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Yorodumi- PDB-3igr: The Crystal Structure of Ribosomal-protein-S5-alanine Acetyltrans... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3igr | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The Crystal Structure of Ribosomal-protein-S5-alanine Acetyltransferase from Vibrio fischeri to 2.0A | ||||||
Components | Ribosomal-protein-S5-alanine N-acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Ribosomal-protein / alanine / acetyltransferase / vibrio / fischeri / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Acyltransferase | ||||||
| Function / homology | Function and homology information[ribosomal protein uS5]-alanine N-acetyltransferase / protein-N-terminal-alanine acetyltransferase activity / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Vibrio fischeri (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Stein, A.J. / Sather, A. / Shackelford, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be PublishedTitle: The Crystal Structure of Ribosomal-protein-S5-alanine Acetyltransferase from Vibrio fischeri to 2.0A Authors: Stein, A.J. / Sather, A. / Shackelford, G. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3igr.cif.gz | 94.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3igr.ent.gz | 74.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3igr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3igr_validation.pdf.gz | 444.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3igr_full_validation.pdf.gz | 449 KB | Display | |
| Data in XML | 3igr_validation.xml.gz | 19.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 3igr_validation.cif.gz | 25.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/3igr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/3igr | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | |
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| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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| Details | author states that the biological unit is the same as asymmetric unit. |
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Components
| #1: Protein | Mass: 21836.266 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio fischeri (bacteria) / Strain: ES114 / Gene: rimJ, VFA0750, VF_A0750 / Plasmid: pMCSG19 / Production host: ![]() References: UniProt: Q5DZH6, ribosomal-protein-alanine N-acetyltransferase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.2 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 Details: 10% PEG 20000, 2% Dioxane, 0.1M Bicine pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 19, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 34070 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.381 / Net I/σ(I): 6.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Resolution: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.225 / WRfactor Rwork: 0.197 / SU B: 9.003 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.151 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 11.69 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→50 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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