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- PDB-4eif: Crystal structure of cytochrome c6C L50Q mutant from Synechococcu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eif
タイトルCrystal structure of cytochrome c6C L50Q mutant from Synechococcus sp. PCC 7002
要素Cytochrome c6
キーワードELECTRON TRANSPORT / cytochrome c6C
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid lumen / photosynthesis / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c6 / Cytochrome c, class IC / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c6
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Krzywda, S. / Bialek, W. / Zatwarnicki, P. / Jaskolski, M. / Szczepaniak, A.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Cytochrome c6 and c6C from Synechococcus sp. PCC 7002 - structure and function.
著者: Bialek, W. / Krzywda, S. / Zatwarnicki, P. / Jaskolski, M. / Szczepaniak, A.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Deeply branching c6-like cytochromes of cyanobacteria.
著者: Bialek, W. / Nelson, M. / Tamiola, K. / Kallas, T. / Szczepaniak, A.
履歴
登録2012年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年3月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2579
ポリマ－9,4271
非ポリマー8298
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.38, 56.38, 50.05
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-106-

CL

21A-238-

HOH

31A-281-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c6 / Putative cytochrome c6-2


分子量: 9427.482 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 29-115 / 変異: L50Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechococcus sp. (バクテリア) / 株: ATCC 27264 / PCC 7002 / PR-6 / 解説: co-expression with pEC86 / 遺伝子: petJ, petJ2, SYNPCC7002_A2391 / プラスミド: pUCPF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: Q8KX15
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.69 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 15 mg/ml cytochrome c6C in 0.1 M TRIS pH 7.5, 0.2 M NaCl and 1 mM PMSF; Precipitant solution: 2 M NaCl and 2 M NH4)2SO4., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Triangular Si (111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.04→31.18 Å / Num. all: 39071 / Num. obs: 39071 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 10.127 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 22.25
反射 シェル解像度: 1.04→1.1 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. measured obs: 44534 / Num. unique all: 5898 / Num. unique obs: 5898 / % possible all: 98.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å31.18 Å
Translation3.5 Å31.18 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EIE

4eie


解像度: 1.04→31.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / WRfactor Rfree: 0.133 / WRfactor Rwork: 0.109 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 0.518 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1449 977 2.5 %RANDOM
Rwork0.1191 ---
all0.1197 39071 --
obs0.1197 39071 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 44.28 Å2 / Biso mean: 10.5564 Å2 / Biso min: 3.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.04→31.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数622 0 50 140 812
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.022735
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8552.1061000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3973.0031209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.941587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.61125.27836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.34615134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.01155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.02823
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7451.5426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5841.5182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.522674
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2693309
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4664.5324
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.2531232
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.04-1.0670.201700.16527282798
1.067-1.0960.166690.12526952764
1.096-1.1280.097680.09526542722
1.128-1.1630.142660.09925672633
1.163-1.2010.12630.09124752538
1.201-1.2430.115620.08923952457
1.243-1.290.124590.08923322391
1.29-1.3420.13580.09222442302
1.342-1.4020.125550.09121402195
1.402-1.470.143520.09520432095
1.47-1.5490.099500.0919431993
1.549-1.6430.14470.09918431890
1.643-1.7560.126450.10817521797
1.756-1.8970.143420.11516401682
1.897-2.0770.132390.11215311570
2.077-2.3210.092360.12713991435
2.321-2.6770.164330.13812551288
2.677-3.2730.218270.15410701097
3.273-4.6030.174220.142857879
4.603-31.1830.198140.208531545

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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