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Yorodumi- PDB-4rgp: Crystal Structure of Uncharacterized CRISPR/Cas System-associated... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rgp | ||||||
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Title | Crystal Structure of Uncharacterized CRISPR/Cas System-associated Protein Csm6 from Streptococcus mutans | ||||||
Components | Csm6_III-A | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / 4 helix bundle | ||||||
Function / homology | CRISPR-associated protein Csm6 / Cas_Csm6 HEPN domain / metal ion binding / TRIETHYLENE GLYCOL / : / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptococcus mutans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.299 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of Uncharacterized CRISPR/Cas System-associated Protein Csm6 from Streptococcus mutans Authors: Kim, Y. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4rgp.cif.gz | 227.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4rgp.ent.gz | 194.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4rgp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rgp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rgp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30666.055 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus mutans (bacteria) / Strain: UA159 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) gold / References: UniProt: I6U2G5, UniProt: Q8DTU7*PLUS #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-PGE / | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M Calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 40 %(w/v) PEG300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.97927 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jul 26, 2013 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97927 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. all: 24863 / Num. obs: 24863 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 40.7 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 11.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / Redundancy: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1189 / Rsym value: 0.767 / % possible all: 99.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.299→34.735 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: mixed / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 23.89 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.299→34.735 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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