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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4e2h | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the periplasmic domain of Shigella flexneri WzzB | ||||||
![]() | Chain length determinant protein | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Wzz / LPS O-antigen chain length determination / inner membrane / periplasmic space | ||||||
機能・相同性 | ![]() lipopolysaccharide biosynthetic process / protein tyrosine kinase activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kalynych, S. / Yao, D. / Magee, J.D. / Cygler, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Characterization of Closely Related O-antigen Lipopolysaccharide (LPS) Chain Length Regulators. 著者: Kalynych, S. / Yao, D. / Magee, J. / Cygler, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 133.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 109.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27502.115 Da / 分子数: 3 / 断片: Periplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: wzzB, cld, rol, SF2089, S2210 / プラスミド: pFO4 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.03 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG4000, 0.1M Hepes, 0.1M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 2011年7月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97912 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.36→49.7 Å / Num. all: 24179 / Num. obs: 22670 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 22.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.383 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 157.84 Å2 / Biso mean: 52.9407 Å2 / Biso min: 16 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.36→49.597 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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