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- PDB-4e2k: The structure of the S. aureus DnaG RNA Polymerase Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e2k
タイトルThe structure of the S. aureus DnaG RNA Polymerase Domain
要素DNA primase
キーワードTRANSFERASE / Catalytic Domain / Bacterial / apo protein
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA primase DnaG / primosome complex / DNA primase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA helicase activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA primase DnaG, catalytic core, helical bundle / DnaG, RNA polymerase domain, helical bundle / DNA primase, catalytic core, N-terminal domain / DNA primase DNAg catalytic core, N-terminal domain / Pheromone ER-1 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 - #10 / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG ...: / DNA primase DnaG, catalytic core, helical bundle / DnaG, RNA polymerase domain, helical bundle / DNA primase, catalytic core, N-terminal domain / DNA primase DNAg catalytic core, N-terminal domain / Pheromone ER-1 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 - #10 / Zinc finger, CHC2-type / DNA primase, DnaG / DNA primase, catalytic core, N-terminal / DNA primase DnaG, bacteria / Bacterial DnaG primase, TOPRIM domain / DNA Primase, CHC2-type zinc finger / DNA primase, catalytic core, N-terminal domain superfamily / CHC2 zinc finger / DNA primase catalytic core, N-terminal domain / zinc finger / Toprim-like / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / TOPRIM / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / DNA primase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Rymer, R.U. / Solorio, F.A. / Clement, C. / Corn, J.E. / Wang, J.D. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Binding Mechanism of Metal-NTP Substrates and Stringent-Response Alarmones to Bacterial DnaG-Type Primases.
著者: Rymer, R.U. / Solorio, F.A. / Tehranchi, A.K. / Chu, C. / Corn, J.E. / Keck, J.L. / Wang, J.D. / Berger, J.M.
履歴
登録2012年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA primase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9183
ポリマ－37,6781
非ポリマー2402
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.334, 151.334, 38.571
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 DNA primase


分子量: 37677.508 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 111-436 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: dnaG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon+
参照: UniProt: O05338, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.65 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.15M sodium thiocyanate, 0.1M Bis-Tris, 13% PEG3350, 2% Benzamidine, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月20日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 28064 / Num. obs: 28010 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 30.5
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.15-2.22199
2.22-2.31199
2.31-2.421100
2.42-2.551100
2.55-2.711100
2.71-2.911100
2.91-3.211100
3.21-3.671100
3.67-4.621100
4.62-30.431100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DDE

1dde


解像度: 2.15→30.433 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2186 1406 5.02 %RANDOM
Rwork0.1908 ---
all0.1921 28064 --
obs0.1921 28010 99.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.271 Å2 / ksol: 0.319 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.1937 Å20 Å2-0 Å2
2--5.1937 Å20 Å2
3----4.2455 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→30.433 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2574 0 18 240 2832
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062728
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8043686
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2631048
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055396
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004482
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.22420.31361250.2432591X-RAY DIFFRACTION99
2.2242-2.31320.29251630.24382610X-RAY DIFFRACTION99
2.3132-2.41840.2211360.22062645X-RAY DIFFRACTION100
2.4184-2.54590.25591410.20452643X-RAY DIFFRACTION100
2.5459-2.70530.24251290.20792659X-RAY DIFFRACTION100
2.7053-2.9140.25321560.20092634X-RAY DIFFRACTION100
2.914-3.2070.23481370.20272663X-RAY DIFFRACTION100
3.207-3.67040.21281460.18562655X-RAY DIFFRACTION100
3.6704-4.62170.19341280.1652715X-RAY DIFFRACTION100
4.6217-30.43630.17271450.17492789X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1173-0.34010.06141.70860.31291.9945-0.02710.05070.0178-0.09330.0024-0.01740.1857-0.29180.24180.4501-0.1976-0.02420.18560.00350.1509-42.2886-55.316-3.5181
20.70360.3246-0.69541.33680.54991.3264-0.03110.0160.0812-0.0453-0.0251-0.1633-0.1591-0.1766-0.00280.412-0.1262-0.04320.1699-0.00150.2251-38.5514-45.46461.7004
33.00652.08720.78444.18561.13491.2325-0.07310.1847-0.0623-0.11630.156-0.46040.18210.10750.00530.322-0.0605-0.070.1683-0.0030.3336-25.337-33.93753.8145
41.3878-0.6087-0.68911.6212-0.46151.1649-0.0067-0.07080.2910.11180.0282-0.2826-0.09960.03-0.0040.2233-0.045-0.05640.1675-0.02190.4174-21.7685-12.11228.4536
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 108:211))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 212:252))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ((resseq 253:362))
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and ((resseq 363:428))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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