PDB-4e99: Human Serum Albumin Complex with Perfluorooctane Sulfonate Potassium

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4.0E+99

タイトル

Human Serum Albumin Complex with Perfluorooctane Sulfonate Potassium

要素

Serum albumin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / PLASMA PROTEIN / TRANSPORTER / DRUG BINDING / EXTRACELLULAR

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Luo, Z.P. / Shi, X.L. / Huang, M.D.

引用

ジャーナル: Chem.Res.Toxicol. / 年: 2012
タイトル: Structural evidence of perfluorooctane sulfonate transport by human serum albumin
著者: Luo, Z.P. / Shi, X.L. / Hu, Q. / Zhao, B. / Huang, M.D.

履歴

登録	2012年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	3lu8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4j2v-d 4b2g-1 3eps-2 2cnw-1 5iro-6 4rgp-d 2cnw-2 4jkk-d 5l3r-1 4f5u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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血清アルブミン (Serum Albumin)
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ナノボディ (Nanobodies)
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エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
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抗体 (Antibodies)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serum albumin

ヘテロ分子

67.6 kDa, 1 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.466, 83.756, 56.004
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Serum albumin 分子量: 66571.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALB / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物	ChemComp-P8S / heptadecafluoro-1-octanesulfonic acid / perfluorooctane sulfonate / ペルフルオロオクタンスルホン酸分子量: 500.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈HF₁₇O₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.08 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法, recrystallization / pH: 7.5 詳細: 30-36% PEG3350, 50mM potassium phosphate, pH 7.5, EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9321 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9321 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→99 Å / Num. obs: 21658 / % possible obs: 99.5 %
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LU8

3lu8

解像度: 2.3→54.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 24.368 / SU ML: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.704 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27789	1102	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23802	-	-	-
obs	0.24015	20537	98.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.902 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.02 Å²	0 Å²	2.77 Å²
2-	-	-3.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→54.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4312	0	58	52	4422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.02	4485
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.862	1.985	6118
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.475	5	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.627	24.878	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.507	15	760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.539	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	693
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.299→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	70	-
R_work	0.29	1401	-
obs	-	-	92.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6162	0.9428	1.1916	5.3254	1.8846	3.0701	0.0175	0.3295	-0.2205	-0.7821	0.2454	-0.1203	0.2285	0.3248	-0.2629	0.292	-0.0932	-0.0232	0.1994	-0.0374	0.0248	6.4856	-6.9564	-2.047
2	10.6447	5.5948	7.6276	14.9809	4.9311	16.3264	0.3068	1.0466	-0.1062	-0.1838	0.1204	-0.9071	0.4943	0.8982	-0.4271	0.2895	-0.0578	0.1611	0.3705	-0.0625	0.1546	14.2115	-8.4798	-6.3399
3	4.8189	1.7241	3.338	5.5519	-0.1243	9.6061	0.0448	0.2515	-0.4414	-0.1461	0.3118	-0.0008	0.3829	0.6447	-0.3566	0.2866	-0.0266	-0.0065	0.313	-0.0784	0.1549	6.5157	-16.9781	-7.3172
4	2.1648	1.7798	0.5162	11.6015	5.5836	6.9629	0.2634	0.2237	-0.6985	0.1336	-0.0056	-0.4796	0.8227	0.178	-0.2578	0.2868	0.0432	-0.1015	0.2964	-0.001	0.285	11.3601	-15.6208	10.137
5	0.3971	2.6493	-2.5517	19.4669	-18.765	18.0891	0.3969	-0.212	0.0744	0.288	-0.5169	0.098	-0.2639	0.6931	0.12	0.8857	-0.4015	0.1861	0.5816	0.0179	0.6223	19.7461	10.6659	8.9344
6	3.9077	1.8736	-0.9279	6.5563	-2.0929	0.8368	-0.1543	0.1755	0.5774	-0.4611	0.173	-0.1186	-0.096	0.0378	-0.0187	0.4753	-0.1962	0.0018	0.269	-0.0105	0.1182	10.5368	7.1205	1.9174
7	5.9708	6.7835	-4.4018	15.1377	-7.3252	5.9747	-0.1539	0.1039	0.2405	0.0125	0.257	0.0183	-0.4105	0.1755	-0.1031	0.1324	-0.0616	-0.0226	0.1547	0.006	0.042	4.7542	5.5586	12.4999
8	3.0045	-0.2377	-1.8834	1.9567	0.0993	3.8384	-0.1198	0.0524	-0.0869	-0.2431	0.1246	0.5152	0.1395	-0.1254	-0.0048	0.0495	-0.0354	-0.0701	0.0849	0.0713	0.1836	-12.3522	-4.2488	8.7985
9	8.8037	-0.9359	-4.9794	0.1928	-0.3019	10.642	0.2137	0.5157	0.7816	-0.0281	-0.1012	-0.0967	-0.439	0.0567	-0.1125	0.3306	-0.0651	-0.1022	0.176	0.1056	0.3469	-10.8669	8.2098	3.5871
10	41.6063	-7.2972	-20.5651	7.1359	-2.1079	33.6039	0.8248	0.3567	1.7283	0.0479	-0.3306	0.0126	-1.1393	0.1662	-0.4942	0.108	0.0231	-0.0789	0.0643	-0.0104	0.288	-16.5528	8.9971	14.2794
11	2.9253	0.8238	-0.5768	11.4928	-4.1258	1.5121	0.2942	-0.1057	0.4082	-0.4107	-0.1681	0.2689	0.0812	0.0659	-0.1261	0.4166	0.0125	-0.0016	0.2317	0.0053	0.2991	-29.1859	-9.1001	25.4321
12	2.8962	2.1567	0.1023	4.0115	-2.9721	3.8687	0.4063	-0.3102	0.1298	0.1147	-0.0628	0.3782	0.2762	-0.2423	-0.3435	0.2005	-0.0051	0.1311	0.1423	-0.0011	0.2565	-19.8123	-6.9661	27.2375
13	15.0026	10.0937	-4.9222	8.6165	-2.2306	2.8716	0.9074	-0.9349	-0.2399	1.0098	-0.7723	-0.0836	0.1829	-0.1841	-0.1351	0.4199	-0.144	0.0205	0.4761	0.1377	0.3469	-19.4196	-3.2116	36.3938
14	5.936	-0.4853	0.6285	2.9536	-0.3438	2.6268	0.1132	-0.0347	0.5386	0.4641	-0.047	0.5113	-0.0605	-0.3902	-0.0662	0.1522	-0.0661	0.1339	0.123	-0.0297	0.221	3.2707	8.7801	31.0063
15	33.2933	-19.1455	7.3194	16.1633	2.2149	9.7184	0.05	0.3211	-0.1128	-0.1892	-0.0061	0.1398	-0.0012	0.2407	-0.0439	0.3356	-0.1581	-0.054	0.099	0.0686	0.1199	4.686	-2.2593	24.1716
16	7.7769	-4.5695	0.1925	5.5094	1.3863	3.3468	0.4502	-0.3065	-0.0938	0.5988	-0.1895	0.316	0.3789	-0.2253	-0.2607	0.3112	-0.1156	0.0734	0.1749	0.013	0.1258	2.7959	-6.8064	32.9491
17	2.1174	-0.2093	-0.6353	5.9958	-4.5411	5.4033	0.1756	-0.3782	0.0321	0.4516	-0.3351	-0.7478	0.3754	0.6544	0.1595	0.4665	-0.0115	-0.1748	0.3098	-0.1008	0.3514	22.6017	6.5193	33.1447
18	7.3841	1.0018	-3.797	12.599	-5.0956	9.5145	-0.1243	-0.1673	0.0087	0.5942	-0.1213	-0.4446	0.7048	0.5254	0.2456	0.2511	-0.0072	-0.0167	0.0941	-0.0155	0.0706	18.0868	8.0075	33.788
19	20.0681	10.0925	-16.3003	5.4017	-7.2232	19.3165	0.4849	-0.5797	0.2149	0.4547	-0.2827	-0.1086	-0.0837	0.2778	-0.2022	0.2448	-0.0458	-0.1092	0.2655	-0.1203	0.3597	20.6808	15.9501	39.0211
20	7.0846	-5.3571	5.7566	27.6643	-1.7856	18.6187	0.4053	0.405	0.0443	0.1341	0.0901	-0.237	0.0285	1.2324	-0.4955	0.1252	0.0699	0.032	0.476	0.0727	0.4174	33.7438	19.2159	30.3661

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	50 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	91 - 112
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	113 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	121 - 170
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	171 - 208
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	209 - 271
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	272 - 291
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	292 - 298
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	299 - 323
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	324 - 366
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	367 - 387
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	388 - 450
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	451 - 466
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	467 - 493
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	494 - 519
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	520 - 538
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	539 - 559
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	560 - 571

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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