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- PDB-4e1s: X-ray crystal structure of the transmembrane beta-domain from int... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e1s
タイトルX-ray crystal structure of the transmembrane beta-domain from intimin from EHEC strain O157:H7
要素Intimin
キーワードCELL ADHESION / outer membrane beta barrel / adhesin / translocated intimin receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Inverse autotransporter, beta-domain / Intimin, C-terminal / Intimin C-type lectin domain / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / : / Inverse autotransporter, beta-domain / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Bacterial Ig-like domain (group 1) ...Inverse autotransporter, beta-domain / Intimin, C-terminal / Intimin C-type lectin domain / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / : / Inverse autotransporter, beta-domain / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain profile. / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Lysin motif / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Porin / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Immunoglobulin-like fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Intimin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 分子置換 / 多波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.855 Å
データ登録者Fairman, J.W. / Dautin, N. / Wojtowicz, D. / Wei, L. / Noinaj, N. / Barnard, T.J. / Udho, E. / Finkelstein, A. / Przytycka, T.M. / Cherezov, V. / Buchanan, S.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of the Outer Membrane Domain of Intimin and Invasin from Enterohemorrhagic E. coli and Enteropathogenic Y. pseudotuberculosis.
著者: Fairman, J.W. / Dautin, N. / Wojtowicz, D. / Liu, W. / Noinaj, N. / Barnard, T.J. / Udho, E. / Przytycka, T.M. / Cherezov, V. / Buchanan, S.K.
履歴
登録2012年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intimin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,45715
ポリマ－27,7871
非ポリマー4,67014
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.565, 120.248, 39.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

OLC

21A-679-

HOH

31A-737-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Intimin / Attaching and effacing protein / Eae protein / Gamma-intimin


分子量: 27786.594 Da / 分子数: 1 / 断片: transmembrane domain (UNP residues 208-449) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EHEC O157:H7 / 遺伝子: eae, eaeA, ECs4559, Intimin, L0025, Z5110 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P43261
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化温度: 294 K / 手法: lipidic cubic phase monoolein / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 4.5-5.5, 0.05-0.1 M sodium chloride, 0.1-0.15 M magnesium chloride, 30-34% PEG400, LIPIDIC CUBIC PHASE MONOOLEIN, temperature 294K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-B11.034375
シンクロトロンAPS 23-ID-B20.98069,0.95044,0.98047
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2010年12月17日K-B pair of biomorph mirrors
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2011年3月23日K-B pair of biomorph mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystal Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0343751
20.980691
30.950441
40.980471
Reflection冗長度: 3.5 % / Av σ(I) over netI: 21.07 / 数: 43035 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1.01 / D res high: 2.74 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 12313 / % possible obs: 88.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.95099.610.0591.0123.8
4.685.910010.0761.0213.9
4.094.6810010.071.0163.9
3.724.0910010.111.0373.9
3.453.7210010.1231.0153.8
3.253.4599.410.1681.0173.6
3.093.2593.210.1870.9943.3
2.953.0979.910.2531.0042.8
2.842.9561.610.2540.992.6
2.742.8449.210.2470.9952.3
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 23801 / Num. obs: 22224 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 1.85 / Observed criterion σ(I): 1.85 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.518 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.923.90.57816481.0171,271.5
1.92-1.994.20.4819851.0361,285
1.99-2.084.50.39821971.0951,293.1
2.08-2.194.80.29722841.1111,297.2
2.19-2.335.20.24823111.1921,298.9
2.33-2.515.50.19723481.3161,299.7
2.51-2.765.70.14123621.3911,299.6
2.76-3.165.70.09123861.5511,299.7
3.16-3.995.50.0624102.481,299.9
3.99-5050.04322932.3811,290.6

-
位相決定

位相決定
手法
多波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.855→27.899 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / FOM work R set: 0.804 / SU ML: 0.48 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1152 5.19 %RANDOM
Rwork0.175 ---
all0.1779 23801 --
obs0.1779 22197 93.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.248 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 112.63 Å2 / Biso mean: 32.0012 Å2 / Biso min: 12.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-22.9519 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.0277 Å2-0 Å2
3----3.9726 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.855→27.899 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1960 0 313 163 2436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062365
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1433119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004404
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.568985
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.855-1.93940.36381120.27771956206871
1.9394-2.04160.2871280.23992472260088
2.0416-2.16950.24941460.19872664281096
2.1695-2.33690.24421620.18532748291099
2.3369-2.5720.23071430.173728012944100
2.572-2.94380.23871740.166527752949100
2.9438-3.70750.1981590.138928423001100
3.7075-27.90170.22181280.1742787291593
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.35571.9661-3.62713.459-0.96897.01890.44230.03721.0855-0.12910.40060.226-0.7461-0.5875-0.1906-0.18040.23580.0989-0.0887-0.04430.0777-27.3712-24.26835.8998
23.13511.7272-1.31962.7507-0.4062.69040.28250.16370.38160.2007-0.0630.1785-0.3442-0.0862-0.15920.1941-0.0070.0010.09860.0150.1802-23.6948-18.80850.0867
32.30770.66030.05473.03180.21172.3036-0.25280.05080.15930.16660.08970.4079-0.3294-0.5608-0.02080.0852-0.09370.0233-0.07390.00010.0777-28.9867-18.1283-0.2706
42.87731.6342-0.90972.4121-0.56590.89350.7125-0.0169-0.36780.5403-0.4711-0.3325-0.3484-0.0368-0.10130.2023-0.1316-0.03210.03290.02580.1025-26.8451-13.34-0.1963
53.22471.61080.04341.73810.30291.75450.0792-0.03410.00990.1819-0.0388-0.0877-0.26290.0446-0.02920.2484-0.00570.01980.12140.0120.1322-29.6932-10.9298-0.9417
64.71050.77041.24911.8323-0.04791.826-0.00190.13770.55240.3483-0.14060.144-0.3220.13240.12770.226-0.0183-0.00040.0545-0.00320.0985-29.8936-8.90172.9728
71.4833-0.48261.03451.2711-0.57772.6781-0.34410.13690.1230.17110.13960.1501-0.6371-0.04720.1080.1497-0.00970.0770.04650.00040.0936-37.7216-9.98742.7168
81.0194-0.79190.90392.0625-0.97713.45740.0912-0.31870.01340.16070.0210.2429-0.4022-0.3380.02250.093-0.07050.05970.05510.02610.1169-39.612-11.5528.079
94.1957-1.33991.14440.7058-0.14221.2998-0.073-0.43790.04430.13380.13720.0014-0.3986-0.1135-0.05750.3123-0.05230.04440.15770.01950.114-36.6172-10.371613.9218
101.3027-0.9829-0.00221.46420.18381.38710.1051-0.08050.03860.3446-0.16320.1074-0.1809-0.15610.00830.3073-0.05680.0750.17450.00790.1511-38.3661-15.778315.6031
113.0446-1.7712-0.54061.6672-0.28962.961-0.0044-0.6588-0.13630.04460.13510.0641-0.2431-0.0426-0.16310.1446-0.09150.00550.1334-0.00770.1232-34.111-19.003517.94
122.94-0.8432-1.18292.19590.65912.93670.0098-0.09220.15580.39320.00640.01520.1007-0.29820.06330.2207-0.0519-0.03320.18080.03630.1572-32.1108-22.083613.3658
130.2216-1.09620.02425.74720.72621.54220.3203-0.06230.0663-0.027-0.3162-1.1543-0.06340.47430.03990.2124-0.0698-0.03990.26020.07150.2769-12.8609-22.814411.2677
149.4640.41870.08130.4737-0.03231.62980.3073-0.3799-0.15280.1586-0.125-0.0045-0.0771-0.0262-0.180.2509-0.05210.02240.09350.02160.1518-36.6912-13.74463.7126
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 208:222))A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 223:238))A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ((resseq 239:252))A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and ((resseq 253:268))A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and ((resseq 269:283))A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and ((resseq 284:298))A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and ((resseq 299:317))A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and ((resseq 318:340))A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and ((resseq 341:360))A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and ((resseq 361:383))A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and ((resseq 384:395))A0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and ((resseq 396:411))A0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and ((resseq 412:434))A0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and ((resseq 435:449))A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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