PDB-4ejo: Crystal structure of padr family transcriptional regulator from E...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ejo

タイトル

Crystal structure of padr family transcriptional regulator from Eggerthella lenta DSM 2243

要素

Transcriptional regulator, PadR-like family

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR

機能・相同性

機能・相同性情報

Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Eggerthella lenta (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Chang, C. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of padr family transcriptional regulator from Eggerthella lenta DSM 2243
著者: Chang, C. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2012年4月25日	ID: 3RI2
改定 1.0	2012年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ejo.cif.gz	104.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ejo.ent.gz	88.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ejo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ejo_validation.pdf.gz	446.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ejo_full_validation.pdf.gz	450.4 KB	表示
XML形式データ	4ejo_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	4ejo_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/4ejo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/4ejo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2asb-d 5xbc-d 3w9g-2 2d2a-d 3jxi-2 3w9f-2 4nr4-d 6pvx-d 1o0o-d 3jxi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC100099

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, PadR-like family

B: Transcriptional regulator, PadR-like family

ヘテロ分子

28.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional regulator, PadR-like family

ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator, PadR-like family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transcriptional regulator, PadR-like family

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.783, 55.783, 132.425
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-206- HOH

詳細

unit A makes dimer with operator (x,y,z) (1-x,1-y,z) unit B makes dimer with operator (x,y,z) (-x,-y,z)

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, PadR-like family 分子量: 14110.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Eggerthella lenta (バクテリア) 株: ATCC 25559 / DSM 2243 / JCM 9979 / NCTC 11813 / VPI 0255 遺伝子: Elen_1533 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) MAGIC / 参照: UniProt: C8WHB0
#2: 化合物	ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.61 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1M PHOSPHATE-CITRATE PH 4.2, 40% ETHANOL, 5% PEG 1000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE, temperature 277 K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97948, 0.97959

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月11日

放射

モノクロメーター: SI(111)DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97948	1
2	0.97959	1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.588
1	1	K, H, -L	2	0.412

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 11881 / Num. obs: 11880 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 33.9

反射シェル

解像度: 2.1→2.12 Å / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SHELXDE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 13.543 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2353	532	4.5 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.1833	11854	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 174.83 Å² / B_iso mean: 44.9808 Å² / B_iso min: 6.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	15.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	15.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-31.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1767	0	3	22	1792

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.667	1.99	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.941	5	232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.889	22.588	85
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.921	15	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.055	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.435	3	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	29.428	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	28.29	5	1846

LS精密化シェル

解像度: 2.096→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	52	-
R_work	0.184	839	-
all	-	891	-
obs	-	893	98.34 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1036	1.3764	0.1575	26.8957	-5.9769	8.4597	0.0371	0.0316	0.0701	0.236	0.3887	1.2135	0.3805	-0.2922	-0.4258	0.1531	0.0176	0.0234	0.2593	0.0804	0.3183	19.726	14.947	9.901
2	1.8825	-1.9299	-1.0358	4.9239	0.7224	0.6162	-0.0107	-0.0241	-0.0211	-0.1848	0.0411	0.1674	0.0608	0.0027	-0.0304	0.1909	-0.0053	-0.0576	0.1893	-0.0126	0.3055	21.517	35.611	5.737
3	11.6429	-4.707	8.4849	1.9074	-3.4322	6.1879	-0.3679	-0.2534	0.2208	0.1483	0.1219	-0.1031	-0.3024	-0.1813	0.246	0.2226	0.0366	0.0048	0.1953	-0.0471	0.4618	10.337	46.031	7.717
4	16.6783	14.5975	12.6634	13.6907	12.8182	12.9071	0.5655	-0.0861	-0.4577	0.3822	-0.1909	-0.4226	0.2045	-0.2718	-0.3746	0.1407	0.1153	-0.149	0.1163	-0.1355	0.4584	11.065	35.421	4.625
5	4.1164	2.5886	-1.3985	5.5687	-0.7174	0.4843	-0.1806	-0.4418	-0.2434	-0.3043	0.0575	0.1539	0.0616	0.1462	0.1231	0.2061	0.0449	-0.0254	0.2282	0.0213	0.3193	17.649	37.71	15.314
6	5.5255	-0.1955	2.6152	0.8955	0.0702	1.2719	0.0246	-0.5635	0.1817	0.0892	-0.1182	0.0881	0.0411	-0.2657	0.0935	0.203	0.0033	-0.006	0.2341	-0.0457	0.3217	14.608	50.305	13.229
7	0.2941	-1.3596	-0.3579	7.823	2.5926	1.1736	-0.0126	0.0101	0.0668	0.0208	0.153	-0.1179	-0.0335	-0.0475	-0.1403	0.1588	0.0101	-0.0003	0.279	0.081	0.3507	29.393	44.831	1.803
8	3.4566	-7.2655	-2.6939	19.7981	4.4248	2.5235	-0.2599	-0.216	-0.1314	0.0229	0.1279	0.1879	0.1983	0.2855	0.132	0.2403	-0.0102	0.0225	0.1744	0.0224	0.2732	34.006	26.105	-3.575
9	2.7235	1.5614	-1.0205	16.568	7.7037	5.2088	0.0631	0.0253	-0.4232	0.3994	-0.2387	-0.3971	0.2929	-0.3055	0.1757	0.1716	0.0067	0.0499	0.2364	-0.0412	0.3454	7.617	-13.813	-7.288
10	1.6882	3.1803	-0.2124	7.0947	1.889	4.8675	-0.3268	-0.1479	0.1706	-0.5899	-0.3191	0.5972	0.3836	-0.1644	0.6459	0.278	0.026	-0.0237	0.2058	0.0084	0.4322	6.257	7.598	-3.3
11	23.7477	-1.5017	9.1805	0.096	-0.5818	3.5507	-0.1267	0.5956	-0.0538	0.022	0.0395	-0.0121	-0.0922	0.2379	0.0872	0.2247	-0.0698	0.0003	0.1394	0.0652	0.4241	17.599	18.087	-5.242
12	12.1787	-2.1947	1.892	17.5995	-22.9482	30.0033	-0.0967	-0.8	-0.1279	0.1192	0.4087	0.2829	-0.1371	-0.4325	-0.312	0.1262	-0.019	0.0197	0.1731	0.0003	0.3881	16.729	7.632	-2.138
13	4.4744	-17.7931	-0.986	70.7913	3.9213	0.2173	-0.0759	0.0911	-0.351	0.7808	-0.135	1.2918	0.0423	-0.0153	0.2109	0.5704	-0.6714	0.191	0.818	-0.2911	0.345	9.191	10.658	-12.521
14	1.9469	-0.4945	-1.41	2.4418	-1.7932	3.0197	0.082	0.1095	0.0875	-0.1203	-0.0018	-0.0006	0.0256	-0.1075	-0.0801	0.1717	-0.0172	-0.0214	0.2112	0.0187	0.3068	13.269	22.456	-10.855
15	5.2432	-0.9421	-2.9476	9.3223	-4.3598	4.2702	0.1171	-0.041	-0.268	0.1215	-0.2683	0.0862	-0.144	0.1852	0.1512	0.1413	0.0007	0.0138	0.2317	0.0826	0.3837	-1.449	16.864	0.743
16	3.7298	-0.2526	-1.503	14.6798	-1.495	0.7809	-0.0893	0.3386	0.067	0.7579	0.1471	0.0608	-0.0409	-0.1605	-0.0578	0.1489	-0.0205	-0.0166	0.2091	0.0281	0.2957	-6.492	-2.794	6.393

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	13 - 28
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	29 - 34
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	35 - 45
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	46 - 59
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	60 - 83
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	84 - 95
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	96 - 111
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	0 - 12
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	13 - 28
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	29 - 34
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	35 - 45
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	46 - 59
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	60 - 83
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	84 - 95
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	96 - 115

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)