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- PDB-4e6d: JAK2 kinase (JH1 domain) triple mutant in complex with compound 7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e6d
タイトルJAK2 kinase (JH1 domain) triple mutant in complex with compound 7
要素Tyrosine-protein kinase JAK2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / JAK2 / kinase / transferase / phosphorylation / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-35-mediated signaling pathway / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / symbiont-induced defense-related programmed cell death / mammary gland epithelium development / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex ...interleukin-35-mediated signaling pathway / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / symbiont-induced defense-related programmed cell death / mammary gland epithelium development / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-12 receptor binding / Signaling by Erythropoietin / collagen-activated signaling pathway / Erythropoietin activates STAT5 / interleukin-5-mediated signaling pathway / response to interleukin-12 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / positive regulation of leukocyte proliferation / post-embryonic hemopoiesis / interleukin-12 receptor complex / activation of Janus kinase activity / interleukin-23 receptor complex / tyrosine phosphorylation of STAT protein / Interleukin-23 signaling / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of platelet aggregation / positive regulation of T-helper 17 type immune response / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of platelet activation / positive regulation of NK T cell proliferation / interleukin-12-mediated signaling pathway / acetylcholine receptor binding / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway / Signaling by Leptin / regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of signaling receptor activity / Interleukin-12 signaling / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / positive regulation of natural killer cell proliferation / response to hydroperoxide / positive regulation of cell-substrate adhesion / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth hormone receptor binding / axon regeneration / growth hormone receptor signaling pathway / peptide hormone receptor binding / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IFNG signaling activates MAPKs / extrinsic component of plasma membrane / Interleukin-20 family signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / negative regulation of cell-cell adhesion / Interleukin-6 signaling / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / Prolactin receptor signaling / MAPK3 (ERK1) activation / positive regulation of interleukin-17 production / response to amine / negative regulation of DNA binding / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / MAPK1 (ERK2) activation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / mesoderm development / positive regulation of SMAD protein signal transduction / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to tumor necrosis factor / Interleukin receptor SHC signaling / phosphatidylinositol 3-kinase binding / Regulation of IFNG signaling / type II interferon-mediated signaling pathway / Erythropoietin activates RAS / Growth hormone receptor signaling / positive regulation of T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / actin filament polymerization / SH2 domain binding / cellular response to dexamethasone stimulus / erythrocyte differentiation / post-translational protein modification / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / positive regulation of interleukin-1 beta production / caveola / endosome lumen / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of apoptotic signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0NU / Tyrosine-protein kinase JAK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Murray, J.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Identification of Imidazo-Pyrrolopyridines as Novel and Potent JAK1 Inhibitors.
著者: Kulagowski, J.J. / Blair, W. / Bull, R.J. / Chang, C. / Deshmukh, G. / Dyke, H.J. / Eigenbrot, C. / Ghilardi, N. / Gibbons, P. / Harrison, T.K. / Hewitt, P.R. / Liimatta, M. / Hurley, C.A. / ...著者: Kulagowski, J.J. / Blair, W. / Bull, R.J. / Chang, C. / Deshmukh, G. / Dyke, H.J. / Eigenbrot, C. / Ghilardi, N. / Gibbons, P. / Harrison, T.K. / Hewitt, P.R. / Liimatta, M. / Hurley, C.A. / Johnson, A. / Johnson, T. / Kenny, J.R. / Bir Kohli, P. / Maxey, R.J. / Mendonca, R. / Mortara, K. / Murray, J. / Narukulla, R. / Shia, S. / Steffek, M. / Ubhayakar, S. / Ultsch, M. / van Abbema, A. / Ward, S.I. / Waszkowycz, B. / Zak, M.
履歴
登録2012年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月11日Group: Database references
改定 1.22023年3月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK2
B: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1595
ポリマ－70,4502
非ポリマー7093
水5,549308
1
A: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5332
ポリマ－35,2251
非ポリマー3081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6263
ポリマ－35,2251
非ポリマー4002
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.035, 111.035, 70.575
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase JAK2 / Janus kinase 2 / JAK-2


分子量: 35225.086 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain, UNP residues 835-1132 / 変異: Q853R, Y931F, D939E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O60674, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-0NU / 3-[(3R)-3-(imidazo[4,5-d]pyrrolo[2,3-b]pyridin-1(6H)-yl)piperidin-1-yl]-3-oxopropanenitrile


分子量: 308.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16N6O
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.025 M Bicine pH 8.5, 0.25 M NaCl, 20% glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月14日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→60 Å / Num. all: 42914 / Num. obs: 42879 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.22→2.34 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 6212 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_991精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.22→59.562 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8825 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.43 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2027 2180 5.08 %
Rwork0.1601 --
obs0.1622 42879 99.97 %
all-42914 -
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.783 Å2 / ksol: 0.379 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 142.63 Å2 / Biso mean: 41.6707 Å2 / Biso min: 15.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.014 Å20 Å2-0 Å2
2--5.014 Å20 Å2
3----10.028 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→59.562 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4766 0 52 308 5126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0144883
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.456589
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.105686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2311903
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.22-2.26350.27551390.211425442683
2.2635-2.31620.24541350.193625052640
2.3162-2.37410.28881280.193924972625
2.3741-2.43830.26341450.171525692714
2.4383-2.510.21141420.170125062648
2.51-2.59110.22781340.161725362670
2.5911-2.68370.22321350.15525392674
2.6837-2.79110.21491420.161325082650
2.7911-2.91810.20361470.167525432690
2.9181-3.0720.22331220.169325652687
3.072-3.26440.22611420.163725202662
3.2644-3.51650.20051280.148925532681
3.5165-3.87030.17571260.14925512677
3.8703-4.43020.17541230.135425732696
4.4302-5.58090.16651590.141625552714
5.5809-59.58320.19221330.179426352768
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.98820.13751.74023.2997-0.20726.43220.3311-0.2224-0.6180.0091-0.10980.41360.6438-0.0843-0.16110.2955-0.02730.00770.1445-0.04220.3595-10.0749-53.2879-25.3493
23.12450.20531.41641.830.0314.93770.1618-0.1246-0.5134-0.03030.01380.15420.5589-0.297-0.15040.2687-0.03690.03220.21510.01770.3278-12.0989-50.7993-16.8736
39.47034.16180.30174.64810.51850.9781-0.38881.2146-0.2427-0.58860.4424-0.292-0.38830.2674-0.02450.3921-0.08660.02060.362-0.01590.19063.3189-36.3609-26.9335
42.71450.057-0.15591.9886-0.45144.0186-0.093-0.0823-0.0834-0.00590.05740.00370.0684-0.01640.00930.20370.00350.03070.1243-0.01910.1874-0.7012-40.0605-8.5967
52.63340.349-0.49522.2186-1.44024.2598-0.16970.1438-0.2595-0.18420.0171-0.28580.23260.22490.1340.2129-0.02330.0340.1731-0.01370.253613.1602-42.0876-10.2372
63.639-1.15380.88357.5006-3.02175.24830.01690.0508-0.6836-0.2299-0.2342-0.75360.37980.86990.17580.17560.01830.03570.39610.02860.478922.481-44.4934-7.9824
73.8838-0.73030.11462.22770.1862.7324-0.062-0.12970.4252-0.0040.0067-0.1164-0.52240.12530.09040.3312-0.0551-0.00020.1632-0.02120.25619.2311-27.6248-5.6439
83.79560.78231.13623.92381.64683.80480.05190.12490.13440.0336-0.0043-0.0415-0.03430.486-0.0170.31830.02510.09950.29960.01490.23379.3354-31.333614.1616
96.9808-2.04621.95533.9005-1.61743.88620.0118-0.2545-0.4849-0.17370.0026-0.41270.28960.7575-0.04170.28190.05660.02830.27910.00340.319112.0223-31.892515.3105
105.0705-0.02432.37425.62211.15022.1080.1821-0.07360.5592-0.2888-0.286-0.0823-1.0582-0.02370.22810.362-0.01140.09180.2057-0.01830.36150.8307-17.310412.4316
113.48811.4385-1.78312.2545-1.12992.21330.0039-0.2606-0.0854-0.0504-0.0737-0.1059-0.03490.23570.06790.25390.0243-0.00590.2653-0.00320.1797-3.8726-30.807327.18
122.7589-0.47750.40961.6811-0.53611.59070.12190.0460.389-0.2498-0.0953-0.0064-0.15310.0793-0.01110.3040.03810.05810.1816-0.03420.2452-13.4324-22.477720.1235
133.2142-2.02652.24164.0612-1.88994.89730.68320.2701-0.4553-0.9338-0.24260.53370.8178-0.1326-0.37050.44690.0219-0.1110.2162-0.03190.3502-27.037-33.512115.6261
144.5542-1.72421.39497.58540.27191.4638-0.1504-0.4926-0.07920.09240.19740.5863-0.3346-0.51130.01850.2890.06890.06980.2735-0.06460.2699-26.2584-24.248729.0208
154.90461.627-2.40142.65141.10212.8929-0.3101-0.8755-0.05440.88350.29780.1193-0.42370.0226-0.03950.34350.14450.07120.5152-0.03980.3168-17.6256-26.504239.9784
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 843:868 )A843 - 868
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 869:930 )A869 - 930
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 931:949 )A931 - 949
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 950:1014 )A950 - 1014
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 1015:1065 )A1015 - 1065
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 1066:1095 )A1066 - 1095
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 1096:1132 )A1096 - 1132
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 840:868 )B840 - 868
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 869:888 )B869 - 888
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 889:904 )B889 - 904
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 905:970 )B905 - 970
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 971:1049 )B971 - 1049
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14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 1096:1115 )B1096 - 1115
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 1116:1132 )B1116 - 1132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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