PDB-4e4y: The crystal structure of a short chain dehydrogenase family prote...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4e4y

タイトル

The crystal structure of a short chain dehydrogenase family protein from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4

要素

Short chain dehydrogenase family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素 / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.803 Å

データ登録者

Zhang, R. / Zhou, M. / Tan, K. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a short chain dehydrogenase family protein from Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4
著者: Zhang, R. / Zhou, M. / Tan, K. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e4y.cif.gz	112.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e4y.ent.gz	87.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e4y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/4e4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e4/4e4y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2rho-1 4e1t-d 2c32-d 6w65-2 5mn6-2 2rhl-1 4b4o-7 6hxs-3 1h6i-d 1sep-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP02002

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetTrack: CSGID-IDP02002

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short chain dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Short chain dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

A: Short chain dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

A: Short chain dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

A: Short chain dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Short chain dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

A: Short chain dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
55.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

A: Short chain dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

A: Short chain dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
55.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.698, 79.260, 103.162
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-541- HOH

詳細

Experimentally unknown. The molecule is expected to be monomeric.

#1: タンパク質	Short chain dehydrogenase family protein 分子量: 27000.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア) 株: SCHU S4 / 遺伝子: FTT_1014c / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q5NG43, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.68 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-Tris, 2.0M Ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97932 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月7日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→35 Å / Num. all: 21819 / Num. obs: 21819 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 34.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1092 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.803→34.598 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2036	1112	5.1 %	random
R_work	0.1622	-	-	-
obs	0.1642	21810	98.15 %	-
all	-	21810	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.59 Å² / k_sol: 0.376 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.2477 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	11.5246 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.2769 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.803→34.598 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1877	0	37	148	2062

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1959
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.024	2653
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.967	721
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	309
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	335

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.8031-1.8851	0.2279	125	0.1905	2510	2510	96
1.8851-1.9845	0.2207	135	0.1683	2609	2609	100
1.9845-2.1088	0.2206	140	0.162	2584	2584	100
2.1088-2.2716	0.2199	151	0.1547	2586	2586	100
2.2716-2.5001	0.1915	141	0.1588	2635	2635	100
2.5001-2.8618	0.1964	145	0.1648	2616	2616	100
2.8618-3.6049	0.2028	152	0.1512	2602	2602	98
3.6049-34.604	0.1961	123	0.1672	2556	2602	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3547	-0.7267	-1.0055	4.8313	0.0948	4.3397	0.0055	0.3844	0.1879	-0.3921	-0.0146	0.2042	-0.0227	-0.1436	0.0204	0.2633	-0.0147	-0.0488	0.1861	-0.0346	0.2036	28.0757	23.1543	24.3152
2	2.156	-0.4381	0.9058	3.3083	-2.4921	2.1504	0.1474	0.2564	-0.2592	-0.3202	0.23	0.3304	0.4518	-0.6434	-0.3263	0.3782	-0.0486	-0.0457	0.2785	-0.0462	0.3173	24.3345	13.6093	26.8918
3	4.0268	-0.0876	-1.3033	3.5914	0.2322	2.603	-0.0789	0.177	-0.6068	-0.1309	0.1103	-0.2857	0.7054	0.2577	0.0192	0.2947	0.0758	-0.0335	0.1962	-0.0746	0.2295	35.8199	14.2392	31.3407
4	3.2709	0.1937	-2.9794	0.3865	0.1484	6.8655	-0.0594	0.284	-0.313	-0.042	0.0331	0.0543	0.6129	-0.7349	0.0287	0.2556	-0.0821	-0.0316	0.2148	-0.0073	0.2268	19.0455	16.9165	49.0096
5	1.1481	0.1398	-0.8985	1.1911	-0.0123	2.6081	-0.0155	0.0875	-0.1684	-0.0172	0.0412	0.0428	0.2684	-0.048	-0.0123	0.1986	0.0053	-0.0325	0.1914	-0.0182	0.1992	31.0305	23.8108	40.8698
6	3.4572	2.7948	-2.656	2.5666	-1.5848	2.9274	0.1104	0.2085	-0.4641	0.0422	-0.0859	-0.1778	0.1203	0.1074	0.0094	0.1836	0.0139	-0.0328	0.1734	-0.0087	0.1743	33.4081	26.6557	45.6877
7	8.1643	-1.3503	1.3539	2.206	1.0578	1.9971	0.0162	-0.0372	0.5391	-0.0912	-0.0085	-0.0737	0.0244	0.0066	0.0147	0.1857	-0.0047	-0.0108	0.1387	0.0186	0.1337	27.3439	30.9783	37.0958
8	5.0646	-0.7893	-4.978	3.8527	0.7467	4.9721	-0.2517	-0.5579	-0.0945	0.2112	0.2201	0.438	0.9031	0.0045	0.0582	0.3779	-0.0509	-0.0276	0.4614	0.0292	0.3212	5.1861	22.7822	41.0987
9	4.9618	5.1868	0.5538	5.4556	0.7866	1.0346	0.0879	-0.2787	0.2309	-0.133	-0.2231	0.7301	0.0234	-0.3444	0.1329	0.188	-0.0316	-0.0042	0.4599	-0.0029	0.3244	2.2685	32.4751	41.1976
10	4.1449	-0.3114	-0.7645	1.5434	0.242	2.129	0.0597	0.2037	-0.0371	-0.1196	-0.0407	0.0391	0.017	-0.1337	-0.0145	0.1867	0.0029	-0.0131	0.1529	0.0061	0.1624	24.0098	36.7315	35.6233

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 0:33)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 34:52)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 53:73)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 74:99)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 100:134)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 135:158)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 159:172)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 173:186)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 187:200)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 201:241)

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