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- PDB-4en2: HIV-1 Nef in complex with MHC-I cytoplasmic domain and Mu1 adapti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4en2
タイトルHIV-1 Nef in complex with MHC-I cytoplasmic domain and Mu1 adaptin subunit of AP1 adaptor (second domain)
要素
  • AP-1 complex subunit mu-1
  • MHC-I
  • Protein Nef
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Human immunodeficiency virus 1 / HIV / Nef / MHC-I / antigen presentation / host defense / Adaptor protein complex 1 / Mu1 adaptin subunit / sorting motif recognition / CLASP / membrane trafficking / viral hijacking / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / AP-1 adaptor complex / endosome to melanosome transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / protein trimerization / platelet dense granule organization / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / melanosome assembly / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / Golgi Associated Vesicle Biogenesis ...: / AP-1 adaptor complex / endosome to melanosome transport / Lysosome Vesicle Biogenesis / protein trimerization / platelet dense granule organization / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / melanosome assembly / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host autophagy / MHC class II antigen presentation / CD4 receptor binding / thioesterase binding / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / MHC class I protein binding / endoplasmic reticulum exit site / host cell Golgi membrane / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / vesicle-mediated transport / regulation of calcium-mediated signaling / viral life cycle / Neutrophil degranulation / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / intracellular protein transport / trans-Golgi network / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / SH3 domain binding / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / virion component / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / antibacterial humoral response / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / ATPase binding / early endosome membrane / early endosome / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / synapse / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nef Regulatory Factor / Nef Regulatory Factor / Mu homology domain, subdomain B / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site ...Nef Regulatory Factor / Nef Regulatory Factor / Mu homology domain, subdomain B / HIV-1 Nef protein, anchor domain superfamily / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / Adaptor complexes medium subunit family / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Longin-like domain superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / AP-1 complex subunit mu-1 / Protein Nef
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Jia, X. / Xiong, Y.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis of evasion of cellular adaptive immunity by HIV-1 Nef.
著者: Jia, X. / Singh, R. / Homann, S. / Yang, H. / Guatelli, J. / Xiong, Y.
履歴
登録2012年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
M: AP-1 complex subunit mu-1
B: Protein Nef
C: Protein Nef
A: AP-1 complex subunit mu-1
D: MHC-I
E: MHC-I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,5216
ポリマ－113,5216
非ポリマー00
水95553
1
M: AP-1 complex subunit mu-1
C: Protein Nef
D: MHC-I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7603
ポリマ－56,7603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
2
B: Protein Nef
A: AP-1 complex subunit mu-1
E: MHC-I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7603
ポリマ－56,7603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area20530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.033, 98.128, 112.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11M
21A
12B
22C
13D
23E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGTHRTHRMA160 - 4223 - 265
21ARGARGTHRTHRAD160 - 4223 - 265
12SERSERPHEPHEBB9 - 2039 - 203
22SERSERPHEPHECC9 - 2039 - 203
13SERSERALAALADE319 - 3296 - 16
23SERSERALAALAEF319 - 3296 - 16

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 AP-1 complex subunit mu-1 / AP-mu chain family member mu1A / Adaptor protein complex AP-1 mu-1 subunit / Adaptor-related ...AP-mu chain family member mu1A / Adaptor protein complex AP-1 mu-1 subunit / Adaptor-related protein complex 1 mu-1 subunit / Clathrin assembly protein complex 1 medium chain 1 / Clathrin coat assembly protein AP47 / Clathrin coat-associated protein AP47 / Golgi adaptor HA1/AP1 adaptin mu-1 subunit / Mu-adaptin 1 / Mu1A-adaptin


分子量: 30612.102 Da / 分子数: 2 / 断片: sorting motif recognition domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ap1m1, Cltnm / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35585
#2: タンパク質 Protein Nef


分子量: 23399.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: NL-43 / 遺伝子: nef / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q90VU7
#3: タンパク質・ペプチド MHC-I


分子量: 2748.915 Da / 分子数: 2 / 断片: cytoplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04439*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: microbatch underoil / pH: 6.5
詳細: 0.1M HEPES, 3% PEG8000, pH 6.5, microbatch underoil, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9795 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2011年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→50 Å / Num. obs: 31023 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
2.58-2.693.8199.6
2.69-2.84199.90.948
2.8-2.93411000.676
2.93-3.08411000.449
3.08-3.28411000.273
3.28-3.53411000.171
3.53-3.883.911000.103
3.88-4.453.8199.80.072
4.45-5.63.7199.80.052
5.6-503.6199.20.04

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.58→48.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / SU B: 28.523 / SU ML: 0.276 / SU R Cruickshank DPI: 0.5039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.477 / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25843 1561 5.1 %RANDOM
Rwork0.20771 ---
obs0.21022 29309 98.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.793 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.33 Å20 Å20 Å2
2--2.53 Å2-0 Å2
3----1.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→48.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6721 0 0 53 6774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196908
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.026578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5941.959341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.083315138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1485813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.92522.955335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.327151198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4521559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217681
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021666
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11M9108X-RAY DIFFRACTIONLOCAL
12A9108X-RAY DIFFRACTIONLOCAL
21B4894X-RAY DIFFRACTIONLOCAL
22C4894X-RAY DIFFRACTIONLOCAL
31D188X-RAY DIFFRACTIONLOCAL
32E188X-RAY DIFFRACTIONLOCAL
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.648 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 82 -
Rwork0.344 1767 -
obs--81.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.06830.24571.28551.1413-0.55122.32920.1228-0.29610.02070.0068-0.0324-0.00520.0072-0.3966-0.09040.31380.06360.04670.45980.0180.2841-41.136-16.632-2.95
21.3832-0.6819-0.22532.04520.49082.17930.0391-0.0893-0.1223-0.1074-0.00530.08810.045-0.5654-0.03380.2997-0.0351-0.02340.33570.02490.254-45.703-21.622-12.511
31.88650.41581.39721.3730.01724.7872-0.0027-0.65370.1470.1741-0.0117-0.15880.0278-0.13470.01440.2522-0.00940.01220.6183-0.07130.2521-22.052-17.06916.94
41.3096-0.2251.91720.6698-0.60013.69840.0909-0.33920.0714-0.1010.19810.11270.0612-0.5042-0.2890.3707-0.01350.0260.36830.02810.3048-38.413-14.864-7.694
56.2089-3.117-0.484311.6231-7.42237.3796-0.23470.35250.59970.2322-0.2242-1.0167-0.4730.69980.45890.3221-0.1339-0.060.3849-0.07840.3836-12.145-16.746-24.757
62.2859-1.7468-0.64053.06480.92210.30570.01430.01490.188-0.1262-0.04840.1851-0.11430.01860.03410.4327-0.09380.07310.27670.00860.2923-27.332-13.886-20.993
72.3345-0.76490.34062.56861.28420.9033-0.04220.0883-0.0664-0.12030.1601-0.0819-0.12960.1047-0.1180.3979-0.03480.05230.3029-0.00140.257-22.72-24.343-28.097
811.1939-3.9779-0.58147.42030.47090.04340.64690.8554-1.0359-0.722-0.64310.5075-0.0453-0.0354-0.00390.34860.1914-0.05730.5717-0.18830.2814-20.512-39.843-38.084
90.30940.1314-0.69770.5553-0.79236.46030.06130.3482-0.0893-0.2414-0.01290.07770.1053-0.3774-0.04840.42980.0521-0.00270.5201-0.10020.2884-30.477-28.545-35.346
1023.57944.335721.921726.17216.845420.69480.66442.9868-2.6135-2.64771.63780.42690.32282.9189-2.30221.5041-0.41560.39361.2296-0.44250.6712-23.055-24.92247.956
1111.7953-3.814912.48541.2778-3.672517.09520.2095-1.8172-2.1280.00420.67080.87170.3798-0.4841-0.88030.5422-0.17510.19231.68490.2541.2191-17.912-11.74532.065
124.34194.5083-3.40714.8267-5.346130.2548-0.28960.033-0.4512-0.40350.0395-0.35941.2796-0.30170.250.24440.1519-0.09590.20330.00380.4529-41.903-10.53739.618
136.28621.9678-0.90153.7815-2.12713.1369-0.61740.7285-0.2161-0.52030.51780.06410.77240.02460.09960.5351-0.04610.04330.4211-0.03180.1501-26.49-17.58453.717
143.57740.2992-0.16094.571-1.50340.8764-0.11580.08540.12540.26950.11410.0316-0.03970.30920.00160.35140.0076-0.02690.47060.04210.2104-22.805-8.20859.955
1527.58813.406612.17850.63832.848115.09330.1973-0.6976-0.15220.0472-0.1574-0.14120.337-0.6419-0.03990.3032-0.0424-0.0260.12070.12710.5185-46.079-7.59552.838
161.6067-1.703-0.56473.7895.63213.8983-0.02310.43950.2967-0.1335-0.1865-0.1093-0.16650.20570.20950.3964-0.03580.03060.40240.07520.3472-37.583-11.963-18.197
173.75951.2316-2.89320.419-1.18176.4705-0.04370.1102-0.2044-0.02060.066-0.060.0232-0.025-0.02230.30030.00250.01340.3852-0.04290.2923-51.643.56544.708
183.96270.1741-0.63671.9756-0.33750.6132-0.0485-0.1308-0.0632-0.00690.0132-0.1050.0229-0.06440.03530.315-0.0259-0.04570.2471-0.04270.2728-40.8386.96949.517
199.637-1.733611.10520.3723-1.267822.18450.24341.2547-0.0807-0.0419-0.16110.0189-0.0682.0186-0.08220.407-0.01990.03660.3759-0.04460.2028-48.716-0.8318.037
202.2346-1.24822.40842.1438-3.07437.53370.06910.2648-0.0084-0.14430.0537-0.0030.41730.3627-0.12280.3038-0.05910.00110.3301-0.0510.2901-53.745-2.75416.125
211.90410.6509-0.48160.253-0.34966.03220.04930.128-0.17420.10840.0402-0.103-0.13290.1835-0.08950.36820.0246-0.05130.2673-0.04280.3646-47.719-1.26643.766
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A160 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2A199 - 271
3X-RAY DIFFRACTION3A272 - 382
4X-RAY DIFFRACTION4A383 - 423
5X-RAY DIFFRACTION5B6 - 24
6X-RAY DIFFRACTION6B64 - 90
7X-RAY DIFFRACTION7B91 - 148
8X-RAY DIFFRACTION8B149 - 178
9X-RAY DIFFRACTION9B179 - 204
10X-RAY DIFFRACTION10C12 - 21
11X-RAY DIFFRACTION11C22 - 62
12X-RAY DIFFRACTION12C63 - 77
13X-RAY DIFFRACTION13C78 - 117
14X-RAY DIFFRACTION14C118 - 203
15X-RAY DIFFRACTION15D319 - 329
16X-RAY DIFFRACTION16E317 - 331
17X-RAY DIFFRACTION17M158 - 208
18X-RAY DIFFRACTION18M209 - 273
19X-RAY DIFFRACTION19M274 - 294
20X-RAY DIFFRACTION20M295 - 381
21X-RAY DIFFRACTION21M382 - 423

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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