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- PDB-4eiq: Chromopyrrolic acid-soaked RebC-10x with bound 7-carboxy-K252c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eiq
タイトルChromopyrrolic acid-soaked RebC-10x with bound 7-carboxy-K252c
要素Putative FAD-monooxygenase
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / flavin adenine dinucleotide / 7-carboxy-K252c / monooxygenase / indolocarbazole / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / FAD binding / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Glutaredoxin - #120 / Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich ...Glutaredoxin - #120 / Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Glutaredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KCT / Putative FAD-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Goldman, P.J. / Ryan, K.S. / Howard-Jones, A.R. / Hamill, M.J. / Elliott, S.J. / Walsh, C.T. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: An Unusual Role for a Mobile Flavin in StaC-like Indolocarbazole Biosynthetic Enzymes.
著者: Goldman, P.J. / Ryan, K.S. / Hamill, M.J. / Howard-Jones, A.R. / Walsh, C.T. / Elliott, S.J. / Drennan, C.L.
履歴
登録2012年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative FAD-monooxygenase
B: Putative FAD-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,0714
ポリマ－119,3612
非ポリマー7112
水1,11762
1
A: Putative FAD-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0362
ポリマ－59,6801
非ポリマー3551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative FAD-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0362
ポリマ－59,6801
非ポリマー3551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.184, 77.703, 123.145
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative FAD-monooxygenase / Putative monooxygenase / Putative polyketide hydroxylase / RebC


分子量: 59680.344 Da / 分子数: 2
変異: E36D, Q37A, T38A, R46K, G48S, Q117A, F216V, A231S, R239N, T241V
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア)
遺伝子: rbmD, rebC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8KI25
#2: 化合物 ChemComp-KCT / (5S)-7-oxo-6,7,12,13-tetrahydro-5H-indolo[2,3-a]pyrrolo[3,4-c]carbazole-5-carboxylic acid


分子量: 355.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H13N3O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM ammonium fluoride and 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月21日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→47.3 Å / Num. all: 30531 / Num. obs: 28820 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.76→2.79 Å / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
APEXデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.76→47.3 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2551 1458 4.8 %
Rwork0.2059 27362 -
obs-28820 94.4 %
溶媒の処理Bsol: 47.8933 Å2
原子変位パラメータBiso max: 117.78 Å2 / Biso mean: 61.6481 Å2 / Biso min: 30.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.647 Å20 Å24.773 Å2
2---2.154 Å20 Å2
3----5.493 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→47.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7812 0 54 62 7928
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8412
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3372
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8712.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_k252c_kaityfad_7carboxy_fad_no_iso1.3.parCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:carbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.paramkct.top
X-RAY DIFFRACTION6kct.parprotein_k252c_kaityfad_7carboxy_fad_no_iso1.3_ile.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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