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- PDB-4e16: Precorrin-4 C(11)-methyltransferase from Clostridium difficile -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4.0E+16
タイトルPrecorrin-4 C(11)-methyltransferase from Clostridium difficile
要素precorrin-4 C(11)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


precorrin-4 C11-methyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation
類似検索 - 分子機能
Cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobM/CbiF, precorrin-4 C11-methyltransferase / : / Uroporphyrin-III C-methyltransferase signature 1. / Uroporphiryn-III C-methyltransferase, conserved site / Tetrapyrrole methylase, C-terminal domain / Methyltransferase, Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; Domain 2 / Tetrapyrrole methylase, N-terminal domain / Tetrapyrrole methylase, subdomain 2 / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 / Tetrapyrrole methylase ...Cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobM/CbiF, precorrin-4 C11-methyltransferase / : / Uroporphyrin-III C-methyltransferase signature 1. / Uroporphiryn-III C-methyltransferase, conserved site / Tetrapyrrole methylase, C-terminal domain / Methyltransferase, Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; Domain 2 / Tetrapyrrole methylase, N-terminal domain / Tetrapyrrole methylase, subdomain 2 / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 / Tetrapyrrole methylase / Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases / Tetrapyrrole methylase, subdomain 1 / Tetrapyrrole methylase superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cobalt-precorrin-4 C(11)-methyltransferase (Cobalt-precorrin-3 methylase)
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Nocek, B. / Makowska-Grzyska, M. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Precorrin-4 C(11)-methyltransferase from Clostridium difficile
著者: Osipiuk, J. / Nocek, B. / Makowska-Grzyska, M. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: precorrin-4 C(11)-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2211
ポリマ－28,2211
非ポリマー00
水00
1
A: precorrin-4 C(11)-methyltransferase

A: precorrin-4 C(11)-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4422
ポリマ－56,4422
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.245, 60.245, 147.955
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 precorrin-4 C(11)-methyltransferase / precorrin-3 methylase


分子量: 28221.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: cbiF, CD630_34260 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q180S3, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 20% PEG3350, 0.2 M sodium thiocyanate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月17日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→55.797 Å / Num. all: 10113 / Num. obs: 10113 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.489 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.49-2.538.90.9242.594770.96497.1
2.53-2.5810.20.9614890.894100
2.58-2.6311.10.9644890.963100
2.63-2.68120.7834960.941100
2.68-2.7412.50.745041.051100
2.74-2.812.90.5914791.084100
2.8-2.8712.90.5254971.09100
2.87-2.9513.10.3854921.168100
2.95-3.04130.3355091.174100
3.04-3.14130.2274991.285100
3.14-3.2512.90.2114901.331100
3.25-3.3812.80.1685041.456100
3.38-3.5312.80.1335171.625100
3.53-3.7212.80.114981.715100
3.72-3.9512.70.1015141.816100
3.95-4.2612.50.0885222.047100
4.26-4.6912.30.0825132.003100
4.69-5.3611.90.0755282.071100
5.36-6.7511.30.0755432.25399.8
6.75-509.70.0715532.64791.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NDC

3ndc


解像度: 2.49→41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 29.949 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.439 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2583 495 4.9 %RANDOM
Rwork0.2043 ---
all0.2069 10064 --
obs0.2069 10064 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 150.22 Å2 / Biso mean: 98.824 Å2 / Biso min: 22.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.53 Å20 Å20 Å2
2--3.53 Å20 Å2
3----7.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1773 0 0 0 1773
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9831.9772432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3065227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.53726.08174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.45715336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg31.485155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211306
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.555 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.522 37 -
Rwork0.417 545 -
all-582 -
obs-582 92.82 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.5528 Å / Origin y: 15.7019 Å / Origin z: 8.724 Å
111213212223313233
T0.285 Å20.0561 Å2-0.0344 Å2-0.4526 Å20.1303 Å2--0.182 Å2
L2.902 °22.5366 °21.1964 °2-2.8836 °20.9896 °2--2.9465 °2
S0.0222 Å °-0.175 Å °-0.1817 Å °0.1878 Å °0.0543 Å °0.0134 Å °0.0966 Å °0.1445 Å °-0.0765 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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