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万見
- PDB-4e75: Structure of LpxD from Acinetobacter baumannii at 2.85A resolutio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4.0E+75
タイトルStructure of LpxD from Acinetobacter baumannii at 2.85A resolution (P21 form)
要素UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / lipopolysaccaride synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-(3-hydroxyacyl)glucosamine N-acyltransferase / N-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase LpxD / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, non-repeat region / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, LpxD / MurE/MurF, N-terminal domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) ...UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase LpxD / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, non-repeat region / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, LpxD / MurE/MurF, N-terminal domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Badger, J. / Chie-Leon, B. / Logan, C. / Sridhar, V. / Sankaran, B. / Zwart, P.H. / Nienaber, V.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Structure determination of LpxD from the lipopolysaccharide-synthesis pathway of Acinetobacter baumannii.
著者: Badger, J. / Chie-Leon, B. / Logan, C. / Sridhar, V. / Sankaran, B. / Zwart, P.H. / Nienaber, V.
履歴
登録2012年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase
B: UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase
C: UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase
D: UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase
E: UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase
F: UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,8356
ポリマ－230,8356
非ポリマー00
水00
1
A: UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase
B: UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase
C: UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,4173
ポリマ－115,4173
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16260 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area39560 Å2
手法PISA
2
D: UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase
E: UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase
F: UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,4173
ポリマ－115,4173
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16350 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area39540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.679, 209.614, 107.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
UDP-3-O-acylglucosamine N-acyltransferase


分子量: 38472.484 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: lpxD, ABSDF1688 / 細胞株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B0VMV2, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2ul of 15mg/ml protein, 2ul of 24% PEG3350, 0.2M Ammonium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→50 Å / Num. all: 94647 / Num. obs: 94647 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.84→2.94 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 9423 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PM0

3pm0


解像度: 2.85→48.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 12.485 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.485 / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27988 4744 5 %RANDOM
Rwork0.23439 ---
obs0.23668 89870 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.237 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.23 Å20 Å23.53 Å2
2---1.73 Å20 Å2
3---1.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→48.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15088 0 0 0 15088
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02115322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4441.93820812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.44552016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.24224.722648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.2152488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2761572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.22490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8729942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6292.515942
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.62635380
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.814.54870
LS精密化 シェル解像度: 2.845→2.919 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.353 276
Rwork0.304 5427

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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