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- PDB-4ed5: Crystal structure of the two N-terminal RRM domains of HuR comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ed5
タイトルCrystal structure of the two N-terminal RRM domains of HuR complexed with RNA
要素
  • 5'-R(*A*UP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*U)-3'
  • ELAV-like protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RRM / RNA binding / Nucleus / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


post-transcriptional gene silencing / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / regulation of stem cell population maintenance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA stabilization / miRNA binding / lncRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / mRNA destabilization ...post-transcriptional gene silencing / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / regulation of stem cell population maintenance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA stabilization / miRNA binding / lncRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / mRNA destabilization / sarcoplasm / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / P-body / protein homooligomerization / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / double-stranded RNA binding / cytoplasmic vesicle / postsynapse / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / glutamatergic synapse / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HuR, RNA recognition motif 2 / Splicing factor ELAV/Hu / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily ...HuR, RNA recognition motif 2 / Splicing factor ELAV/Hu / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-METHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / RNA / RNA (> 10) / ELAV-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, H. / Zeng, F. / Liu, Q. / Niu, L. / Teng, M. / Li, X.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: The structure of the ARE-binding domains of Hu antigen R (HuR) undergoes conformational changes during RNA binding.
著者: Wang, H. / Zeng, F. / Liu, Q. / Liu, H. / Liu, Z. / Niu, L. / Teng, M. / Li, X.
履歴
登録2012年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ELAV-like protein 1
B: ELAV-like protein 1
C: 5'-R(*A*UP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*U)-3'
D: 5'-R(*A*UP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,26614
ポリマ－46,3634
非ポリマー90310
水4,540252
1
A: ELAV-like protein 1
D: 5'-R(*A*UP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,08412
ポリマ－23,1812
非ポリマー90310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area9670 Å2
手法PISA
2
B: ELAV-like protein 1
C: 5'-R(*A*UP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*U)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1812
ポリマ－23,1812
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area9400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.770, 62.750, 53.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 ELAV-like protein 1 / Hu-antigen R / HuR


分子量: 19812.375 Da / 分子数: 2 / 断片: RRM1/RRM2 domains, UNP RESIDUES 18-186 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELAVL1, HUR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15717
#2: RNA鎖 5'-R(*A*UP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*U)-3'


分子量: 3368.946 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 262分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-M2M / 1-METHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE / ジグリム


分子量: 134.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18% PEG 5000, 0.1M HEPES, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年3月19日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35.08 Å / Num. all: 28267 / Num. obs: 27777 / % possible obs: 98.3 %
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Rsym value: 0.226 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→35.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 10.318 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25651 1393 5 %RANDOM
Rwork0.20873 ---
obs0.21115 26384 98.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.901 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.15 Å20 Å2-0.52 Å2
2--2.11 Å20 Å2
3----1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2526 349 59 252 3186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223035
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2172.1214151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3855343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.96822.762105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10915435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6751524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4161.51689
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.822705
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.50731346
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5174.51446
LS精密化 シェル解像度: 2.004→2.056 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 89 -
Rwork0.231 1942 -
obs--97.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5405-0.1034-0.3070.1219-0.0271.55110.01420.0176-0.00370.03120.0128-0.00140.01030.0527-0.0270.1441-0.0011-0.01290.0994-0.00140.1499-14.8556-1.1936-4.5015
22.0883-0.02830.32440.17430.09544.27090.03580.28690.03890.0214-0.0231-0.0103-0.0301-0.3691-0.01270.10630.03560.01250.16950.03580.1495-44.45420.4721-20.9817
314.6682-1.9251-1.46531.94393.75147.6362-0.17410.379-0.5320.6175-0.28680.25361.2644-0.58080.46080.2357-0.06250.05880.0902-0.05760.0454-42.8444-6.3734-21.9508
412.8439-0.1202-9.15441.3730.9667.0924-0.6021-0.2398-0.8435-0.16070.092-0.18480.34880.1920.510.15920.01450.02890.06430.03050.1059-16.3048-8.0399-4.4849
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 185
2X-RAY DIFFRACTION2B18 - 186
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 11
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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