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万見
- PDB-4emo: Crystal structure of the PH domain of SHARPIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4emo
タイトルCrystal structure of the PH domain of SHARPIN
要素Sharpin
キーワードPROTEIN BINDING / Pleckstrin homology (PH) domain / LUBAC / SIPL1 / linear ubiquitin / HOIL-1L / HOIP
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic nuclear changes / regulation of CD40 signaling pathway / protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Neurexins and neuroligins / TNFR1-induced proapoptotic signaling / keratinization / polyubiquitin modification-dependent protein binding / ubiquitin binding ...apoptotic nuclear changes / regulation of CD40 signaling pathway / protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Neurexins and neuroligins / TNFR1-induced proapoptotic signaling / keratinization / polyubiquitin modification-dependent protein binding / ubiquitin binding / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / mitochondrion organization / Regulation of TNFR1 signaling / negative regulation of inflammatory response / ubiquitin-protein transferase activity / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / postsynaptic density / defense response to bacterium / dendrite / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sharpin, PH domain / Sharpin PH domain / : / Zinc finger domain / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like ...Sharpin, PH domain / Sharpin PH domain / : / Zinc finger domain / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Stieglitz, B. / Haire, L.F. / Dikic, I. / Rittinger, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Analysis of SHARPIN, a Subunit of a Large Multi-protein E3 Ubiquitin Ligase, Reveals a Novel Dimerization Function for the Pleckstrin Homology Superfold.
著者: Stieglitz, B. / Haire, L.F. / Dikic, I. / Rittinger, K.
履歴
登録2012年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月16日Group: Database references
改定 1.22012年7月25日Group: Database references
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sharpin
B: Sharpin
C: Sharpin
D: Sharpin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4224
ポリマ－53,4224
非ポリマー00
水1,54986
1
A: Sharpin
D: Sharpin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7112
ポリマ－26,7112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10700 Å2
手法PISA
2
B: Sharpin
C: Sharpin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7112
ポリマ－26,7112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.550, 61.550, 222.813
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Sharpin / Shank-associated RH domain-interacting protein / Shank-interacting protein-like 1 / hSIPL1


分子量: 13355.524 Da / 分子数: 4 / 変異: L21M, L101M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSEC0216, SHARPIN, SIPL1 / プラスミド: pGex4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H0F6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 4M sodium formate, pH 7.4, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9799 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9799 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.9 % / Av σ(I) over netI: 17.17 / 数: 213897 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 0.95 / D res high: 2 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 55100 / % possible obs: 99.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
43096.610.0420.943.9
3.1749910.0661.0163.9
2.773.1799.510.0651.0173.9
2.522.7799.710.0980.9353.9
2.342.5299.810.1540.9093.9
2.22.3499.910.220.9473.9
2.092.299.910.3120.8883.9
22.0998.310.4830.9413.8
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 29888 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.093.80.48367900.941198.3
2.09-2.23.90.31269770.888199.9
2.2-2.343.90.2269340.947199.9
2.34-2.523.90.15469150.909199.8
2.52-2.773.90.09869120.935199.7
2.77-3.173.90.06569141.017199.5
3.17-43.90.06668991.016199
4-303.90.04267590.94196.6

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.73 / FOM acentric: 0.76 / FOM centric: 0.62 / 反射: 17560 / Reflection acentric: 14320 / Reflection centric: 3240
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.9-29.7220.90.940.84863490373
4.3-6.90.890.930.7724581815643
3.4-4.30.870.90.7529602382578
3-3.40.790.820.6229682461507
2.6-30.650.680.4351354407728
2.4-2.60.530.550.3531762765411

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE2.13位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / WRfactor Rfree: 0.2697 / WRfactor Rwork: 0.2091 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8012 / SU B: 4.362 / SU ML: 0.125 / SU R Cruickshank DPI: 0.1973 / SU Rfree: 0.1864 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2691 1520 5.1 %RANDOM
Rwork0.2092 ---
obs0.2122 29888 98.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.58 Å2 / Biso mean: 34.5554 Å2 / Biso min: 14.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3186 0 0 86 3272
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0193264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1351.9924452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8955418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.28522.353136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.23515453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1061536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1520.2490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0222548
LS精密化 シェル解像度: 2→2.048 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 87 -
Rwork0.24 1794 -
all-1881 -
obs--96.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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