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- PDB-4ekn: Structure of the catalytic chain of Methanococcus jannaschii Aspa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ekn
タイトルStructure of the catalytic chain of Methanococcus jannaschii Aspartate Transcarbamoylase in a hexagonal crystal form
要素Aspartate carbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ATCase / aspartate transcarbamoylase / pyrimidine biosynthesis / thermostability / substrate channeling
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid binding / glutamine metabolic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold ...Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4996 Å
データ登録者Vitali, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Structure of the catalytic chain of Methanococcus jannaschii aspartate transcarbamoylase in a hexagonal crystal form: insights into the path of carbamoyl phosphate to the active site of the enzyme.
著者: Vitali, J. / Singh, A.K. / Soares, A.S. / Colaneri, M.J.
履歴
登録2012年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月27日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Aspartate carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7267
ポリマ－35,2111
非ポリマー5156
水2,612145
1
B: Aspartate carbamoyltransferase
ヘテロ分子

B: Aspartate carbamoyltransferase
ヘテロ分子

B: Aspartate carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,17821
ポリマ－105,6323
非ポリマー1,54618
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area7850 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area35960 Å2
手法PISA
2
B: Aspartate carbamoyltransferase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,35642
ポリマ－211,2646
非ポリマー3,09336
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area21570 Å2
ΔGint-344 kcal/mol
Surface area66500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.960, 96.960, 136.439
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-401-

SO4

21B-401-

SO4

31B-403-

SO4

41B-405-

K

51B-406-

GOL

61B-514-

HOH

71B-570-

HOH

81B-643-

HOH

詳細Trimer. A hexamer is also formed by pisa prediction but it is not known if it has biological relevance

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要素

#1: タンパク質 Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate transcarbamylase / ATCase


分子量: 35210.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
解説: pSJS1240 was also cotransformed / 遺伝子: MJ1581, pyrB / プラスミド: pEK406 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): EK1594 / 参照: UniProt: Q58976, aspartate carbamoyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, and 0.1 M Tris-HCl pH 7.5. The protein was a mixture of catalytic and regulatory subunits at a molar ratio of 1:1 ...詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, and 0.1 M Tris-HCl pH 7.5. The protein was a mixture of catalytic and regulatory subunits at a molar ratio of 1:1 concentrated to 11 mg/ml. Drops consisted of 2ul reservoir and 2.6 ul complex solution., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月18日
放射モノクロメーター: Si(111) crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4996→50 Å / Num. obs: 13471 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 32.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.4996→2.59 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.825 / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY of 2RGW chain D

2rgw


解像度: 2.4996→41.985 Å / SU ML: 0.35 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 24.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2701 1377 10.22 %random
Rwork0.1833 ---
obs0.1922 13469 98.18 %-
all-13471 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.097 Å2 / ksol: 0.405 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.2243 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.2243 Å2-0 Å2
3----4.4487 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4996→41.985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2460 0 27 145 2632
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052529
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6523397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.87984
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047381
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002428
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.4996-2.5890.31021260.237111870.0276131399
2.589-2.69260.38191440.24511910.0318133599
2.6926-2.81510.34121240.232611980.03061322100
2.8151-2.96350.29531510.213711800.024133199
2.9635-3.14910.30931370.198512000.0264133799
3.1491-3.39220.28561460.190711930.0236133999
3.3922-3.73340.26581260.166612340.0237136099
3.7334-4.27310.23791480.145212080.0196135699
4.2731-5.38190.20921270.141712440.0186137197
5.3819-41.99080.24961480.19612570.0205140592

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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