PDB-4elo: Ferric binding protein in apo form 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4elo

タイトル

Ferric binding protein in apo form 1

要素

Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

キーワード

METAL TRANSPORT / beta sheet surrounded by alpha helices

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein / Ferric binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / outer membrane-bounded periplasmic space / 3-Layer(aba) Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.914 Å

データ登録者

Wang, Q. / Liu, X.Q. / Wang, X.Q.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the ferric binding protein A
著者: Wang, Q. / Liu, X.Q. / Wang, X.Q.

履歴

登録	2012年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4elo.cif.gz	725.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4elo.ent.gz	603 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4elo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4elo_validation.pdf.gz	470.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4elo_full_validation.pdf.gz	492.8 KB	表示
XML形式データ	4elo_validation.xml.gz	81.6 KB	表示
CIF形式データ	4elo_validation.cif.gz	119.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/4elo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/4elo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4elp 4elq 4elr
類似構造データ	4elp-1 4rsm-3 4elp-3 1xc1-9 4rsm-2 2c6e-2 4gu6-3 4elp-2 2wgj-d 1r1n-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

B: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

C: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

D: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

E: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

F: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

222 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

登録者が定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

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3

C: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

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4

D: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

登録者が定義した集合体
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5

E: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

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6

F: Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein

登録者が定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	42.124, 139.349, 326.337
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein / Ferric binding protein A 分子量: 37022.711 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA1628 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SHV2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M ammonium acetate, 30% PEG 4000, 0.1M Sodium acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→50 Å / Num. all: 149713 / Num. obs: 143194 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 20.4 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_596)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.914→36.148 Å / FOM work R set: 0.871 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2073	7123	5.02 %	random
R_work	0.1634	-	-	-
all	0.1656	149713	-	-
obs	0.1656	141958	94.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.874 Å² / k_sol: 0.353 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.7725 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.7278 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.9633 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.7645 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.914→36.148 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14328	0	0	1633	15961

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14637
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.031	19879
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.728	5479
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	2257
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2564

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9144-1.9362	0.2733	169	0.1979	3512	3681	76
1.9362-1.959	0.2599	260	0.1876	4095	4355	89
1.959-1.9829	0.2552	197	0.1762	4247	4444	90
1.9829-2.008	0.2411	216	0.1713	4169	4385	88
2.008-2.0344	0.2305	218	0.1567	4173	4391	91
2.0344-2.0623	0.208	209	0.1522	4250	4459	91
2.0623-2.0917	0.2142	237	0.15	4354	4591	92
2.0917-2.1229	0.2097	227	0.1543	4233	4460	90
2.1229-2.1561	0.2349	241	0.1636	4251	4492	93
2.1561-2.1914	0.2445	242	0.1653	4392	4634	93
2.1914-2.2292	0.2356	210	0.1565	4413	4623	92
2.2292-2.2698	0.1862	235	0.1559	4358	4593	94
2.2698-2.3134	0.2299	248	0.1549	4468	4716	95
2.3134-2.3606	0.225	250	0.1568	4476	4726	95
2.3606-2.4119	0.229	234	0.163	4466	4700	96
2.4119-2.468	0.2121	249	0.1635	4594	4843	96
2.468-2.5297	0.2229	217	0.1702	4508	4725	96
2.5297-2.5981	0.2195	273	0.165	4563	4836	97
2.5981-2.6745	0.1921	248	0.1637	4635	4883	98
2.6745-2.7608	0.2284	273	0.1636	4614	4887	99
2.7608-2.8595	0.229	241	0.1705	4703	4944	99
2.8595-2.9739	0.2242	233	0.176	4725	4958	99
2.9739-3.1092	0.2259	245	0.1799	4684	4929	99
3.1092-3.273	0.2215	262	0.1795	4767	5029	99
3.273-3.4779	0.2289	242	0.1695	4763	5005	99
3.4779-3.7462	0.1853	236	0.1596	4760	4996	99
3.7462-4.1227	0.1868	253	0.1564	4812	5065	100
4.1227-4.7182	0.1615	254	0.1355	4857	5111	100
4.7182-5.9401	0.1527	246	0.1533	4915	5161	100
5.9401-36.1544	0.1933	258	0.1806	5078	5336	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3229	0.0761	0.3312	0.5701	0.2344	0.7106	-0.0302	-0.0631	-0.0265	-0.0667	0.0024	0.0139	-0.0421	-0.0104	-0.0444	-0.0068	0.0056	0.0113	0.0896	-0.0009	0.0822	22.1821	53.4245	46.0202
2	0.4697	-0.2632	-0.1389	0.4857	-0.2672	0.8995	-0.0538	0.0187	0.028	0.0826	-0.0046	-0.0471	-0.1002	-0.0538	-0.0048	0.069	-0.0195	-0.0136	0.0821	0.0175	0.0644	41.4941	17.6069	61.8232
3	0.4575	0.0021	-0.3225	0.135	0.0239	0.6455	-0.0469	0.0206	0.0245	0.0491	0.0223	0.0061	0.0358	-0.0295	-0.0096	0.0143	-0.014	-0.0154	0.0456	0.0213	0.062	22.0385	18.0793	7.8879
4	0.1946	-0.1147	0.4253	0.6604	-0.428	1.3093	-0.0269	0.0175	-0.0021	-0.0759	-0.0332	-0.0306	0.172	0.0769	-0.11	0.0999	-0.014	0.0064	0.0798	0.0044	0.0693	23.6778	-16.1886	7.2781
5	0.3383	0.2637	-0.3668	0.877	-0.4228	0.9353	0.0199	-0.0334	0.037	-0.0414	-0.0231	0.0232	-0.1699	0.0203	-0.0365	0.0999	0.0124	0.0023	0.0538	-0.0192	0.074	17.7229	87.9283	46.7138
6	0.4391	0.1237	0.4383	0.744	0.168	0.8017	0.031	0.0249	-0.045	0.0933	-0.036	-0.0648	0.1507	0.0453	-0.1106	0.1104	-0.0113	-0.0077	0.0797	0.0065	0.0903	41.5467	-16.5983	63.0228

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	23 - 330
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	23 - 330
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	23 - 330
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	23 - 330
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E	E	23 - 330
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F	F	23 - 330

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