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- PDB-4eb4: Crystal structure of mouse thymidylate synthase in ternary comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eb4
タイトルCrystal structure of mouse thymidylate synthase in ternary complex with dUMP and Tomudex
要素Thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE / ternary complex / methyltransferase / Nucleotide biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion ...Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / folic acid binding / heterocyclic compound binding / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / developmental growth / response to glucocorticoid / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to cytokine / response to progesterone / liver regeneration / response to toxic substance / circadian rhythm / regulation of translation / response to ethanol / methylation / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / mRNA binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TOMUDEX / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Dowiercial, A. / Jarmula, A. / Rypniewski, W.R. / Wilk, P. / Rode, W.
引用ジャーナル: Biomed Res Int / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of mouse thymidylate synthase in tertiary complex with dUMP and raltitrexed reveals N-terminus architecture and two different active site conformations.
著者: Dowiercial, A. / Wilk, P. / Rypniewski, W. / Rode, W. / Jarmula, A.
履歴
登録2012年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Non-polymer description
改定 1.22015年5月13日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
C: Thymidylate synthase
D: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,43725
ポリマ－140,0044
非ポリマー4,43321
水22,0141222
1
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,62616
ポリマ－70,0022
非ポリマー2,62414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10400 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area21810 Å2
手法PISA
2
C: Thymidylate synthase
D: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8129
ポリマ－70,0022
非ポリマー1,8107
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8420 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area22830 Å2
手法PISA
3
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
ヘテロ分子

C: Thymidylate synthase
D: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,43725
ポリマ－140,0044
非ポリマー4,43321
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area21490 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area41970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.803, 114.216, 123.653
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Thymidylate synthase / TS / TSase


分子量: 35001.016 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tyms / プラスミド: pPIGDM4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TX61- / 参照: UniProt: P07607, thymidylate synthase

-
非ポリマー , 7種, 1243分子

#2: 化合物
ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#3: 化合物
ChemComp-D16 / TOMUDEX / ZD1694 / Raltitrexed / ラルチトレキセド


分子量: 458.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22N4O6S / コメント: 化学療法薬, 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: MES, PEG 5K MME, (NH4)2SO4, DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→20 Å / Num. obs: 148229 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 0.987 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.73-1.763.50.55672921.0041100
1.76-1.793.50.47873330.9511100
1.79-1.833.50.41673391.0281100
1.83-1.863.60.34373761.014199.9
1.86-1.93.60.28273371.0291100
1.9-1.953.60.22573471.011100
1.95-23.60.18473591.0221100
2-2.053.70.15673281.0161100
2.05-2.113.70.13374250.9671100
2.11-2.183.70.10773400.9411100
2.18-2.263.70.08974041.0631100
2.26-2.353.70.07473811.0251100
2.35-2.453.70.06673840.976199.9
2.45-2.583.70.05974310.9121100
2.58-2.743.70.05674090.8921100
2.74-2.963.70.05974310.9841100
2.96-3.253.70.06174900.994199.9
3.25-3.723.70.06474841.0611100
3.72-4.683.60.03775620.977199.9
4.68-203.50.0277770.874199.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 41.79 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å20.04 Å
Translation2.5 Å20.04 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.74→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.268 / WRfactor Rwork: 0.2144 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / FOM work R set: 0.8376 / SU B: 2.578 / SU ML: 0.084 / SU R Cruickshank DPI: 0.1171 / SU Rfree: 0.1204 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2381 7435 5 %RANDOM
Rwork0.19 140713 --
obs0.1924 148148 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 132.13 Å2 / Biso mean: 31.1915 Å2 / Biso min: 11.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9599 0 293 1222 11114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.02210567
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9671.98814332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.016317807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.66851269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.35524.094513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.05151807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9091569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02111800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.231.56187
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4031.52511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.999210029
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.86734380
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2254.54299
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.78 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 532 -
Rwork0.314 9725 -
all-10257 -
obs--95.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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