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万見
- PDB-4e2h: Crystal structure of the periplasmic domain of Shigella flexneri WzzB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e2h
タイトルCrystal structure of the periplasmic domain of Shigella flexneri WzzB
要素Chain length determinant protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Wzz / LPS O-antigen chain length determination / inner membrane / periplasmic space
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide biosynthetic process / protein tyrosine kinase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial polysaccharide co-polymerase-like / FepE-like / Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / : / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chain length determinant protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Kalynych, S. / Yao, D. / Magee, J.D. / Cygler, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Characterization of Closely Related O-antigen Lipopolysaccharide (LPS) Chain Length Regulators.
著者: Kalynych, S. / Yao, D. / Magee, J. / Cygler, M.
履歴
登録2012年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Database references
改定 1.22012年6月20日Group: Database references
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chain length determinant protein
C: Chain length determinant protein
B: Chain length determinant protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5063
ポリマ－82,5063
非ポリマー00
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8260 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area32580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.514, 62.619, 90.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chain length determinant protein / Polysaccharide antigen chain regulator


分子量: 27502.115 Da / 分子数: 3 / 断片: Periplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: wzzB, cld, rol, SF2089, S2210 / プラスミド: pFO4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37792
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG4000, 0.1M Hepes, 0.1M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97912 Å
検出器日付: 2011年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→49.7 Å / Num. all: 24179 / Num. obs: 22670 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 22.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7_650精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.36→49.597 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.7178 / SU ML: 0.38 / σ(F): 2 / 位相誤差: 34.6 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3025 1509 5.12 %Random
Rwork0.2454 ---
obs0.2483 22670 77.96 %-
all-24179 --
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.383 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 157.84 Å2 / Biso mean: 52.9407 Å2 / Biso min: 16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.672 Å2-0 Å2-2.6039 Å2
2---3.098 Å20 Å2
3----15.5741 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→49.597 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4929 0 0 78 5007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015000
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3946795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007896
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1941832
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.36-2.43690.3627690.3381273134239
2.4369-2.5240.3767770.33871665174251
2.524-2.6250.3721000.32441939203960
2.625-2.74450.38351320.29992225235769
2.7445-2.88910.34271400.2762464260477
2.8891-3.07010.31291410.26452677281882
3.0701-3.30710.32731580.27112923308190
3.3071-3.63990.32881490.24553097324694
3.6399-4.16630.27691710.21323171334297
4.1663-5.24820.25811820.20593211339398
5.2482-49.60770.2831900.23273318350899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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