PDB-4dyq: High resolution crystal structure of terminase small subunit gp1 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dyq

タイトル

High resolution crystal structure of terminase small subunit gp1 of the bacterial virus sf6

要素

Gene 1 protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / gp1 / octamer / DNA-binding

機能・相同性

: / Bacteriophage Sf6, terminase small subunit-like / Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Gene 1 protein

機能・相同性情報

生物種

Shigella phage Sf6 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.502 Å

データ登録者

Zhao, H. / Tang, L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural and Functional Studies of the Phage Sf6 Terminase Small Subunit Reveal a DNA-Spooling Device Facilitated by Structural Plasticity.
著者: Zhao, H. / Kamau, Y.N. / Christensen, T.E. / Tang, L.

履歴

登録	2012年2月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dyq.cif.gz	159.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dyq.ent.gz	129.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dyq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dyq_validation.pdf.gz	433.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dyq_full_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示
XML形式データ	4dyq_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	4dyq_validation.cif.gz	20.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dyq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dyq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dycC 4dyrC 4dzjC 4dzpC 3hefS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hef-1 4dyc-1 4dzp-1 4dyr-1 4dzj-1 3pug-1 3dbl-1 6sqg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Gene 1 protein

B: Gene 1 protein

31.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Gene 1 protein

B: Gene 1 protein

A: Gene 1 protein

B: Gene 1 protein

A: Gene 1 protein

B: Gene 1 protein

A: Gene 1 protein

B: Gene 1 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.705, 88.705, 72.394
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

#1: タンパク質	Gene 1 protein 分子量: 15576.782 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shigella phage Sf6 (ファージ) / 株: bacteriophage Sf6 / 遺伝子: gp1 / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q716H4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 1.2M NAH2PO4/0.8M K2HPO4, 0.2M Li2SO4, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月2日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射	モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 46607 / Num. obs: 45628 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 19.318 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 50.183
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 4462 / R_sym value: 0.503 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.2_432)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HEF

3hef

解像度: 1.502→19.125 Å / SU ML: 0.14 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.202	1925	4.38 %	Random
R_work	0.1769	-	-	-
obs	0.178	43953	94.41 %	-
all	-	46607	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.41 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 72.241 Å² / k_sol: 0.5 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.318 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.938 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.938 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.876 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.502→19.125 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1979	0	0	264	2243

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2029
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.891	2735
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.692	780
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	297
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	358

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5023-1.5398	0.2523	117	0.2465	2626	X-RAY DIFFRACTION	84
1.5398-1.5814	0.2509	132	0.2424	2809	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5814-1.6279	0.2323	130	0.2193	2876	X-RAY DIFFRACTION	92
1.6279-1.6805	0.2204	136	0.2003	2970	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6805-1.7405	0.1995	137	0.19	2973	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7405-1.8101	0.216	136	0.1841	2999	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8101-1.8924	0.2224	140	0.1759	3029	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8924-1.9921	0.1948	138	0.1746	3063	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9921-2.1168	0.1807	144	0.1661	3095	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1168-2.28	0.1885	143	0.1605	3124	X-RAY DIFFRACTION	98
2.28-2.5089	0.1648	142	0.1516	3108	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5089-2.8709	0.1948	143	0.1742	3125	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8709-3.6131	0.2051	145	0.1662	3135	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6131-19.1266	0.2141	142	0.1867	3096	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.306	0.66	-1.2547	0.3301	-0.476	2.7079	0.5648	0.2511	1.3813	-0.0155	0.1597	0.1558	-0.2859	0.2558	-0.5948	0.297	0.1187	0.0349	0.2443	0.0573	0.727	36.3354	35.3551	16.89
2	0.7171	-0.0868	-0.0435	0.9472	0.5072	0.8717	0.0445	-0.0586	0.1085	0.0259	0.0098	-0.0618	-0.0452	-0.0289	-0.0453	0.1616	-0.0093	0.0066	0.1644	-0.0074	0.1837	49.0249	11.8898	17.7052
3	1.8285	-0.1891	-0.2416	0.6923	0.0951	0.9541	0.0633	-0.027	0.5635	0.1674	0.0158	-0.2943	-0.0397	-0.0308	-0.0565	0.3036	-0.0654	0.0142	0.243	-0.0019	0.3957	64.0462	30.4447	19.3956
4	0.5242	0.0964	-0.0365	1.0839	0.3802	0.4824	-0.0148	-0.0086	0.0473	-0.0761	0.0486	-0.0773	-0.1262	0.0343	-0.0233	0.1632	0.0041	-0.0071	0.1562	-0.0066	0.183	53.495	5.0335	15.1209

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resseq 10:63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resseq 64:132
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and resseq 10:63
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resseq 64:139

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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