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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dzj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the terminase small subunit gp1 with K59E mutation of the bacterial virus sf6 | ||||||
![]() | Gene 1 protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / gp1 / octamer / DNA-binding / K59E mutation | ||||||
機能・相同性 | : / Bacteriophage Sf6, terminase small subunit-like / Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Gene 1 protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhao, H. / Tang, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Functional Studies of the Phage Sf6 Terminase Small Subunit Reveal a DNA-Spooling Device Facilitated by Structural Plasticity. 著者: Zhao, H. / Kamau, Y.N. / Christensen, T.E. / Tang, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15576.716 Da / 分子数: 2 / 変異: K59E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 1.2M NAH2PO4/0.8M K2HPO4, 0.2M Li2SO4, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月5日 詳細: flat collimating Rh coated mirror, toroidal focussing mirror |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 23620 / Num. obs: 23597 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 25.356 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 60.556 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 6.733 / Num. unique all: 2307 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3HEF 解像度: 1.9→19.843 Å / SU ML: 1.64 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 21.83 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.095 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.843 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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