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- PDB-4ei6: Structure of XV19 Valpha1-Vbeta16 Type-II Natural Killer T cell r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ei6
タイトルStructure of XV19 Valpha1-Vbeta16 Type-II Natural Killer T cell receptor
要素
  • Valpha1 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)
  • Vbeta16 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Natural Killer T cell receptor
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Patel, O. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2012
タイトル: Recognition of CD1d-sulfatide mediated by a type II natural killer T cell antigen receptor.
著者: Patel, O. / Pellicci, D.G. / Gras, S. / Sandoval-Romero, M.L. / Uldrich, A.P. / Mallevaey, T. / Clarke, A.J. / Le Nours, J. / Theodossis, A. / Cardell, S.L. / Gapin, L. / Godfrey, D.I. / Rossjohn, J.
履歴
登録2012年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月8日Group: Database references
改定 1.22012年9月5日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Valpha1 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)
B: Vbeta16 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)
C: Valpha1 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)
D: Vbeta16 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,5804
ポリマ－102,5804
非ポリマー00
水14,700816
1
A: Valpha1 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)
B: Vbeta16 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2902
ポリマ－51,2902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20710 Å2
手法PISA
2
C: Valpha1 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)
D: Vbeta16 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2902
ポリマ－51,2902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.268, 100.120, 152.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Valpha1 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)


分子量: 23209.518 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain (SEE REMARK 999) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL
#2: タンパク質 Vbeta16 XV19 Type II Natural Killer T cell receptor (mouse variable domain, human constant domain)


分子量: 28080.617 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain (SEE REMARK 999) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 816 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細CHAINS A AND C ARE CHIMERAS COMPRISING THE MOUSE VARIABLE DOMAIN (RESIDUES 1-116) AND HUMAN ...CHAINS A AND C ARE CHIMERAS COMPRISING THE MOUSE VARIABLE DOMAIN (RESIDUES 1-116) AND HUMAN CONSTANT DOMAIN (RESIDUES 117-207). CHAINS B AND D ARE CHIMERAS COMPRISING THE MOUSE VARIABLE DOMAIN (RESIDUES 1-114) AND HUMAN CONSTANT DOMAIN (RESIDUES 115-244).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M sodium malonate/imidazole/boric acid buffer, 25% PEG3350, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95453 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95453 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 132448 / Num. obs: 132448 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 21.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 1.001 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 19137 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BNU

2bnu


解像度: 1.6→44.45 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2413 6662 5.03 %RANDOM
Rwork0.2078 ---
obs0.2095 132448 99.98 %-
all-132448 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.348 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.1784 Å2-0 Å20 Å2
2---1.5622 Å2-0 Å2
3---4.7406 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6763 0 0 816 7579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067106
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0599706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9622487
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771050
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041267
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.69 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3424 651 -
Rwork0.3228 12447 -
obs-12447 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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