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- PDB-4dyw: Crystal structure of MutT NUDIX hydrolase from Burkholderia pseud... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dyw
タイトルCrystal structure of MutT NUDIX hydrolase from Burkholderia pseudomallei
要素MutT/NUDIX family protein
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / MutT / NUDIX hydrolase / nucleotide diphosphate X hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
NUDIX hydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MutT/NUDIX family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of MutT NUDIX hydrolase from Burkholderia pseudomallei
著者: Edwards, T.E. / Clifton, M.C. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2012年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MutT/NUDIX family protein
B: MutT/NUDIX family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6712
ポリマ－34,6712
非ポリマー00
水97354
1
A: MutT/NUDIX family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3361
ポリマ－17,3361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MutT/NUDIX family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3361
ポリマ－17,3361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area12090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.040, 78.040, 113.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 133 / Label seq-ID: 26 - 154

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 MutT/NUDIX family protein


分子量: 17335.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: BURPS1710b_0547 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JWU2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: BupsA.00264.a.A1 PS01261 at 27 mg/mL against 0.2 M NaK Tartrate, 30% PEG 3350 PACT E9 focus screen with 20% ethylene glycol as cro-protectant, crystal tracking ID 230892e11, pH 7.0, VAPOR ...詳細: BupsA.00264.a.A1 PS01261 at 27 mg/mL against 0.2 M NaK Tartrate, 30% PEG 3350 PACT E9 focus screen with 20% ethylene glycol as cro-protectant, crystal tracking ID 230892e11, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976484 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976484 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 12763 / Num. obs: 12669 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 51.427 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 24.52
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.5-2.570.5764.08578193099.7
2.57-2.640.4944.62555489399.7
2.64-2.710.3915.57535587199.8
2.71-2.80.3446.28526484299.6
2.8-2.890.2388.66516082799.6
2.89-2.990.2069.49493879599.7
2.99-3.10.13613.77469776399.9
3.1-3.230.11315.82466675499.7
3.23-3.370.08320.62439571999.7
3.37-3.540.06425.65401768699.6
3.54-3.730.04833.07367965198.9
3.73-3.950.03937.26348561898.7
3.95-4.230.0347.31337457699.7
4.23-4.560.02853.18322155099.6
4.56-50.02753.19288751399.8
5-5.590.02751.35263847099.2
5.59-6.460.02751.83242641399
6.46-7.910.02453.75211836399.5
7.91-11.180.0267.55164529499.7
11.180.01769.671714178.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å48.73 Å
Translation3 Å48.73 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HHJ

3hhj


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.2215 / WRfactor Rwork: 0.1804 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8144 / SU B: 17.4 / SU ML: 0.189 / SU R Cruickshank DPI: 0.374 / SU Rfree: 0.2609 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2507 633 5 %RANDOM
Rwork0.2077 ---
obs0.2099 12668 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.6 Å2 / Biso mean: 45.9818 Å2 / Biso min: 24.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.99 Å20 Å20 Å2
2--1.99 Å20 Å2
3----3.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1949 0 0 54 2003
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191997
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4211.9592731
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.13433225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9615256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.93923.33387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.19215295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9391517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02402
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRms dev position (Å)Weight position
11A3963X-RAY DIFFRACTION0.120.05
12B3963X-RAY DIFFRACTION0.120.05
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 39 -
Rwork0.319 779 -
all-818 -
obs--99.63 %
精密化 TLS

T23: -0.0179 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1861-0.0309-0.48010.1799-0.50133.263-0.01710.0086-0.03820.017-0.02760.02550.0263-0.03840.04470.0859-0.0396-0.00470.08020.026818.4438-15.231314.1893
20.84060.38260.76390.18060.48613.90940.0294-0.04140.00450.0112-0.03370.0046-0.0351-0.15570.00430.0820.0161-0.00150.06770.034817.7345-14.6136-14.075
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 133
2X-RAY DIFFRACTION1A201 - 228
3X-RAY DIFFRACTION2B5 - 133
4X-RAY DIFFRACTION2B201 - 226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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