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万見
- PDB-4em4: Crystal Structure of Staphylococcus aureus bound with the covalen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4em4
タイトルCrystal Structure of Staphylococcus aureus bound with the covalent inhibitor Pethyl-VS-CoA
要素Coenzyme A disulfide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


CoA-disulfide reductase / CoA-disulfide reductase (NADPH) activity / protein disulfide isomerase activity / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Coenzyme A disulphide reductase, staphyolococci / Coenzyme A disulphide reductase / : / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 ...Coenzyme A disulphide reductase, staphyolococci / Coenzyme A disulphide reductase / : / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CA8 / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Coenzyme A disulfide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.821 Å
データ登録者Wallace, B.D. / Edwards, J.S. / Claiborne, A. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Turnover-Dependent Covalent Inactivation of Staphylococcus aureus Coenzyme A-Disulfide Reductase by Coenzyme A-Mimetics: Mechanistic and Structural Insights.
著者: Wallace, B.D. / Edwards, J.S. / Wallen, J.R. / Moolman, W.J. / van der Westhuyzen, R. / Strauss, E. / Redinbo, M.R. / Claiborne, A.
履歴
登録2012年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coenzyme A disulfide reductase
B: Coenzyme A disulfide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,13716
ポリマ－98,4372
非ポリマー3,70014
水19,4561080
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9900 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area33910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.144, 64.909, 94.442
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Coenzyme A disulfide reductase / CoA-disulfide reductase / CoADR


分子量: 49218.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: USA300 / 遺伝子: cdr, SAUSA300_0873 / プラスミド: T7, pXCDR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21(de3) / 参照: UniProt: Q2FIA5, CoA-disulfide reductase

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非ポリマー , 5種, 1094分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-CA8 / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3R)-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-4-[[3-oxidanylidene-3-[4-(phenylsulfonyl)butylamino]propyl]amino]butyl] hydrogen phosphate


分子量: 903.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H44N7O18P3S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1080 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE COA MIMIC INHIBITOR CA8 IS BOUND AT CYS 43 WITH A COVALENT BOND BETWEE CBU AOF CA6 AND SG OF ...THE COA MIMIC INHIBITOR CA8 IS BOUND AT CYS 43 WITH A COVALENT BOND BETWEE CBU AOF CA6 AND SG OF CYS. THE PRE-REACTION COMPOUND HAD A DOUBLE BOND BETWEEN CBU AND CBV WHICH OPENED UP TO FORM THE COVALENT LINKAGE WITH CYS SIDE CHAIN UPON REACTION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG 400, magnesium chloride, HEPES, NADP+, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, phenyl-VS-COA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月17日
放射モノクロメーター: double crystal and K-B biomorph mirrors
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.3 % / 数: 560054 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Χ2: 4.66 / D res high: 1.83 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 76577 / % possible obs: 97.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.975098.410.0535.297.4
3.944.9799.310.0647.2817.7
3.443.9498.910.0828.3177.7
3.133.4498.810.0977.9167.7
2.93.1398.710.1096.6547.7
2.732.998.410.1235.9337.7
2.62.7398.210.1395.4057.7
2.482.698.210.1514.837.6
2.392.4897.810.1734.6867.6
2.312.3997.910.1854.4757.6
2.232.3197.210.2014.2557.6
2.172.2397.410.2213.8867.6
2.112.1797.310.2443.4977.5
2.062.1197.110.2713.2017.4
2.012.0696.810.3022.8147.3
1.972.0196.610.3282.6267.1
1.931.9795.610.3562.5296.8
1.91.9394.910.4082.2446.5
1.861.993.610.4472.0236.1
1.831.8689.910.4932.0585.6
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 76527 / % possible obs: 93.14 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 38.14
反射 シェル解像度: 1.83→1.86 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 3.98 / % possible all: 89.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1057精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.821→32.455 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2019 3827 5 %
Rwork0.1535 --
obs0.1563 76527 95.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.821→32.455 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6928 0 232 1080 8240
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017462
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.75810168
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2762838
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1481133
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061295
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8215-1.84450.3616790.22521614X-RAY DIFFRACTION58
1.8445-1.86880.25531250.22292552X-RAY DIFFRACTION91
1.8688-1.89440.28361360.20772623X-RAY DIFFRACTION94
1.8944-1.92150.22841370.19872636X-RAY DIFFRACTION94
1.9215-1.95010.21821540.19052684X-RAY DIFFRACTION96
1.9501-1.98060.24341330.18082671X-RAY DIFFRACTION96
1.9806-2.01310.24231440.18252697X-RAY DIFFRACTION96
2.0131-2.04780.20761360.17192711X-RAY DIFFRACTION97
2.0478-2.0850.23221460.17222723X-RAY DIFFRACTION97
2.085-2.12510.20721340.1722721X-RAY DIFFRACTION97
2.1251-2.16850.22371610.16822706X-RAY DIFFRACTION97
2.1685-2.21560.20541590.16462697X-RAY DIFFRACTION97
2.2156-2.26710.24981460.15962718X-RAY DIFFRACTION97
2.2671-2.32380.22161360.16212781X-RAY DIFFRACTION98
2.3238-2.38660.20541230.16422752X-RAY DIFFRACTION98
2.3866-2.45680.21871470.16362732X-RAY DIFFRACTION98
2.4568-2.53610.23251490.16662733X-RAY DIFFRACTION98
2.5361-2.62670.22611460.16142779X-RAY DIFFRACTION98
2.6267-2.73180.20911320.16022758X-RAY DIFFRACTION98
2.7318-2.85610.20411560.15372762X-RAY DIFFRACTION98
2.8561-3.00660.21581410.15872763X-RAY DIFFRACTION99
3.0066-3.19480.22071560.15292785X-RAY DIFFRACTION99
3.1948-3.44120.17651580.13952779X-RAY DIFFRACTION99
3.4412-3.7870.18171410.12892808X-RAY DIFFRACTION99
3.787-4.33390.14861460.12132809X-RAY DIFFRACTION99
4.3339-5.45610.14961370.11862850X-RAY DIFFRACTION99
5.4561-32.45960.20011690.16342856X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.6497 Å / Origin y: 8.668 Å / Origin z: 59.1942 Å
111213212223313233
T0.1073 Å2-0.0018 Å2-0.0063 Å2-0.1168 Å2-0.0068 Å2--0.137 Å2
L0.1076 °20.0558 °2-0.0557 °2-0.1665 °2-0.0428 °2--0.3313 °2
S0.0014 Å °-0.0043 Å °0.0064 Å °0.0205 Å °-0.0061 Å °-0.0286 Å °-0.0016 Å °0.043 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 438
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 438
3X-RAY DIFFRACTION1allE1
4X-RAY DIFFRACTION1allC1
5X-RAY DIFFRACTION1allF1
6X-RAY DIFFRACTION1allD1
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 1084
8X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 3
9X-RAY DIFFRACTION1allI1 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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