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- PDB-4elh: Structure-activity relationship guides enantiomeric preference am... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4elh
タイトルStructure-activity relationship guides enantiomeric preference among potent inhibitors of B. anthracis dihydrofolate reductase
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / dihydrofolate reductase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-53I / Chem-53J / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.103 Å
データ登録者Bourne, C.R. / Barrow, W.W.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Structure-activity relationship for enantiomers of potent inhibitors of B. anthracis dihydrofolate reductase.
著者: Bourne, C.R. / Wakeham, N. / Nammalwar, B. / Tseitin, V. / Bourne, P.C. / Barrow, E.W. / Mylvaganam, S. / Ramnarayan, K. / Bunce, R.A. / Berlin, K.D. / Barrow, W.W.
履歴
登録2012年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
H: Dihydrofolate reductase
C: Dihydrofolate reductase
B: Dihydrofolate reductase
G: Dihydrofolate reductase
F: Dihydrofolate reductase
D: Dihydrofolate reductase
E: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,01533
ポリマ－156,9248
非ポリマー5,09125
水23,0591280
1
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1904
ポリマ－19,6151
非ポリマー5743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
H: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1904
ポリマ－19,6151
非ポリマー5743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1904
ポリマ－19,6151
非ポリマー5743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1904
ポリマ－19,6151
非ポリマー5743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
G: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1904
ポリマ－19,6151
非ポリマー5743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1904
ポリマ－19,6151
非ポリマー5743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
D: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6885
ポリマ－19,6151
非ポリマー1,0734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
E: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1904
ポリマ－19,6151
非ポリマー5743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.350, 136.034, 168.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 AHCBGFDE

#1: タンパク質
Dihydrofolate reductase


分子量: 19615.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A thrombin cut site was engineered between the C-terminus and the 6 x His tag
由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS2083, BA_2237, dfrA, DHFR, GBAA_2237 / プラスミド: pCR-T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q81R22, dihydrofolate reductase

-
非ポリマー , 5種, 1305分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-53I / (2E)-3-{5-[(2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl]-2,3-dimethoxyphenyl}-1-[(1R)-1-(2-methylprop-1-en-1-yl)phthalazin-2(1H)-y l]prop-2-en-1-one / (R,E)-3-(5-((2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl)-2,3-dimethoxyphenyl)-1-(1-(2-methylprop-1-en-1-yl)phthalazin-2(1H)-yl)pr op-2-en-1-one


分子量: 498.576 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H30N6O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-53J / (2E)-3-{5-[(2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl]-2,3-dimethoxyphenyl}-1-[(1S)-1-(2-methylprop-1-en-1-yl)phthalazin-2(1H)-y l]prop-2-en-1-one / (S,E)-3-(5-((2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl)-2,3-dimethoxyphenyl)-1-(1-(2-methylprop-1-en-1-yl)phthalazin-2(1H)-yl)pr op-2-en-1-one


分子量: 498.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H30N6O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 16-22% PEG 3350, 0.2M CaCl2, 0.1M MES, +/- 3% glycerol , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.38 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→43.8 Å / Num. obs: 90525 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 24.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3FL8

3fl8


解像度: 2.103→43.784 Å / SU ML: 0.69 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2519 1994 2.21 %
Rwork0.1935 --
obs0.1948 90400 98.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.635 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.2144 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.8737 Å20 Å2
3----8.3407 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.103→43.784 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11034 0 349 1280 12663
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10615841
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7374412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071601
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052019
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1034-2.1560.2721350.21875992X-RAY DIFFRACTION95
2.156-2.21430.33731400.22666256X-RAY DIFFRACTION98
2.2143-2.27950.3691360.26596057X-RAY DIFFRACTION95
2.2795-2.35310.3171420.22676239X-RAY DIFFRACTION98
2.3531-2.43710.35561400.23226262X-RAY DIFFRACTION98
2.4371-2.53470.2981420.21936245X-RAY DIFFRACTION99
2.5347-2.65010.30331410.21776262X-RAY DIFFRACTION99
2.6501-2.78980.28021420.20646306X-RAY DIFFRACTION99
2.7898-2.96450.26011440.19886381X-RAY DIFFRACTION99
2.9645-3.19330.26351440.19666367X-RAY DIFFRACTION100
3.1933-3.51460.25211450.20146419X-RAY DIFFRACTION100
3.5146-4.02280.21781460.18086452X-RAY DIFFRACTION99
4.0228-5.06710.17081450.1366474X-RAY DIFFRACTION99
5.0671-43.79390.22951520.1916694X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.15060.3234-0.59631.8938-0.49473.5710.1156-0.06330.0158-0.0033-0.02140.0423-0.17410.3202-0.10080.1232-0.0314-0.0070.2160.00880.21316.345-33.0748-4.3235
22.08510.2477-0.50724.76211.92923.10520.1854-0.1020.2903-0.53880.0842-0.458-0.55080.5041-0.20760.3116-0.06470.04270.25310.00620.244420.3928-24.1387-15.0964
30.8078-0.2031-0.21181.0416-0.22241.37170.04110.0157-0.1005-0.14570.02160.17040.0559-0.2207-0.05930.1171-0.02-0.03690.20130.00870.209510.3403-40.5567-6.6882
42.97650.8731.42741.82770.22823.57180.152-0.0172-0.1144-0.2413-0.0426-0.07940.7945-0.2954-0.08420.3134-0.0319-0.01960.1590.01520.22697.47-2.48882.6428
50.4782-0.02080.05461.4948-1.49233.2668-0.0130.0737-0.0796-0.0927-0.0435-0.04560.26120.15940.05610.1390.00250.02540.1902-0.01110.210212.7759-1.94818.5582
62.4918-5.2191-5.86252.01521.99262.00650.08080.1659-0.6874-0.2353-0.0742-0.69710.74030.06120.04030.44070.05850.08110.4514-0.19410.56633.159719.838722.1284
71.45420.0389-0.55931.33570.24473.6664-0.0831-0.0827-0.11890.28990.08360.01180.3408-0.21930.00370.35030.0271-0.02380.16840.0110.175419.3242-38.177339.2262
81.5235-0.00090.93751.9060.03423.1334-0.033-0.13090.11360.4184-0.00510.1771-0.185-0.3170.03360.24990.0270.03180.1425-0.01140.205513.9113-35.839429.1127
91.72360.297-1.62481.11630.78383.3995-0.18140.0473-0.2436-0.037-0.002-0.03180.08860.04670.15420.37680.0822-0.0590.1717-0.01560.207630.4996-41.804736.3328
100.2735-0.29920.31971.5051-0.36134.5099-0.07-0.04180.2350.2087-0.0435-0.1955-1.04530.56680.060.4103-0.0948-0.08780.3237-0.01550.265913.831436.6126-5.4716
110.5928-0.62020.2511.7176-0.75093.6201-0.0444-0.02630.0634-0.1369-0.0757-0.0487-0.6577-0.05450.11610.2756-0.0317-0.0520.1681-0.01060.206610.262133.5213-10.0749
121.00423.20182.60519.78928.01146.52760.00980.8414-0.59460.2027-0.50320.68190.2067-1.19050.42850.53880.0013-0.15070.6669-0.24210.48214.195914.231-21.9984
131.84690.75210.85121.8139-0.57513.08930.0781-0.11020.07380.1576-0.12420.1839-0.6456-0.35820.02160.37780.07-0.00260.2061-0.0370.203213.057629.989537.573
141.14270.78830.53211.00480.73713.2704-0.05340.06270.07640.0116-0.04030.0811-0.4627-0.36210.07740.40220.0759-0.03360.1786-0.0140.189613.885829.22332.4102
152.0146-5.5599-9.60372.33254.84342.0059-0.40340.0252-0.2605-0.15920.1822-0.03190.475-0.53350.29170.98980.05490.08990.4102-0.06180.480236.825920.938919.3922
161.22640.24270.80560.1040.11392.5901-0.0101-0.17540.0899-0.0602-0.02940.1729-0.365-0.370.01680.25620.04370.02420.2859-0.05810.2643-20.5765-3.074338.4694
170.79420.56691.00430.91440.4793.378-0.0431-0.01650.0338-0.0895-0.04210.1054-0.0228-0.20140.08180.13160.02620.00590.1742-0.04650.1899-17.1576-5.90232.9562
182.0132.9582-2.09226.343-1.82352.0116-0.1698-0.2985-0.80041.0199-0.14731.04170.5573-0.66350.39710.31320.010.09780.3688-0.01680.44754.0944-14.513517.8563
190.95570.37750.20561.5077-0.47863.0606-0.08550.09490.17610.255-0.0724-0.102-0.79090.2240.14480.3392-0.0447-0.09640.22320.00910.2505-19.68685.229-5.6569
200.7986-0.65380.821.1863-0.73993.8353-0.05710.06030.0679-0.0266-0.13320.0256-0.2263-0.07090.1930.1402-0.0467-0.03370.186-0.00530.2132-22.7162-2.3726-8.0916
211.9484.14335.97912.01651.99252.00990.2835-0.0752-0.2180.1984-0.4582-0.1587-0.654-0.46650.12580.5479-0.0913-0.10860.3903-0.0710.383-28.3031-22.2416-22.6201
222.8502-0.40591.2831.9785-2.22295.2518-0.2986-0.18970.22570.3256-0.142-0.4696-0.66710.67510.38170.2408-0.0371-0.05440.26910.02920.278121.553-2.858950.9144
233.56940.0022-0.57761.68890.11294.652-0.0965-0.3793-0.19280.0837-0.09190.05450.36-0.09020.19740.1994-0.00480.00590.1630.00180.18617.6567-6.687545.0113
242.01324.7883-8.08552.1318-4.43692.0033-0.0470.2130.0654-0.24060.1698-0.7870.71410.8008-0.07520.73120.05680.36430.52070.12610.5742-2.7284-12.575966.6741
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:43)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 44:101)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 102:166)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 1:24)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 25:160)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 161:166)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 1:36)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 37:126)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 127:166)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain D and resid 1:60)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain D and resid 61:158)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 159:166)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain E and resid 1:47)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain E and resid 48:160)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain E and resid 161:166)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain F and resid 1:58)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain F and resid 59:161)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain F and resid 162:166)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain G and resid 1:70)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain G and resid 71:160)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain G and resid 161:166)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain H and resid 1:126)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain H and resid 127:160)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain H and resid 161:166)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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