	0.2555	2618	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7794-3.9785	0.2516	140	0.2305	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9785-4.2276	0.2059	138	0.1931	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2276-4.5537	0.2287	140	0.1773	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5537-5.0114	0.2512	138	0.1884	2631	X-RAY DIFFRACTION	98
5.0114-5.7351	0.2436	138	0.2158	2620	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7351-7.2203	0.2432	139	0.2092	2639	X-RAY DIFFRACTION	99
7.2203-43.5174	0.167	142	0.167	2685	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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