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万見
- PDB-4ekf: Structure of the Inactive Adenovirus Proteinase at 0.98 Angstrom ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ekf
タイトルStructure of the Inactive Adenovirus Proteinase at 0.98 Angstrom Resolution
要素Adenainアデナイン
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / alpha and beta protein (a+b)
機能・相同性
機能・相同性情報


アデナイン / cysteine-type peptidase activity / virion component / cysteine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / タンパク質分解 / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase C5, adenain / Adenovirus endoprotease / Adenoviral Proteinase; Chain / Adenoviral Proteinase; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
プロテアーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.98 Å
データ登録者Baniecki, M.L. / McGrath, W.J. / Mangel, W.F.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Regulation of a Viral Proteinase by a Peptide and DNA in One-dimensional Space: III. ATOMIC RESOLUTION STRUCTURE OF THE NASCENT FORM OF THE ADENOVIRUS PROTEINASE.
著者: Baniecki, M.L. / McGrath, W.J. / Mangel, W.F.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Regulation of a viral proteinase by a peptide and DNA in one-dimensional space. I. binding to DNA and to hexon of the precursor to protein VI, pVI, of human adenovirus.
著者: Graziano, V. / McGrath, W.J. / Suomalainen, M. / Greber, U.F. / Freimuth, P. / Blainey, P.C. / Luo, G. / Xie, X.S. / Mangel, W.F.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Regulation of a viral proteinase by a peptide and DNA in one-dimensional space. II. adenovirus proteinase is activated in an unusual one-dimensional biochemical reaction.
著者: Graziano, V. / Luo, G. / Blainey, P.C. / Perez-Berna, A.J. / McGrath, W.J. / Flint, S.J. / San Martin, C. / Xie, X.S. / Mangel, W.F.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Regulation of a viral proteinase by a peptide and DNA in one-dimensional space. IV. viral proteinase slides along DNA to locate and process its substrates.
著者: Blainey, P.C. / Graziano, V. / Perez-Berna, A.J. / McGrath, W.J. / Flint, S.J. / San Martin, C. / Xie, X.S. / Mangel, W.F.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Adenovirus proteinase: crystallization and preliminary X-ray diffraction studies to atomic resolution.
著者: Baniecki, M.L. / McGrath, W.J. / Dauter, Z. / Mangel, W.F.
#5: ジャーナル: Embo J. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of the human adenovirus proteinase with its 11 amino acid cofactor.
著者: Ding, J. / McGrath, W.J. / Sweet, R.M. / Mangel, W.F.
#6: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2003
タイトル: Crystallographic structure at 1.6-A resolution of the human adenovirus proteinase in a covalent complex with its 11-amino-acid peptide cofactor: insights on a new fold.
著者: McGrath, W.J. / Ding, J. / Didwania, A. / Sweet, R.M. / Mangel, W.F.
#7: ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Viral DNA and a viral peptide can act as cofactors of adenovirus virion proteinase activity.
著者: Mangel, W.F. / McGrath, W.J. / Toledo, D.L. / Anderson, C.W.
履歴
登録2012年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月24日Group: Database references
改定 1.22012年12月12日Group: Database references
改定 1.32013年2月6日Group: Database references
改定 1.42017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.52023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1692
ポリマ－23,1461
非ポリマー231
水4,648258
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.270, 54.540, 42.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Adenain / アデナイン / Endoprotease / Late L3 23 kDa protein


分子量: 23146.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)
株: serotype 2血清型 / 遺伝子: L3-23K / プラスミド: pET 13a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLys S / 参照: UniProt: P03252, アデナイン
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.2 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5.6
詳細: 0.3M sodium citrate, pH 5.6, 0.8 M sodium acetate, 5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.92
検出器タイプ: BRANDEIS 4K / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.98→30 Å / Num. obs: 92231 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 8.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 0.98→1 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / % possible all: 97.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NLN CHAIN A

1nln


解像度: 0.98→20 Å / Num. parameters: 16135 / Num. restraintsaints: 19747 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1678 --RANDOM
all0.135 90549 --
obs0.135 92231 97.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.7814 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.127 Å / Num. disordered residues: 12 / Occupancy sum hydrogen: 1406 / Occupancy sum non hydrogen: 1732.98
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.98→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1535 0 1 258 1794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.045
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0278
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.093
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.172
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.119
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.046
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.079

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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