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万見
- PDB-4ekk: Akt1 with AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ekk
タイトルAkt1 with AMP-PNP
要素
  • Glycogen synthase kinase-3 beta
  • RAC-alpha serine/threonine-protein kinase
キーワードTRANSFERASE / Phosphotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycogen cell differentiation involved in embryonic placenta development / regulation of tRNA methylation / negative regulation of protein maturation / response to insulin-like growth factor stimulus / potassium channel activator activity / negative regulation of protein localization to lysosome / positive regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / negative regulation of lymphocyte migration / maintenance of protein location in mitochondrion / cellular response to rapamycin ...glycogen cell differentiation involved in embryonic placenta development / regulation of tRNA methylation / negative regulation of protein maturation / response to insulin-like growth factor stimulus / potassium channel activator activity / negative regulation of protein localization to lysosome / positive regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / negative regulation of lymphocyte migration / maintenance of protein location in mitochondrion / cellular response to rapamycin / cellular response to decreased oxygen levels / regulation of type B pancreatic cell development / AKT-mediated inactivation of FOXO1A / maternal placenta development / Negative regulation of the PI3K/AKT network / negative regulation of long-chain fatty acid import across plasma membrane / establishment of protein localization to mitochondrion / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / regulation of glycogen biosynthetic process / AKT phosphorylates targets in the nucleus / regulation of microtubule anchoring at centrosome / beta-catenin destruction complex disassembly / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / neuron projection organization / negative regulation of type B pancreatic cell development / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of cilium assembly / positive regulation of I-kappaB phosphorylation / superior temporal gyrus development / : / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / positive regulation of organ growth / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / positive regulation of protein localization to centrosome / maintenance of cell polarity / response to fluid shear stress / cellular response to peptide / negative regulation of endopeptidase activity / interleukin-18-mediated signaling pathway / fibroblast migration / MTOR signalling / positive regulation of sodium ion transport / mammary gland epithelial cell differentiation / positive regulation of cilium assembly / negative regulation of protein acetylation / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / positive regulation of glucose metabolic process / beta-catenin destruction complex / tau-protein kinase / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / CRMPs in Sema3A signaling / response to growth hormone / heart valve development / response to growth factor / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / regulation of microtubule-based process / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / regulation of protein export from nucleus / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / positive regulation of protein localization to cell surface / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / peripheral nervous system myelin maintenance / glycogen biosynthetic process / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / Maturation of nucleoprotein / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / cellular response to interleukin-3 / cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of fibroblast migration / negative regulation of TOR signaling / Wnt signalosome / anoikis / negative regulation of protein localization to nucleus / regulation of long-term synaptic potentiation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Maturation of nucleoprotein / AKT phosphorylates targets in the cytosol / non-canonical NF-kappaB signal transduction / response to food / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / labyrinthine layer blood vessel development / response to UV-A / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of axon extension
類似検索 - 分子機能
Protein kinase B alpha, catalytic domain / Protein Kinase B, pleckstrin homology domain / : / Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain ...Protein kinase B alpha, catalytic domain / Protein Kinase B, pleckstrin homology domain / : / Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / RAC-alpha serine/threonine-protein kinase / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wu, W.-I. / Vigers, G.P.A. / Morales, T.H. / Brandhuber, B.J.
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2012
タイトル: An ATP-Site On-Off Switch That Restricts Phosphatase Accessibility of Akt.
著者: Lin, K. / Lin, J. / Wu, W.I. / Ballard, J. / Lee, B.B. / Gloor, S.L. / Vigers, G.P. / Morales, T.H. / Friedman, L.S. / Skelton, N. / Brandhuber, B.J.
履歴
登録2012年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAC-alpha serine/threonine-protein kinase
B: RAC-alpha serine/threonine-protein kinase
C: Glycogen synthase kinase-3 beta
D: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,41310
ポリマ－81,1804
非ポリマー1,2326
水1,802100
1
A: RAC-alpha serine/threonine-protein kinase
C: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2065
ポリマ－40,5902
非ポリマー6163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15230 Å2
手法PISA
2
B: RAC-alpha serine/threonine-protein kinase
D: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2065
ポリマ－40,5902
非ポリマー6163
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.637, 55.853, 91.402
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RAC-alpha serine/threonine-protein kinase / Protein kinase B / PKB / Protein kinase B alpha / PKB alpha / Proto-oncogene c-Akt / RAC-PK-alpha


分子量: 39466.969 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 144-480 / 変異: S473D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKT1, PKB, RAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P31749, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Glycogen synthase kinase-3 beta / GSK-3 beta / Serine/threonine-protein kinase GSK3B


分子量: 1123.220 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3-12 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P49841, tau-protein kinase, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細GLY TO SER CONFLICT IN UNP ENTRY P31749

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.58 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 20% PEG4K, 100mM Tris-pH7.5, Under Oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月8日 / 詳細: Confocal mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 21267 / Num. obs: 21128 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rsym value: 0.16 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→29.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.847 / SU B: 15.603 / SU ML: 0.312 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.42 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27998 1084 5.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.2202 20035 100 %-
all-21267 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.944 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20 Å20.86 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5390 0 66 100 5556
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225582
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0961.9817522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6275652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.43123.285274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.384151002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7291542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3661.53264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.69625248
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.80932318
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4244.52274
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 74 -
Rwork0.294 1347 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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