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万見
- PDB-4ct3: Methylmercury chloride derivative structure of the lytic CHAPK do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ct3
タイトルMethylmercury chloride derivative structure of the lytic CHAPK domain of the endolysin LysK from Staphylococcus aureus bacteriophage K
要素ORF30/ORF32
キーワードVIRAL PROTEIN / PEPTIDOGLYCAN / PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated cytolysis of host cell / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / defense response to bacterium / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial SH3 domain / Bacterial SH3 domain homologues / SH3-like domain, bacterial-type / CHAP domain profile. / CHAP domain / CHAP domain / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / METHYL MERCURY ION / Endolysin LysK
類似検索 - 構成要素
生物種Kayvirus kay (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Sanz-Gaitero, M. / Keary, R. / Garcia-Doval, C. / Coffey, A. / van Raaij, M.J.
引用
ジャーナル: Virol. J. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the lytic CHAP(K) domain of the endolysin LysK from Staphylococcus aureus bacteriophage K.
著者: Sanz-Gaitero, M. / Keary, R. / Garcia-Doval, C. / Coffey, A. / van Raaij, M.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Crystallization of the Chap Domain of the Endolysin from Staphylococcus Aureus Bacteriophage K.
著者: Sanz-Gaitero, M. / Keary, R. / Garcia-Doval, C. / Coffey, A. / van Raaij, M.J.
#2: ジャーナル: Bacteriophage / 年: 2011
タイトル: In Silico Modeling of the Staphylococcal Bacteriophage-Derived Peptidase Chap(K).
著者: Fenton, M. / Cooney, J.C. / Ross, R.P. / Sleator, R.D. / McAuliffe, O. / O'Mahony, J. / Coffey, A.
#3: ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2009
タイトル: Phage Lysin Lysk Can be Truncated to its Chap Domain and Retain Lytic Activity Against Live Antibiotic-Resistant Staphylococci.
著者: Horgan, M. / O'Flynn, G. / Garry, J. / Cooney, J. / Coffey, A. / Fitzgerald, G.F. / Ross, R.P. / McAuliffe, O.
履歴
登録2014年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02024年6月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine_ls_restr_ncs / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_name_com.name / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: ORF30/ORF32
G: ORF30/ORF32
I: ORF30/ORF32
K: ORF30/ORF32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,59930
ポリマ－75,3024
非ポリマー4,29726
水13,872770
1
E: ORF30/ORF32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0649
ポリマ－18,8251
非ポリマー1,2388
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: ORF30/ORF32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9728
ポリマ－18,8251
非ポリマー1,1467
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: ORF30/ORF32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7366
ポリマ－18,8251
非ポリマー9105
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
K: ORF30/ORF32
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8287
ポリマ－18,8251
非ポリマー1,0026
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.020, 61.520, 72.800
Angle α, β, γ (deg.)91.80, 98.73, 90.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 165 / Label seq-ID: 2 - 165

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11EA
21GB
12EA
22IC
13EA
23KD
14GB
24IC
15GB
25KD
16IC
26KD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99998, -0.00041, -0.00566), (-0.00041, 1, -0.00099), (0.00566, -0.00099, -0.99998)28.8107, 30.82522, 125.46037
2given(0.99959, -0.02871, 0.00018), (-0.02586, -0.89772, 0.43981), (-0.01247, -0.43963, -0.89809)-16.85748, -13.40129, 129.27524
3given(-0.99956, 0.02943, 0.00275), (-0.0252, -0.89706, 0.4412), (0.01545, 0.44093, 0.89741)6.12498, 17.25254, -3.83987
4given(-0.99956, -0.02914, 0.00561), (0.02371, -0.89798, -0.43939), (0.01784, -0.43907, 0.89828)12.14037, 68.70654, 29.59155
5given(0.99952, 0.02984, -0.00851), (0.02303, -0.89733, -0.44076), (-0.02079, 0.44035, -0.89759)-22.52818, 99.53175, 95.80234
6given(-0.99999, 0.00052, -0.00335), (0.00052, 1, -0.00161), (0.00335, -0.00161, -0.99999)-10.30666, 30.87002, 125.46338

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 EGIK

#1: タンパク質
ORF30/ORF32 / Putative endolysin


分子量: 18825.439 Da / 分子数: 4 / 断片: CHAPK, RESIDUES 1-165 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kayvirus kay (ウイルス) / 遺伝子: PhageK_071 / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: Q6Y7T6

-
非ポリマー , 7種, 796分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-MMC / METHYL MERCURY ION


分子量: 215.625 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH3Hg
#7: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 25 MM TRIS-HCL, 22%(W/V) PEG 8000, 0.1 M 4-(2- HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINEETHANESULFONIC ACID (HEPES)-NAOH PH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.8352
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月3日 / 詳細: HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING MIRRORS AND SLITS
放射モノクロメーター: SI111 DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8352 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→71.92 Å / Num. obs: 48498 / % possible obs: 64.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.69→1.78 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 10.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.69→61.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 2.913 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22407 2431 5 %RANDOM
Rwork0.18074 ---
obs0.18291 46067 64.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.72 Å20.09 Å20.84 Å2
2---1.47 Å20.22 Å2
3---1.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→61.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5208 0 132 770 6110
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.025488
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.025079
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4451.9397439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.032311711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021301
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2540.21682
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.25107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.22693
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.22574
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0520.210
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2360.227
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.260.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1970.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2150.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.0060.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4762.0192630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4772.0192629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4583.0213283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8352.2252858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8993.2364151
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11E100920.05
12G100920.05
21I100530.05
22K100530.05
31E100000.06
32K100000.06
41G100270.07
42I100270.07
51G99860.07
52K99860.07
61I100920.04
62K100920.04
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.781 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 62 -
Rwork0.279 1349 -
obs--12.92 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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