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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4eht | ||||||
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タイトル | Activator of the 2-Hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase from Clostridium difficile with bound ADP | ||||||
![]() | Activator of 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / actin fold / ATPase / electron transfer / ATP/ADP binding / 2-hydroxyisocaproyl-CoA dehydratase binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() L-leucine metabolic process / 加水分解酵素 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Knauer, S.H. / Dobbek, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: On the ATP-Dependent Activation of the Radical Enzyme (R)-2-Hydroxyisocaproyl-CoA Dehydratase. 著者: Knauer, S.H. / Buckel, W. / Dobbek, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 311 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 257.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29655.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hadI / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 282分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NH4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / | ||||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-NH4 / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.92 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25 mg/mL protein in 50 mM MOPS, pH 7.2, 0.3 M sodium chloride, 1 mM ADP, 10 mM magnesium chloride, 2.5 mM D-desthiobiotin, 2 mM DTT, 10 mM sodium dithionite, reservoir: 4 M ammonium acetate, ...詳細: 25 mg/mL protein in 50 mM MOPS, pH 7.2, 0.3 M sodium chloride, 1 mM ADP, 10 mM magnesium chloride, 2.5 mM D-desthiobiotin, 2 mM DTT, 10 mM sodium dithionite, reservoir: 4 M ammonium acetate, 0.1 M Tris/HCl, pH 8.5 (drop: 2 uL + 2 uL), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月26日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 44923 / Num. obs: 44923 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.048 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.8 % / Num. unique all: 3282 / Rsym value: 0.501 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1HUX 解像度: 1.95→19.7 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.91 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.272 Å2 / ksol: 0.411 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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