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- PDB-4epb: Final Urease Structure for Radiation Damage Experiment at 100 K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4epb
タイトルFinal Urease Structure for Radiation Damage Experiment at 100 K
要素
  • Urease subunit alpha
  • Urease subunit beta
  • Urease subunit gamma
キーワードHYDROLASE / alpha-beta barrel / nickel metalloenzyme / radiation damage
機能・相同性
機能・相同性情報


urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. ...Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / : / Urease beta subunit / Urease domain profile. / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, gamma/gamma-beta subunit / Urease, gamma subunit superfamily / Urease, gamma subunit / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Ribbon / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Urease subunit alpha / Urease subunit beta / Urease subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter aerogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Warkentin, M. / Badeau, R. / Hopkins, J.B. / Thorne, R.E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Spatial distribution of radiation damage to crystalline proteins at 25-300 K.
著者: Warkentin, M. / Badeau, R. / Hopkins, J.B. / Thorne, R.E.
履歴
登録2012年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Urease subunit alpha
B: Urease subunit beta
A: Urease subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6225
ポリマ－82,5053
非ポリマー1172
水11,746652
1
C: Urease subunit alpha
B: Urease subunit beta
A: Urease subunit gamma
ヘテロ分子

C: Urease subunit alpha
B: Urease subunit beta
A: Urease subunit gamma
ヘテロ分子

C: Urease subunit alpha
B: Urease subunit beta
A: Urease subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,86715
ポリマ－247,5149
非ポリマー3526
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
Buried area47600 Å2
ΔGint-318 kcal/mol
Surface area56960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.212, 169.212, 169.212
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 Urease subunit alpha / Urea amidohydrolase subunit alpha


分子量: 60278.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter aerogenes (バクテリア)
遺伝子: ureC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18314, urease
#2: タンパク質 Urease subunit beta / Urea amidohydrolase subunit beta


分子量: 11125.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter aerogenes (バクテリア)
遺伝子: ureB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18315, urease
#3: タンパク質 Urease subunit gamma / Urea amidohydrolase subunit gamma


分子量: 11100.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter aerogenes (バクテリア)
遺伝子: ureA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18316, urease
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: lithium sulfate, hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月24日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 80390 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.466 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.75-1.784.40.63939980.8941100
1.78-1.814.40.51240180.9241100
1.81-1.854.40.43240240.9691100
1.85-1.894.50.34340150.9591100
1.89-1.934.40.27640161.041100
1.93-1.974.50.22239711.0591100
1.97-2.024.50.18240301.1521100
2.02-2.074.50.14840091.2161100
2.07-2.144.50.12140401.2611100
2.14-2.24.50.10840201.3521100
2.2-2.284.50.08840311.3951100
2.28-2.384.50.07840071.491100
2.38-2.484.50.06940821.6151100
2.48-2.614.50.06140141.6581100
2.61-2.784.50.05340471.809199.9
2.78-2.994.50.04640371.899199.8
2.99-3.294.50.03840432.052199.5
3.29-3.774.40.03140202.104198.9
3.77-4.754.40.02740032.035197.9
4.75-504.40.03239652.485194.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.8.0位相決定
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→30.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9674 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9552 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1968 4023 5.02 %RANDOM
Rwork0.1713 ---
obs0.1726 80111 --
原子変位パラメータBiso max: 103.03 Å2 / Biso mean: 29.0943 Å2 / Biso min: 14.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.185 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→30.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5790 0 2 652 6444
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2001SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes144HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes876HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5906HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion1HARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion796SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7306SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5906HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8032HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.75
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.37
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2934 296 5.04 %
Rwork0.2343 5579 -
all0.2372 5875 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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