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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4eo7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the TIR domain of human myeloid differentiation primary response protein 88. | ||||||
要素 | Myeloid differentiation primary response protein MyD88 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / Adapter Protein / toll like receptor (Toll様受容体) / BETA-ALPHA-BETA FOLD / PARALLEL BETA SHEET / TIR-Domain / Innate immune signaling / Signaling protein / TIRAP/MAL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / Toll binding / MyD88 deficiency (TLR5) / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / ATP-dependent histone chaperone activity / neutrophil-mediated killing of bacterium / 誘導全身抵抗性 / leukocyte activation involved in inflammatory response / TIR domain binding / response to molecule of fungal origin ...regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / Toll binding / MyD88 deficiency (TLR5) / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / ATP-dependent histone chaperone activity / neutrophil-mediated killing of bacterium / 誘導全身抵抗性 / leukocyte activation involved in inflammatory response / TIR domain binding / response to molecule of fungal origin / toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of lymphocyte proliferation / response to peptidoglycan / positive regulation of interleukin-23 production / establishment of endothelial intestinal barrier / regulation of neutrophil migration / IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / neutrophil activation involved in immune response / Toll-like receptor binding / interleukin-33-mediated signaling pathway / microglia differentiation / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / interleukin-1 receptor binding / death receptor binding / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of macrophage cytokine production / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / interleukin-1-mediated signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / skin development / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / extrinsic component of plasma membrane / type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-17 production / defense response to protozoan / response to amine / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of type I interferon production / response to amino acid / 食作用 / signaling adaptor activity / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / p75NTR recruits signalling complexes / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / response to interleukin-1 / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / response to organic cyclic compound / Interleukin-1 signaling / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of interleukin-6 production / : / positive regulation of tumor necrosis factor production / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / 遺伝子発現 / ER-Phagosome pathway / regulation of inflammatory response / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / response to ethanol / cellular response to lipopolysaccharide / molecular adaptor activity / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 自然免疫系 / apoptotic process / positive regulation of gene expression / 細胞膜 / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.449 Å | ||||||
データ登録者 | Snyder, G.A. / Cirl, C. / Jiang, J.S. / Chen, P. / Smith, T. / Xiao, T.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Molecular mechanisms for the subversion of MyD88 signaling by TcpC from virulent uropathogenic Escherichia coli. 著者: Snyder, G.A. / Cirl, C. / Jiang, J. / Chen, K. / Waldhuber, A. / Smith, P. / Rommler, F. / Snyder, N. / Fresquez, T. / Durr, S. / Tjandra, N. / Miethke, T. / Xiao, T.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4eo7.cif.gz | 81.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4eo7.ent.gz | 60 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4eo7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/4eo7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eo/4eo7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16780.627 Da / 分子数: 1 / 断片: TIR domain, UNP residues 157-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYD88 / プラスミド: PET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q99836 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.49 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5,0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月3日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.449→50 Å / Num. obs: 23051 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 1.449→1.48 Å / % possible all: 80.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4DOM 解像度: 1.449→43.239 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / σ(I): 2 / 位相誤差: 19.07 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.691 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.449→43.239 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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