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- PDB-4ele: Structure-activity relationship guides enantiomeric preference am... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ele
タイトルStructure-activity relationship guides enantiomeric preference among potent inhibitors of B. anthracis dihydrofolate reductase
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / dihydrofolate reductase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-31I / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Bourne, C.R. / Barrow, W.W.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Structure-activity relationship for enantiomers of potent inhibitors of B. anthracis dihydrofolate reductase.
著者: Bourne, C.R. / Wakeham, N. / Nammalwar, B. / Tseitin, V. / Bourne, P.C. / Barrow, E.W. / Mylvaganam, S. / Ramnarayan, K. / Bunce, R.A. / Berlin, K.D. / Barrow, W.W.
履歴
登録2012年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
B: Dihydrofolate reductase
C: Dihydrofolate reductase
D: Dihydrofolate reductase
E: Dihydrofolate reductase
F: Dihydrofolate reductase
G: Dihydrofolate reductase
H: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,42032
ポリマ－156,9248
非ポリマー4,49724
水18,6091033
1
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1784
ポリマ－19,6151
非ポリマー5623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1784
ポリマ－19,6151
非ポリマー5623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1784
ポリマ－19,6151
非ポリマー5623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1784
ポリマ－19,6151
非ポリマー5623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1784
ポリマ－19,6151
非ポリマー5623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1784
ポリマ－19,6151
非ポリマー5623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1784
ポリマ－19,6151
非ポリマー5623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1784
ポリマ－19,6151
非ポリマー5623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.545, 136.302, 168.554
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Dihydrofolate reductase


分子量: 19615.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A thrombin cut site was engineered between the C-terminus and the 6 x His tag
由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS2083, BA_2237, dfrA, DHFR, GBAA_2237 / プラスミド: pCR-T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q81R22, dihydrofolate reductase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-31I / (2E)-3-{5-[(2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl]-2,3-dimethoxyphenyl}-1-[(1S)-1-(propan-2-yl)phthalazin-2(1H)-yl]prop-2-en -1-one / (S,E)-3-(5-((2,4-diaminopyrimidin-5-yl)methyl)-2,3-dimethoxyphenyl)-1-(1-isopropylphthalazin-2(1H)-yl)prop-2-en-1-one


分子量: 486.566 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H30N6O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1033 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.97 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5.8
詳細: 16-22% PEG 3350, 0.2M CaCl2, 0.1M MES, +/- 3% glycerol , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→29.1 Å / Num. obs: 64869 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 10.2

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.2_869) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FL8

3fl8


解像度: 2.35→28.09 Å / SU ML: 0.8 / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 24.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 3263 5.03 %
Rwork0.197 --
obs0.2 64834 97.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.42 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.1076 Å20 Å20 Å2
2---3.0115 Å20 Å2
3----4.0961 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→28.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11034 0 304 1033 12371
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811650
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10615777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6694379
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052015
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3501-2.38520.32821110.2571968X-RAY DIFFRACTION73
2.3852-2.42240.33791190.25232611X-RAY DIFFRACTION96
2.4224-2.46210.29621350.2422664X-RAY DIFFRACTION98
2.4621-2.50450.32581470.24342685X-RAY DIFFRACTION100
2.5045-2.550.3091490.2382721X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.59910.29671390.23262711X-RAY DIFFRACTION100
2.5991-2.65210.27311500.22712707X-RAY DIFFRACTION100
2.6521-2.70970.33291620.23442708X-RAY DIFFRACTION100
2.7097-2.77270.30511570.22332706X-RAY DIFFRACTION100
2.7727-2.84190.31211350.21722720X-RAY DIFFRACTION99
2.8419-2.91870.26851420.20082684X-RAY DIFFRACTION100
2.9187-3.00450.27361410.20622731X-RAY DIFFRACTION100
3.0045-3.10140.25831310.2012731X-RAY DIFFRACTION99
3.1014-3.2120.26461290.20232720X-RAY DIFFRACTION99
3.212-3.34050.27291610.19442705X-RAY DIFFRACTION99
3.3405-3.49220.25341390.20222724X-RAY DIFFRACTION99
3.4922-3.6760.23831300.20042730X-RAY DIFFRACTION99
3.676-3.90570.23931410.18212722X-RAY DIFFRACTION99
3.9057-4.20640.20981480.15782730X-RAY DIFFRACTION99
4.2064-4.6280.18421460.14282718X-RAY DIFFRACTION98
4.628-5.29380.17251610.14432723X-RAY DIFFRACTION97
5.2938-6.65490.2261580.20522718X-RAY DIFFRACTION97
6.6549-28.09430.2491320.19572734X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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