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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4e5p | ||||||
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タイトル | Thermostable phosphite dehydrogenase A176R variant in complex with NAD | ||||||
要素 | Thermostable phosphite dehydrogenase A176R variant | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / D-2-hydroxyacid dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphonate dehydrogenase / phosphonate dehydrogenase activity / hydroxypyruvate reductase (NADH) activity / hydroxypyruvate reductase [NAD(P)H] activity / glyoxylate reductase (NADPH) activity / NAD binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas stutzeri (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Zou, Y. / Zhang, H. / Nair, S.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: Crystal structures of phosphite dehydrogenase provide insights into nicotinamide cofactor regeneration. 著者: Zou, Y. / Zhang, H. / Brunzelle, J.S. / Johannes, T.W. / Woodyer, R. / Hung, J.E. / Nair, N. / van der Donk, W.A. / Zhao, H. / Nair, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4e5p.cif.gz | 406.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4e5p.ent.gz | 334.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4e5p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4e5p_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4e5p_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4e5p_validation.xml.gz | 82.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4e5p_validation.cif.gz | 116.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/4e5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/4e5p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36252.727 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas stutzeri (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O69054*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.36 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25-30% PEG 3350, 100 mM KCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F |
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検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 171899 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 17.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 89.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Thermostable phosphite dehydrogenase E175A variant 解像度: 1.9→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.085 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.666 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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