PDB-4elf: Structure-activity relationship guides enantiomeric preference am...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4elf

タイトル

Structure-activity relationship guides enantiomeric preference among potent inhibitors of B. anthracis dihydrofolate reductase

要素

Dihydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / dihydrofolate reductase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Bourne, C.R. / Barrow, W.W.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Structure-activity relationship for enantiomers of potent inhibitors of B. anthracis dihydrofolate reductase.
著者: Bourne, C.R. / Wakeham, N. / Nammalwar, B. / Tseitin, V. / Bourne, P.C. / Barrow, E.W. / Mylvaganam, S. / Ramnarayan, K. / Bunce, R.A. / Berlin, K.D. / Barrow, W.W.

履歴

登録	2012年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4elf.cif.gz	587.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4elf.ent.gz	488.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4elf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/4elf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/4elf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4elbC 4eleC 4elgC 4elhC 3fl8S 3elb 3ele 3fl9 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ele-6 4elh-7 4elh-3 4ele-1 4ele-3 4elg-3 4elh-5 4elg-1 4ele-5 4elb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase

B: Dihydrofolate reductase

C: Dihydrofolate reductase

D: Dihydrofolate reductase

E: Dihydrofolate reductase

F: Dihydrofolate reductase

G: Dihydrofolate reductase

H: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

162 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

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2

B: Dihydrofolate reductase

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3

C: Dihydrofolate reductase

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4

D: Dihydrofolate reductase

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5

E: Dihydrofolate reductase

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6

F: Dihydrofolate reductase

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7

G: Dihydrofolate reductase

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8

H: Dihydrofolate reductase

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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.270, 136.120, 168.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase 分子量: 19615.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現詳細: A thrombin cut site was engineered between the C-terminus and the 6 x His tag 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS2083, BA_2237, dfrA, DHFR, GBAA_2237 / プラスミド: pCR-T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q81R22, dihydrofolate reductase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-35I / (2E)-3-{5-[(2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl]-2,3-dimethoxyphenyl}-1-[(1S)-1-(3,3,3-trifluoropropyl)phthalazin-2(1H)-yl ]prop-2-en-1-one / (S,E)-3-(5-((2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl)-2,3-dimethoxyphenyl)-1-(1-(3,3,3-trifluoropropyl)phthalazin-2(1H)-yl)pro p-2-en-1-one 分子量: 540.537 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₇F₃N₆O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 947 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 16-22% PEG 3350, 0.2M CaCl2, 0.1M MES, +/- 3% glycerol , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月1日 / 詳細: Osmic Blue multilayer optics
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→37 Å / Num. obs: 67586 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 25.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 10.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
d*TREK		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3FL8

3fl8

解像度: 2.3→31.552 Å / SU ML: 0.87 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2898	3412	5.06 %
R_work	0.2282	-	-
obs	0.2313	67478	95.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 31.2 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.9107 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.1314 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.7793 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.552 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11034	0	328	947	12309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	11723
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.197	15902
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.883	4485
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1602
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2019

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3329	0.4796	124	0.3593	2529	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3329-2.3677	0.4425	149	0.3306	2525	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3677-2.4047	0.4078	117	0.3343	2541	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4047-2.4441	0.3962	130	0.3544	2587	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4441-2.4862	0.4233	142	0.3287	2527	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4862-2.5314	0.4271	143	0.3279	2598	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5314-2.58	0.3533	135	0.3016	2596	X-RAY DIFFRACTION	94
2.58-2.6327	0.4121	138	0.3057	2608	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6327-2.6899	0.3993	151	0.2862	2597	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6899-2.7524	0.3551	157	0.2637	2684	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7524-2.8212	0.3614	139	0.2606	2651	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8212-2.8975	0.322	142	0.2413	2689	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8975-2.9827	0.3087	141	0.2484	2723	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9827-3.0789	0.3048	130	0.2316	2710	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0789-3.1888	0.3181	131	0.2321	2739	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1888-3.3163	0.3069	168	0.2327	2692	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3163-3.4671	0.2804	143	0.231	2731	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4671-3.6496	0.2836	135	0.235	2759	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6496-3.8779	0.2912	134	0.2132	2780	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8779-4.1767	0.2185	147	0.177	2773	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1767-4.5959	0.1969	156	0.1538	2789	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5959-5.2583	0.2017	163	0.1566	2796	X-RAY DIFFRACTION	98
5.2583-6.6148	0.2679	158	0.2164	2762	X-RAY DIFFRACTION	97
6.6148-31.5552	0.2413	139	0.2093	2680	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6983	0.1628	-0.1086	3.3738	-0.8797	6.9733	0.1463	0.0143	0.3484	0.0788	-0.0587	-0.0533	-0.4004	0.3832	-0.1166	0.1663	-0.0449	-0.0071	0.1624	0.0143	0.2436	15.8813	-33.5205	-3.4433
2	3.9743	0.1833	0.0203	5.8701	2.7583	7.3253	0.006	0.0586	0.2825	-0.386	-0.1262	-0.3198	-0.7458	0.6304	0.1255	0.3642	-0.1016	0.036	0.3085	0.0419	0.3052	21.1453	-23.1809	-15.3414
3	0.9164	-0.2516	-0.6266	2.0983	-1.0947	4.4757	0.0473	0.1024	0.0074	-0.194	0.0953	0.4093	-0.025	-0.5277	-0.1442	0.1519	-0.0051	-0.0545	0.2648	-0.0034	0.2673	11.4836	-37.8601	-5.6646
4	6.2972	4.742	1.562	4.9346	3.235	3.5439	-0.906	-0.6015	0.0666	-1.5847	-0.0453	0.7918	-0.9658	-0.7691	0.8588	0.7624	0.0175	-0.2383	0.4828	-0.0838	0.4387	6.0108	-51.8666	-22.2683
5	3.5288	-0.4127	0.3048	1.4468	-0.6458	5.0412	0.0377	0.2228	-0.3981	-0.3321	0.0849	-0.1636	0.5103	0.2148	-0.1047	0.2953	0.0098	0.0334	0.1465	-0.0006	0.2841	12.2979	-0.9681	2.6462
6	5.0177	-0.2894	0.1905	4.8081	1.6163	6.8386	-0.2051	0.1241	-0.2834	-0.0148	-0.0484	-0.1988	0.3363	0.427	0.2459	0.2681	0.0479	0.0123	0.1753	0.0445	0.2519	17.0856	-11.2321	15.1473
7	0.9551	0.0344	0.9996	1.7921	-1.5455	4.5983	0.0449	0.0185	0.0231	0.0136	-0.0034	0.2469	0.1413	-0.2435	-0.0464	0.1696	0.0107	0.0369	0.2325	0.0131	0.2898	8.0447	3.6257	4.7884
8	7.529	-9.5875	-7.7393	2.0176	2.0072	2.0061	-0.7289	-0.5248	-0.3004	0.4228	0.3385	0.7896	-0.2857	-0.2951	0.529	0.5874	0.0517	0.1176	0.4685	-0.1438	0.5035	4.763	17.4592	20.5807
9	2.4052	-0.2081	-1.4335	1.6508	-0.8944	6.0014	-0.031	-0.1735	-0.0087	0.2065	0.1037	-0.0987	-0.1218	-0.2653	-0.086	0.3898	0.0694	-0.067	0.2348	-0.003	0.2416	19.2929	-38.2707	39.2011
10	3.7811	0.0726	-1.7016	3.9303	0.0617	5.4469	-0.0982	-0.1328	0.2897	0.4127	0.0809	0.4161	-0.5883	-0.4432	0.0138	0.3383	0.1003	0.0147	0.2461	0.0151	0.3343	9.8435	-31.7083	26.6005
11	0.9186	0.3465	1.1032	0.3239	-0.0991	2.8544	0.0353	0.0288	-0.145	0.2821	0.0668	-0.0108	0.2173	0.0829	-0.0861	0.4356	0.0925	-0.028	0.2124	-0.0193	0.2847	24.3638	-41.5137	35.8279
12	5.4705	-0.402	-1.5248	5.3918	1.99	9.2468	-0.3896	-0.0665	-0.5956	1.1889	0.2807	0.7534	0.4657	-0.5684	0.1158	0.7063	-0.1443	0.2007	0.3492	-0.0216	0.4331	42.3857	-48.9451	18.1958
13	3.0015	0.1021	0.3102	2.6503	-0.9495	7.8228	-0.0751	-0.1419	0.504	0.1189	-0.1187	-0.2025	-0.6944	0.4834	0.1224	0.2616	-0.04	-0.0686	0.2244	0.0318	0.2905	12.024	33.4538	-3.4278
14	2.7755	-0.8528	-1.4057	6.0415	0.929	4.5822	0.0515	-0.2292	0.2761	0.0073	-0.1025	-0.4823	-1.0964	0.6595	0.0793	0.5541	-0.1352	-0.0413	0.2939	0.0397	0.3676	16.8249	43.7944	-15.7758
15	1.0775	-0.3042	1.223	1.6688	-1.3781	6.5975	-0.1649	-0.1013	0.0325	-0.0095	0.0285	0.202	-0.3641	-0.606	0.1492	0.1561	0.0089	-0.0186	0.2404	0.0141	0.2462	7.6753	28.9026	-5.6548
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18	2.7038	-0.1586	-1.0626	2.529	1.1318	4.0317	-0.0954	0.1159	0.3437	-0.091	-0.0125	0.4266	-1.1354	-0.8883	0.1367	0.626	0.2534	-0.0519	0.4754	-0.0109	0.3948	5.4005	34.6582	27.1939
19	1.7984	-0.0231	0.9434	0.9547	-0.8138	4.1054	0.0274	0.0179	-0.1425	0.1503	0.0298	-0.0199	-0.1837	-0.0541	-0.0667	0.3141	0.0251	-0.0312	0.148	-0.0108	0.2323	19.8727	26.0244	36.1192
20	6.2796	1.4494	2.7334	1.8682	-1.6395	4.5414	-0.43	-0.3581	-0.8821	0.761	0.3041	0.7315	0.101	-0.6333	0.1597	1.0157	0.195	0.1148	0.313	-0.0647	0.6795	37.772	20.5331	18.2978
21	1.3208	-0.5446	0.9405	3.7629	-1.0573	5.6402	0.0299	-0.1363	-0.048	0.2592	-0.0878	0.544	0.0251	-0.5408	-0.0415	0.2656	-0.0124	0.0264	0.4009	-0.0967	0.3538	-17.4876	-5.4225	40.7255
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25	4.9437	1.1079	-0.9276	1.7642	-1.1208	6.126	-0.1192	-0.0372	0.434	0.3161	0.0199	-0.1097	-0.5976	-0.162	0.0475	0.3152	-0.0432	-0.0825	0.1551	-0.0145	0.2622	-21.5623	-0.2414	-1.6145
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29	4.5759	1.1969	1.2033	3.9823	-2.2986	9.0599	-0.3063	0.0011	0.1091	0.1803	0.135	-0.4663	-0.4882	0.6628	0.091	0.2685	-0.0004	-0.0027	0.2412	0.0076	0.2665	17.5012	-3.0794	45.3233
30	3.133	-2.2316	0.0453	2.0569	-1.4251	7.1973	-0.602	0.3449	0.5513	0.4914	0.0508	-1.7936	-1.7431	2.298	0.4727	0.6965	-0.2812	-0.2443	1.0264	-0.0265	0.9647	30.46	0.8138	53.9282
31	3.8134	-1.1576	2.0947	2.274	-1.4398	8.5023	-0.2257	-0.5032	-0.0149	0.1823	0.0918	-0.2583	0.2129	0.0177	0.1069	0.2636	0.0126	0.042	0.1804	-0.0125	0.2519	13.4231	-6.2523	49.4048
32	4.4439	1.7812	-3.7052	1.0684	-1.0726	3.7556	-0.471	-0.6073	-0.9917	0.827	-0.1098	0.5697	0.7552	1.0379	0.5459	0.6812	0.0748	0.3346	0.627	0.1482	0.5933	-0.7177	-10.69	65.1615

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:39)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 40:91)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 92:158)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 159:166)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 1:39)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 40:91)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 92:158)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 159:166)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 1:36)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 37:90)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 91:161)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 162:166)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 1:39)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 40:91)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 92:158)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 159:166)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain E and resid 1:33)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain E and resid 34:90)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain E and resid 91:161)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain E and resid 162:166)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain F and resid 1:36)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain F and resid 37:109)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain F and resid 110:160)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain F and resid 161:166)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain G and resid 1:37)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain G and resid 38:65)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain G and resid 66:161)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain G and resid 162:166)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain H and resid 1:43)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain H and resid 44:82)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain H and resid 83:158)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain H and resid 159:166)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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