PDB-4eq0: Crystal Structure of inactive single chain variant of HIV-1 Prote...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eq0

タイトル

Crystal Structure of inactive single chain variant of HIV-1 Protease in Complex with the substrate p2-NC

要素

protease, tethered dimer
substrate p2-NC

キーワード

hydrolase/hydrolase substrate / HIV-1 protease / specificity design / drug design / Protease inhibitors / AIDS / Aspartyl protease / HYDROLASE / hydrolase-hydrolase substrate complex

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding via host ESCRT complex / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...
類似検索 - 分子機能

Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Mittal, S.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Structural, kinetic, and thermodynamic studies of specificity designed HIV-1 protease.
著者: Alvizo, O. / Mittal, S. / Mayo, S.L. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2012年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月20日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.3	2017年7月26日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.4	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.5	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eq0.cif.gz	97.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eq0.ent.gz	75.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eq0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4eq0_validation.pdf.gz	493.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4eq0_full_validation.pdf.gz	500.9 KB	表示
XML形式データ	4eq0_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	4eq0_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/4eq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/4eq0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ep2C 4ep3C 4epjC 4eqjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4q1y-d 3i7e-d 2psv-d 4rvx-1 6opu-d 6oxo-d 4m8y-d 6dgz-d 3sac-d 3o9c-d 4f74-d 3o9b-d 4eqj-d 4djq-d 4hvp-d 3sa6-d 2nxl-d 4njt-1 6ops-d 7hvp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (3) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (2) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#6 - 2000年6月
HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease)
類似性 (2)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (3)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (2)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (1)

登録構造単位

A: protease, tethered dimer

P: substrate p2-NC

ヘテロ分子

23.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.080, 59.181, 61.901
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is the same as asym.

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質	protease, tethered dimer 分子量: 22169.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: SF2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: タンパク質・ペプチド	substrate p2-NC 分子量: 908.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: Synthetic peptide corresponding to p2-NC cleavage site for HIV-1 protease. 由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: Q9YP46

-
非ポリマー , 6種, 97分子

#3: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.32 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月20日

放射

モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 21064 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 16.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.76	5.2	0.481	1	95.2
1.76-1.83	5.8	0.354	1	99.6
1.83-1.91	6	0.239	1	100
1.91-2.02	6	0.15	1	100
2.02-2.14	6	0.107	1	100
2.14-2.31	6	0.078	1	100
2.31-2.54	5.9	0.059	1	100
2.54-2.91	5.9	0.048	1	99.8
2.91-3.66	5.7	0.041	1	99.4
3.66-50	5.4	0.02	1	96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→42.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.573 / SU ML: 0.095 / SU R Cruickshank DPI: 0.1378 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26401	1080	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21269	-	-	-
obs	0.21525	19947	99.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.436 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1543	0	43	88	1674

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.32	1.995	2225
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.185	3	2731
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.139	5	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.441	24.364	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.738	15	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.208	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	295
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.403	68	-
R_work	0.278	1254	-
obs	-	-	92.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4735	-1.8899	3.0661	1.5166	-2.3102	3.8255	-0.209	0.0548	0.3229	0.0971	-0.1221	-0.4251	-0.2679	-0.022	0.3311	0.4416	-0.0019	0.0008	0.3978	0.0758	0.5551	5.8386	15.2409	23.2879
2	8.6385	-1.6917	0.189	0.3527	0.1339	1.5734	-0.0734	0.1149	0.3446	0.0101	0.0385	-0.071	-0.2294	0.1783	0.0349	0.369	-0.0349	0.0289	0.4032	0.016	0.4936	15.9425	9.0463	16.5827
3	25.981	-1.3308	29.3295	0.1081	-1.4492	33.8326	1.0549	0.8302	1.2169	-0.0582	-0.7478	-0.1879	1.6425	0.856	-0.3071	0.1671	-0.0862	0.2842	0.7351	0.3505	1.9033	23.6079	7.7302	14.2383
4	1.4281	-1.4721	-0.1882	4.2196	-1.0669	0.6214	0.0673	0.0736	0.1143	0.047	-0.0431	-0.1612	-0.011	-0.0183	-0.0242	0.4299	0.0093	-0.0213	0.4151	-0.0023	0.4075	9.3248	1.8512	19.4849
5	5.3451	1.1985	-5.4993	0.6139	0.0481	10.6626	0.0142	0.0569	-0.1091	-0.0182	0.1545	-0.1032	0.1705	0.1722	-0.1687	0.4215	0.0029	0.0168	0.4116	0.0078	0.4462	17.2447	-2.8069	14.3348
6	13.4761	-4.4812	3.3988	6.9384	-3.3453	1.7582	0.0206	0.2638	0.1013	0.5765	-0.1019	-0.2064	-0.2331	0.0812	0.0812	0.3617	0.0007	-0.0122	0.4819	-0.0474	0.3698	28.2743	-4.6687	13.9382
7	15.602	2.1764	4.4723	1.5291	-0.0403	2.506	-0.0368	-0.0991	-0.6602	0.1919	0.1773	-0.2836	0.1834	-0.0944	-0.1405	0.4105	0.0409	-0.0295	0.3686	-0.0066	0.4632	18.6456	-13.4324	14.3038
8	4.24	-1.5921	-0.531	3.8865	-1.9122	1.433	-0.0321	0.1377	-0.1073	0.0878	-0.021	-0.0575	-0.049	-0.1094	0.0531	0.4085	0.0113	0.0038	0.4328	-0.0044	0.4037	5.7936	-9.5161	11.2906
9	5.7195	2.5058	3.8475	1.9119	2.9022	4.4884	-0.0544	0.1628	-0.1879	0.0513	0.2457	-0.2419	0.1884	0.2334	-0.1913	0.3881	-0.0033	0.0379	0.4177	-0.0535	0.5409	20.9624	-9.9789	14.085
10	5.4283	-3.5169	3.5779	28.3652	-3.2847	2.3955	-0.2411	0.0943	-0.2044	0.7629	0.3916	-0.5012	-0.1813	0.0538	-0.1505	0.346	0.0291	0.0407	0.4292	-0.0674	0.4739	25.0431	0.2049	23.2034
11	0.4987	0.0513	-1.2148	3.126	-0.7579	3.1283	0.0314	-0.1651	0.0656	-0.0612	0.1181	-0.0651	-0.0842	0.2493	-0.1495	0.3517	0.0142	-0.0214	0.4422	-0.0415	0.4546	20.8807	6.765	26.047
12	2.8597	1.6827	2.8374	1.8018	4.0219	9.7569	0.0058	0.1309	0.0294	-0.0489	0.0956	-0.1176	-0.1618	-0.0164	-0.1014	0.3614	0.0536	-0.0107	0.4019	-0.0355	0.5313	18.7777	-5.4842	15.1024
13	2.1362	-1.0301	-1.9053	1.2962	-0.237	3.4682	0.0935	0.1798	0.0401	-0.1094	-0.1758	-0.2246	0.1	-0.0434	0.0823	0.4189	0.0237	0.0002	0.4327	-0.0063	0.4491	12.4391	0.6155	16.1525
14	3.0334	2.0919	1.3431	2.2095	0.1575	1.3775	0.0663	-0.03	-0.1311	0.0843	0.0455	-0.1204	0.0249	-0.0969	-0.1119	0.3847	0.018	-0.0499	0.4252	-0.0006	0.4419	15.1731	0.1314	26.9738
15	7.4303	-3.3558	0.6956	1.5355	-0.2035	0.8192	-0.1329	-0.1948	0.048	0.0959	0.0903	-0.0321	-0.0194	-0.0774	0.0425	0.4175	0.0151	-0.0281	0.4245	-0.0176	0.3906	6.2072	7.5442	29.6448
16	1.2905	-0.9986	-0.3351	1.4894	0.8377	1.3357	-0.0206	-0.1818	-0.0186	0.261	0.0096	-0.0173	0.1455	-0.038	0.0111	0.4589	0.0044	-0.0182	0.4611	0.0207	0.3466	5.0113	2.5527	32.5926
17	4.652	-0.6268	0.9104	2.8598	-0.0653	0.1837	-0.0151	-0.1578	0.0176	0.115	-0.0331	0.1278	0.0163	-0.0237	0.0482	0.4178	-0.0054	0.0341	0.4201	0.0065	0.3703	-7.4724	-1.9436	24.8742
18	14.6677	0.8769	-3.5748	2.1488	-0.5607	0.9524	-0.3589	0.1141	-0.358	-0.0098	0.1675	0.0743	0.0985	-0.011	0.1914	0.42	-0.0196	0.0536	0.4203	-0.0003	0.4617	-9.8872	-4.5123	22.9514
19	1.5578	0.2883	-0.0668	1.1819	-1.0433	2.6887	0.0121	0.0482	-0.0157	0.021	-0.0213	-0.0797	-0.0098	0.0144	0.0091	0.4184	0.0031	0.0079	0.4199	0.0142	0.383	2.0242	4.0146	18.0106
20	5.2663	6.6952	0.3865	10.2821	0.6238	0.1141	-0.0915	0.0952	-0.0377	-0.3551	-0.011	0.0303	0.0257	0.0221	0.1025	0.4247	0.0082	0.0085	0.4119	-0.0056	0.4102	-6.8296	-2.5525	13.4585
21	3.2115	3.4508	-3.8686	6.9396	-4.5686	4.7151	0.0329	0.2934	0.1358	0.0999	0.1997	0.9031	0.0108	-0.3308	-0.2326	0.3553	0.007	-0.0131	0.4315	-0.0353	0.4684	-17.3376	-1.0917	9.6589
22	8.7767	-1.7966	1.3231	0.7394	-0.2588	1.7723	-0.1508	0.0911	0.2784	-0.2068	-0.0012	-0.1965	-0.1507	0.0521	0.152	0.409	0.0259	0.0504	0.4176	0.0359	0.3935	-1.46	-0.7783	2.8157
23	1.6441	-1.9322	-2.3162	5.8122	2.4224	3.3258	0.0439	0.2161	-0.0131	-0.3375	-0.1928	-0.0324	0.0175	-0.2626	0.149	0.4137	0.0215	0.0051	0.4581	0.0153	0.3874	-8.1471	-2.2137	4.6467
24	1.6194	-0.1396	-0.9735	2.8621	3.9819	5.9225	0.1101	0.1041	-0.0094	-0.0383	-0.2454	0.1285	-0.1251	-0.3532	0.1353	0.3652	0.0314	-0.0229	0.4426	-0.017	0.4212	-14.986	6.1755	12.815
25	6.9247	-1.9304	5.7069	4.6149	1.7088	7.3817	-0.1113	-0.2645	-0.0392	0.0716	0.178	0.0122	-0.0992	-0.1084	-0.0667	0.4273	-0.0245	0.0371	0.4423	-0.0095	0.3653	-10.2195	5.9167	26.8321
26	0.9428	-0.5673	-1.7379	1.8133	1.0885	5.8478	0.0374	0.1095	0.0287	-0.0051	-0.1078	0.1332	-0.135	-0.0786	0.0704	0.3992	0.0083	-0.0085	0.4067	-0.0125	0.4128	-11.6951	8.1693	17.0592
27	3.2776	-1.3325	1.4952	3.3469	0.3121	0.9994	-0.0288	0.1615	-0.064	-0.0115	0.0372	0.0022	0.0207	0.0397	-0.0084	0.4346	-0.0057	0.0289	0.4501	-0.0222	0.3564	-4.8886	-5.0604	10.8252
28	0.243	0.9256	-0.0686	4.4132	-1.3994	1.4938	-0.0137	0.0057	0.0013	-0.1389	-0.0359	-0.0712	0.0718	0.0287	0.0496	0.4213	0.006	0.0151	0.4198	0.004	0.3947	-2.0743	2.9361	17.2585
29	1.5002	-1.0938	0.2873	1.1597	0.6355	2.9705	-0.0376	0.0175	0.0468	0.0691	-0.0376	-0.0668	-0.0359	-0.0208	0.0751	0.4208	0.0047	0.0041	0.406	0.0068	0.406	-4.9028	10.554	21.6328
30	5.2054	-0.2949	4.8693	0.0468	-0.2839	4.5654	-0.028	0.0074	0.2298	-0.0501	-0.1092	-0.0259	0.0164	0.0311	0.1373	0.4249	0.0201	-0.0211	0.3936	-0.0077	0.4645	6.7454	10.7206	27.3808

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 15
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	16 - 21
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	22 - 29
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	30 - 35
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	36 - 41
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	42 - 47
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	48 - 54
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	55 - 60
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	61 - 65
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	66 - 72
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	73 - 79
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	80 - 87
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	88 - 92
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	93 - 99
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	101 - 107
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	108 - 117
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	118 - 123
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	124 - 129
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	130 - 135
21	X-RAY DIFFRACTION	21	A	136 - 142
22	X-RAY DIFFRACTION	22	A	143 - 153
23	X-RAY DIFFRACTION	23	A	154 - 158
24	X-RAY DIFFRACTION	24	A	159 - 163
25	X-RAY DIFFRACTION	25	A	164 - 169
26	X-RAY DIFFRACTION	26	A	170 - 175
27	X-RAY DIFFRACTION	27	A	176 - 181
28	X-RAY DIFFRACTION	28	A	182 - 188
29	X-RAY DIFFRACTION	29	A	189 - 194
30	X-RAY DIFFRACTION	30	A	195 - 199

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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