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万見
- PDB-4eck: Crystal Structure of the Toxoplasma gondii TS-DHFR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eck
タイトルCrystal Structure of the Toxoplasma gondii TS-DHFR
要素Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
キーワードtransferase / oxidoreductase / bifunctional
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional dihydrofolate reductase/thymidylate synthase / Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase ...Bifunctional dihydrofolate reductase/thymidylate synthase / Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID / FOLIC ACID / Chem-NDP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.516 Å
データ登録者Sharma, H. / Anderson, K.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: First Three-Dimensional Structure of Toxoplasma gondii Thymidylate Synthase-Dihydrofolate Reductase: Insights for Catalysis, Interdomain Interactions, and Substrate Channeling.
著者: Sharma, H. / Landau, M.J. / Vargo, M.A. / Spasov, K.A. / Anderson, K.S.
履歴
登録2012年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,63010
ポリマ－137,6852
非ポリマー3,9458
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14210 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area40720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.944, 143.015, 59.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase / DHFR-TS / Dihydrofolate reductase / Thymidylate synthase


分子量: 68842.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
株: K-12 / 遺伝子: DRTS / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q07422, dihydrofolate reductase, thymidylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#3: 化合物 ChemComp-CB3 / 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID / CB-3717


分子量: 477.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H23N5O6
#4: 化合物 ChemComp-FOL / FOLIC ACID / 葉酸


分子量: 441.397 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N7O6
#5: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.43 %
結晶化温度: 290 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: PEG 3350, Potassium formate, pH 7.3, hanging drop, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9594 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月4日
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9594 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 19084 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
3.5-3.566.91,288.3
3.56-3.636.91,289.60.969
3.63-3.696.91,288.60.865
3.69-3.776.71,2890.793
3.77-3.856.81,290.50.884
3.85-3.946.71,289.60.888
3.94-4.046.71,290.50.622
4.04-4.156.61,293.60.581
4.15-4.276.61,293.50.492
4.27-4.416.51,295.50.334
4.41-4.576.61,296.30.319
4.57-4.756.51,297.70.289
4.75-4.976.71,298.60.291
4.97-5.236.91,297.90.267
5.23-5.556.91,298.10.276
5.55-5.986.91,297.60.266
5.98-6.586.91,295.80.252
6.58-7.536.91,288.90.168
7.53-9.4871,299.20.094
9.48-506.71,298.90.069

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QZF and 3NZA

1qzf

3nza


解像度: 3.516→46.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.761 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.624 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / SU B: 156.229 / SU ML: 1.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.978
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.39529 982 5.2 %RANDOM
Rwork0.33184 ---
obs0.33492 17754 95.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.069 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20.09 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.516→46.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7978 0 270 0 8248
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.028444
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5541.98911442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8395970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10723.196388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.006151382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7261566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.516→3.607 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 124 -
Rwork0.377 1114 -
obs--87.99 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -54.4753 Å / Origin y: -3.87 Å / Origin z: -29.913 Å
111213212223313233
T0.2136 Å20.0163 Å2-0.0013 Å2-0.2688 Å2-0.0438 Å2--0.0141 Å2
L0.3783 °20.127 °2-0.085 °2-0.9556 °2-0.3315 °2--0.3836 °2
S0.0448 Å °-0.0182 Å °-0.0221 Å °0.0194 Å °-0.0102 Å °0.0111 Å °0.0099 Å °-0.0093 Å °-0.0346 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 610
2X-RAY DIFFRACTION1A701 - 704
3X-RAY DIFFRACTION1B3 - 610
4X-RAY DIFFRACTION1B701 - 704

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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