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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4e2w | ||||||
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タイトル | X-ray Structure of the H181N mutant of TcaB9, a C-3'-Methyltransferase, in Complex with S-Adenosyl-L-Homocysteine and Sugar Product | ||||||
![]() | TcaB9 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / kijanose / tetronitrose / tetradeoxy sugar / keto sugar / sugar methylation | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bruender, N.A. / Holden, H.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Probing the catalytic mechanism of a C-3'-methyltransferase involved in the biosynthesis of D-tetronitrose. 著者: Bruender, N.A. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1013.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1022.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 46066.867 Da / 分子数: 1 / 変異: H181N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: tcab9 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: B5L6K6, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
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-非ポリマー , 5種, 447分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SAH.gif)
![](data/chem/img/JHZ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SAH.gif)
![](data/chem/img/JHZ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SAH / | #5: 化合物 | ChemComp-JHZ / ( | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.19 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.2-1.6 M sodium/potassium phosphate, 10 mM dTMP, 5 mM S-adenosyl-L-homocysteine, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月25日 / 詳細: Montel |
放射 | モノクロメーター: nickel filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→38 Å / Num. all: 71732 / Num. obs: 70194 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 1.96 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 2.77 / Num. unique all: 11310 / Rsym value: 0.291 / % possible all: 90.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3NDJ 解像度: 1.5→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 1.638 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.769 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.537 Å / Total num. of bins used: 20
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