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- PDB-4e0a: Crystal Structure of the mutant F44R BH1408 protein from Bacillus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e0a
タイトルCrystal Structure of the mutant F44R BH1408 protein from Bacillus halodurans, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target BhR182
要素BH1408 protein
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / PHOSPHATE ION / BH1408 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Kuzin, A. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Kuzin, A. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target BhR182
著者: Kuzin, A. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, H. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2012年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BH1408 protein
B: BH1408 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6707
ポリマ－38,2362
非ポリマー4345
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area15690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.384, 99.414, 39.398
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細dimer,40.06 kD,96.8%

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要素

#1: タンパク質 BH1408 protein


分子量: 19118.080 Da / 分子数: 2 / 変異: F44R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125
遺伝子: BH1408 / 参照: UniProt: Q9KD11
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.95 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: 0.2M NH4-Acetate, 0.1M Bis Tris, 25% PEG 3350, MICROBATCH UNDER OIL, TEMPERATURE 293

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月24日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→28.5 Å / Num. obs: 48794 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 39.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_988精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.801→28.5 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 23.26 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2247 2001 8.03 %
Rwork0.1915 --
obs0.1943 24934 89.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.182 Å2 / ksol: 0.403 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8534 Å20 Å2-2.359 Å2
2---1.1117 Å2-0 Å2
3---0.2583 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→28.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2522 0 26 239 2787
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1063507
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.585982
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004456
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8008-1.84580.3241610.2554732X-RAY DIFFRACTION41
1.8458-1.89570.3042940.23121042X-RAY DIFFRACTION57
1.8957-1.95150.28861170.22081326X-RAY DIFFRACTION71
1.9515-2.01450.25941330.20181540X-RAY DIFFRACTION85
2.0145-2.08640.2061450.19251775X-RAY DIFFRACTION95
2.0864-2.170.26981670.19221784X-RAY DIFFRACTION99
2.17-2.26870.2421520.18541850X-RAY DIFFRACTION100
2.2687-2.38820.19591640.18681800X-RAY DIFFRACTION100
2.3882-2.53780.27211500.19861837X-RAY DIFFRACTION100
2.5378-2.73360.25411680.19811842X-RAY DIFFRACTION100
2.7336-3.00840.23711570.18661866X-RAY DIFFRACTION100
3.0084-3.44310.19621580.18751831X-RAY DIFFRACTION100
3.4431-4.33540.191740.1751846X-RAY DIFFRACTION100
4.3354-28.50470.20371610.19371862X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.7873 Å / Origin y: 56.6884 Å / Origin z: 6.7758 Å
111213212223313233
T0.0356 Å20.0126 Å20.0205 Å2-0.0513 Å2-0.0007 Å2--0.044 Å2
L0.4897 °20.2453 °20.3042 °2-0.6154 °20.2366 °2--0.6556 °2
S-0.0162 Å °-0.0216 Å °-0.029 Å °0.0005 Å °0.0184 Å °-0.0089 Å °-0.0129 Å °-0.013 Å °-0.0004 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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