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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ekn | ||||||
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タイトル | Structure of the catalytic chain of Methanococcus jannaschii Aspartate Transcarbamoylase in a hexagonal crystal form | ||||||
![]() | Aspartate carbamoyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ATCase / aspartate transcarbamoylase / pyrimidine biosynthesis / thermostability / substrate channeling | ||||||
機能・相同性 | ![]() aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid binding / glutamine metabolic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vitali, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the catalytic chain of Methanococcus jannaschii aspartate transcarbamoylase in a hexagonal crystal form: insights into the path of carbamoyl phosphate to the active site of the enzyme. 著者: Vitali, J. / Singh, A.K. / Soares, A.S. / Colaneri, M.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2rgwS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
| x 6|||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | Trimer. A hexamer is also formed by pisa prediction but it is not known if it has biological relevance |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35210.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 解説: pSJS1240 was also cotransformed / 遺伝子: MJ1581, pyrB / プラスミド: pEK406 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-K / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.21 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, and 0.1 M Tris-HCl pH 7.5. The protein was a mixture of catalytic and regulatory subunits at a molar ratio of 1:1 ...詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, and 0.1 M Tris-HCl pH 7.5. The protein was a mixture of catalytic and regulatory subunits at a molar ratio of 1:1 concentrated to 11 mg/ml. Drops consisted of 2ul reservoir and 2.6 ul complex solution., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月18日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4996→50 Å / Num. obs: 13471 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 32.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4996→2.59 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.825 / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY of 2RGW chain D 解像度: 2.4996→41.985 Å / SU ML: 0.35 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 24.63 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.097 Å2 / ksol: 0.405 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4996→41.985 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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