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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ekf | ||||||
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タイトル | Structure of the Inactive Adenovirus Proteinase at 0.98 Angstrom Resolution | ||||||
要素 | Adenain | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha and beta protein (a+b) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adenain / cysteine-type peptidase activity / virion component / cysteine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.98 Å | ||||||
データ登録者 | Baniecki, M.L. / McGrath, W.J. / Mangel, W.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013 タイトル: Regulation of a Viral Proteinase by a Peptide and DNA in One-dimensional Space: III. ATOMIC RESOLUTION STRUCTURE OF THE NASCENT FORM OF THE ADENOVIRUS PROTEINASE. 著者: Baniecki, M.L. / McGrath, W.J. / Mangel, W.F. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Regulation of a viral proteinase by a peptide and DNA in one-dimensional space. I. binding to DNA and to hexon of the precursor to protein VI, pVI, of human adenovirus. 著者: Graziano, V. / McGrath, W.J. / Suomalainen, M. / Greber, U.F. / Freimuth, P. / Blainey, P.C. / Luo, G. / Xie, X.S. / Mangel, W.F. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Regulation of a viral proteinase by a peptide and DNA in one-dimensional space. II. adenovirus proteinase is activated in an unusual one-dimensional biochemical reaction. 著者: Graziano, V. / Luo, G. / Blainey, P.C. / Perez-Berna, A.J. / McGrath, W.J. / Flint, S.J. / San Martin, C. / Xie, X.S. / Mangel, W.F. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Regulation of a viral proteinase by a peptide and DNA in one-dimensional space. IV. viral proteinase slides along DNA to locate and process its substrates. 著者: Blainey, P.C. / Graziano, V. / Perez-Berna, A.J. / McGrath, W.J. / Flint, S.J. / San Martin, C. / Xie, X.S. / Mangel, W.F. #4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: Adenovirus proteinase: crystallization and preliminary X-ray diffraction studies to atomic resolution. 著者: Baniecki, M.L. / McGrath, W.J. / Dauter, Z. / Mangel, W.F. #5: ジャーナル: Embo J. / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of the human adenovirus proteinase with its 11 amino acid cofactor. 著者: Ding, J. / McGrath, W.J. / Sweet, R.M. / Mangel, W.F. #6: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2003 タイトル: Crystallographic structure at 1.6-A resolution of the human adenovirus proteinase in a covalent complex with its 11-amino-acid peptide cofactor: insights on a new fold. 著者: McGrath, W.J. / Ding, J. / Didwania, A. / Sweet, R.M. / Mangel, W.F. #7: ジャーナル: Nature / 年: 1993 タイトル: Viral DNA and a viral peptide can act as cofactors of adenovirus virion proteinase activity. 著者: Mangel, W.F. / McGrath, W.J. / Toledo, D.L. / Anderson, C.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ekf.cif.gz | 133.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ekf.ent.gz | 103.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ekf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ekf_validation.pdf.gz | 435.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ekf_full_validation.pdf.gz | 439.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ekf_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ekf_validation.cif.gz | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/4ekf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/4ekf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1nlnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23146.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス) 株: serotype 2 / 遺伝子: L3-23K / プラスミド: pET 13a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLys S / 参照: UniProt: P03252, adenain |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 5.6 詳細: 0.3M sodium citrate, pH 5.6, 0.8 M sodium acetate, 5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.92 |
検出器 | タイプ: BRANDEIS 4K / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.98→30 Å / Num. obs: 92231 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 8.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 25.4 |
反射 シェル | 解像度: 0.98→1 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / % possible all: 97.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1NLN CHAIN A 解像度: 0.98→20 Å / Num. parameters: 16135 / Num. restraintsaints: 19747 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.7814 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.127 Å / Num. disordered residues: 12 / Occupancy sum hydrogen: 1406 / Occupancy sum non hydrogen: 1732.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.98→20 Å
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拘束条件 |
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