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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4.0E+61 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the EB1-like motif of Bim1p | ||||||
要素 | Protein BIM1 | ||||||
キーワード | CELL CYCLE / EB1-like motif / coiled-coil / spindle orientation / mitosis / Kar9p / phosphorylation / mitotic spindle / microtubules | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to microtubule plus-end / mitotic spindle orientation checkpoint signaling / 2-micrometer plasmid partitioning / protein localization to microtubule / nuclear migration along microtubule / microtubule plus-end / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule nucleation / microtubule plus-end binding / microtubule organizing center ...protein localization to microtubule plus-end / mitotic spindle orientation checkpoint signaling / 2-micrometer plasmid partitioning / protein localization to microtubule / nuclear migration along microtubule / microtubule plus-end / negative regulation of microtubule depolymerization / microtubule nucleation / microtubule plus-end binding / microtubule organizing center / microtubule depolymerization / mitotic sister chromatid cohesion / cytoplasmic microtubule / spindle midzone / spindle assembly / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / positive regulation of microtubule polymerization / mitotic spindle / spindle pole / cell division 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Huels, D. / Storchova, Z. / Niessing, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Post-translational Modifications Regulate Assembly of Early Spindle Orientation Complex in Yeast. 著者: Huls, D. / Storchova, Z. / Niessing, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4e61.cif.gz | 44.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4e61.ent.gz | 32.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4e61.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4e61_validation.pdf.gz | 432.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4e61_full_validation.pdf.gz | 435 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4e61_validation.xml.gz | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4e61_validation.cif.gz | 9.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/4e61 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/4e61 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11808.162 Da / 分子数: 2 断片: C-terminal domain, EB1-like motif (UNP residues 182-282) 由来タイプ: 組換発現 詳細: Sequence GPLGS at the N-terminus is derived from expression vector 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: BY4741 Mata / 遺伝子: BIM1, YER016W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P40013 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.42 % |
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結晶化 | 温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 8.0, 20% PEG 5000MME, 40% gamma-butyrlactone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.25433 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月26日 |
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.25433 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→20 Å / Num. all: 8938 / Num. obs: 8832 / % possible obs: 98.81 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 13.12 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.59 Å / % possible all: 98.29 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Not fully refined model after structure determination by SAD with potassium tetranitroplatinate(II)-soaked crystals. 解像度: 2.45→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→20 Å
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拘束条件 |
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