PDB-4eiv: 1.37 Angstrom resolution crystal structure of apo-form of a putat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eiv

タイトル

1.37 Angstrom resolution crystal structure of apo-form of a putative deoxyribose-phosphate aldolase from Toxoplasma gondii ME49

要素

Deoxyribose-phosphate aldolase

キーワード

LYASE / Chemotherapy / Brain Cysts / Bradyzoite / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyribose phosphate catabolic process / deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / deoxyribonucleotide catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Ruan, J. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Ueno, A. / Igarashi, M. / Ngo, H. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural and Functional Divergence of the Aldolase Fold in Toxoplasma gondii.
著者: Tonkin, M.L. / Halavaty, A.S. / Ramaswamy, R. / Ruan, J. / Igarashi, M. / Ngo, H.M. / Boulanger, M.J.

履歴

登録	2012年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Refinement description
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Database references
改定 1.3	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.5	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eiv.cif.gz	252.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eiv.ent.gz	203.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eiv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4eiv_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4eiv_full_validation.pdf.gz	457.4 KB	表示
XML形式データ	4eiv_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	4eiv_validation.cif.gz	44.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/4eiv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/4eiv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qyqSC 4d2jC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fa7-d 2bwx-d 6bt2-d 6ym1-d 3adr-d 2okg-2 2bwy-d 2bha-d 2hi0-d 5bu9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP90300

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Deoxyribose-phosphate aldolase

B: Deoxyribose-phosphate aldolase

ヘテロ分子

65 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.982, 73.284, 96.378
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Deoxyribose-phosphate aldolase 分子量: 32334.863 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 6-286 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 株: Toxoplasma gondii ME49 / 遺伝子: TGGT1_122370, TGME49_118750, TGVEG_010130 / プラスミド: pCCK-N-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/Magic / 参照: UniProt: B9PVB4, deoxyribose-phosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.42 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: The PACT suite B7(#19)-0.2 M NaCl, 0.1 M MES pH 6.0, 20% (w/v) PEG 6k. Protein at 12.7 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月5日 / 詳細: Be-Lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→30 Å / Num. all: 107282 / Num. obs: 107282 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 27.99
反射シェル	解像度: 1.37→1.39 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 2.86 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3QYQ

3qyq

解像度: 1.37→29.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 2.165 / SU ML: 0.039 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18485	5325	5 %	RANDOM
R_work	0.15158	-	-	-
obs	0.15327	101562	99.41 %	-
all	-	101562	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.52 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.37→29.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3883	0	12	688	4583

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	4305
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2939
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.967	5852
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.903	3.001	7180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.002	5	581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.01	23.846	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.387	15	762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.221	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	669
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	891
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.181	1.5	2758
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.381	1.5	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.847	2	4473
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.975	3	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.393	4.5	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.136	3	7244
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.37→1.406 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	400	-
R_work	0.208	7479	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5973	0.5086	-0.1112	3.308	-0.3263	0.6125	0.0767	-0.0546	-0.0282	0.4858	-0.0803	0.118	-0.1237	-0.0102	0.0036	0.0821	-0.0087	0.0214	0.0803	0.0021	0.049	-23.3251	-0.9644	16.0914
2	0.6858	0.3152	-0.3117	2.2088	-0.7694	1.3162	0.0964	-0.1705	0.0041	0.4182	-0.0861	-0.1651	-0.1462	0.1181	-0.0103	0.0842	-0.0315	-0.0393	0.1101	-0.0003	0.0862	-12.4017	12.7779	10.8998
3	1.137	0.2675	-0.3053	2.7203	-0.5325	2.5234	0.0011	0.1063	0.0105	-0.1597	-0.0175	-0.0895	-0.0115	0.0921	0.0164	0.0107	0.0033	-0.0006	0.1181	0.0138	0.1172	-11.4929	8.9763	-6.1908
4	2.2374	0.7753	-0.552	4.9129	0.8978	2.3787	0.0145	0.1952	-0.005	-0.283	-0.0138	-0.2136	0.0269	-0.0185	-0.0006	0.0321	0.0062	-0.0064	0.0902	0.01	0.0839	-19.6779	-0.2188	-6.1729
5	0.72	0.3643	0.0631	1.9261	-0.7487	0.9921	0.0211	-0.0688	-0.0021	0.1262	-0.0427	0.0135	0.026	-0.0673	0.0217	0.0294	0.0004	0.0004	0.1036	-0.0038	0.1048	-22.8147	-6.5194	7.3599
6	0.2962	-0.4515	-0.2309	2.2627	0.5927	0.3513	0.0327	0.0173	0.0077	-0.1232	-0.0472	0.1108	0.0111	-0.0704	0.0145	0.0293	-0.0014	-0.0127	0.0779	0.0018	0.0788	-20.2024	-34.2294	0.2347
7	0.6372	-0.0522	0.8345	0.9709	0.0614	3.7208	-0.0011	-0.0259	-0.0509	0.0021	0.0005	-0.0941	0.2793	-0.0183	0.0006	0.0305	0.0059	0.0117	0.0651	0.0069	0.095	-8.8089	-42.3478	7.8572
8	1.079	-0.0899	-0.179	1.8551	-0.0225	2.4354	-0.0074	-0.098	-0.0471	0.1775	-0.0141	-0.1495	0.0603	0.1427	0.0215	0.0192	0.0031	-0.0173	0.0878	0.0081	0.089	-5.337	-36.587	19.6814
9	2.7528	0.2115	0.1456	2.6893	0.5634	2.0025	-0.009	-0.1274	0.0132	0.2489	-0.0005	-0.1149	-0.0183	-0.0216	0.0096	0.0387	0.0039	-0.0132	0.0517	0.0142	0.0427	-14.4155	-29.0027	22.1545
10	0.8329	-0.1608	0.2658	1.4258	-0.0815	1.619	-0.0059	0.024	-0.0293	0.0084	0.0072	0.075	-0.0642	-0.0791	-0.0013	0.0028	0.0002	0.0001	0.0636	0.0007	0.0711	-20.8958	-24.8875	9.609

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	51 - 114
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	115 - 173
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	174 - 200
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	219 - 278
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	0 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	61 - 119
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	120 - 172
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	173 - 201
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	202 - 276

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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