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- PDB-4eg6: Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eg6
タイトルTrypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with inhibitor Chem 1325
要素Methionyl-tRNA synthetase, putative
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / aminoacyl-tRNA synthetase / aaRS / MetRS / parasite / ligase / protein-inhibitor complex / Rossmann-fold / translation / nucleotide binding / Rossmann Fold / tRNA binding ATP binding / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ciliary plasm / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase ...Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Beta Complex / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0P5 / METHIONINE / methionine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.901 Å
データ登録者Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Shibata, S. / Fan, E. / Verlinde, C.L.M.J. / Hol, W.G.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Distinct States of Methionyl-tRNA Synthetase Indicate Inhibitor Binding by Conformational Selection.
著者: Koh, C.Y. / Kim, J.E. / Shibata, S. / Ranade, R.M. / Yu, M. / Liu, J. / Gillespie, J.R. / Buckner, F.S. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Hol, W.G.
履歴
登録2012年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionyl-tRNA synthetase, putative
B: Methionyl-tRNA synthetase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,36725
ポリマ－122,8692
非ポリマー2,49723
水3,909217
1
A: Methionyl-tRNA synthetase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,71115
ポリマ－61,4351
非ポリマー1,27714
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methionyl-tRNA synthetase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,65510
ポリマ－61,4351
非ポリマー1,2219
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area42460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.638, 105.629, 207.439
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Methionyl-tRNA synthetase, putative


分子量: 61434.707 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 235-773 / 変異: K452A, K453R, E454A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb10.70.6470 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38C91, methionine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 6種, 240分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-0P5 / 4-{4-[(1H-benzimidazol-2-ylmethyl)amino]-6-(2-chloro-4-methoxyphenoxy)pyrimidin-2-yl}piperazin-2-one


分子量: 479.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22ClN7O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.0 to 2.3M ammonium sulfate, 0.2M sodium chloride and 0.1M sodium cacodylate pH 6.0 to 6.6, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K
PH範囲: 6.0 to 6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月31日
放射モノクロメーター: VariMax HF (Osmic) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 42959 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.9-34.30.6911100
3-3.124.30.5641100
3.12-3.274.30.4311100
3.27-3.444.30.3291100
3.44-3.654.30.2291100
3.65-3.944.30.1751100
3.94-4.334.30.1391100
4.33-4.964.30.111100
4.96-6.244.40.1231100
6.24-504.40.064198.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 34.1 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.9 Å39.35 Å
Translation2.9 Å39.35 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMACrefmac_5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3U1Z

3u1z
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.901→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 24.77 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.702 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24331 2154 5 %RANDOM
Rwork0.1895 ---
obs0.19216 40543 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.866 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.03 Å20 Å20 Å2
2---2.04 Å20 Å2
3----2.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.901→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8361 0 158 217 8736
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.028727
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.131.9711827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.822314503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.54251039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.66823.484399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.621151436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.241558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021829
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.901→2.976 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 129 -
Rwork0.29 2725 -
obs--99.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72120.54730.29780.81860.31940.6677-0.0105-0.03310.01860.0686-0.001-0.02830.0249-0.05490.01150.16810.0123-0.03490.0572-0.01520.0943-2.09413.39853.596
20.80170.59690.56770.5740.46171.1235-0.0224-0.01190.1062-0.03280.00540.0914-0.0135-0.11410.0170.1216-0.02-0.01990.1102-0.02260.1223-25.986-5.40635.561
30.292-0.0320.70336.8703-1.08461.90240.0944-0.0309-0.04890.38860.11790.7540.2426-0.1022-0.21230.1741-0.04540.0430.02820.01780.0955-30.898-11.99139.503
40.67020.39850.57810.25010.33610.8501-0.08120.03930.0339-0.01810.0427-0.0019-0.10880.01430.03850.1965-0.0031-0.03030.09540.00490.0797-32.135-13.598-10.902
519.68490.08067.17770.5360.05572.6192-0.25453.0415-0.25470.22920.2946-0.2896-0.13011.1166-0.04010.68810.10750.20720.5563-0.10930.3423-61.5-18.458-10.091
61.27930.69450.32010.37980.1721.70460.0044-0.0398-0.0412-0.0114-0.0126-0.0104-0.0281-0.12660.00820.15660.0072-0.0210.05650.01660.1198-38.384-22.884-5.147
71.29630.38580.83360.6990.17911.1127-0.1345-0.06390.1725-0.04030.00090.129-0.1432-0.03210.13360.2035-0.0039-0.05720.0532-0.02380.092-17.3594.82310.536
86.0407-1.01510.39240.61450.38730.5873-0.02680.3690.1642-0.20210.1122-0.11-0.12250.2322-0.08540.1785-0.07270.03170.1291-0.02370.0202-6.6763.9515.683
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A239 - 538
2X-RAY DIFFRACTION2A539 - 736
3X-RAY DIFFRACTION3A737 - 770
4X-RAY DIFFRACTION4B-4 - 360
5X-RAY DIFFRACTION5B361 - 376
6X-RAY DIFFRACTION6B398 - 542
7X-RAY DIFFRACTION7B543 - 731
8X-RAY DIFFRACTION8B732 - 767

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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