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- PDB-4dxw: Crystal structure of NavRh, a voltage-gated sodium channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dxw
タイトルCrystal structure of NavRh, a voltage-gated sodium channel
要素Ion transport protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / tetrameric / voltage-gated sodium channel / sodium selective / voltage-gated ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channels. Chain C / Polycystic kidney disease type 2 protein / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Up-down Bundle ...Voltage-gated potassium channels. Chain C / Polycystic kidney disease type 2 protein / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種alpha proteobacterium HIMB114 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.052 Å
データ登録者Zhang, X. / Ren, W.L. / Yan, C.Y. / Wang, J.W. / Yan, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of an orthologue of the NaChBac voltage-gated sodium channel
著者: Zhang, X. / Ren, W.L. / DeCaen, P. / Yan, C.Y. / Tao, X. / Tang, L. / Wang, J.J. / Hasegawa, K. / Kumasaka, T. / He, J.H. / Wang, J.W. / Clapham, D.E. / Yan, N.
履歴
登録2012年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,98711
ポリマ－106,0024
非ポリマー1,9857
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18000 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area39710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.437, 163.437, 61.071
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42

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要素

#1: タンパク質
Ion transport protein / NavRh


分子量: 26500.607 Da / 分子数: 4 / 変異: S208G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) alpha proteobacterium HIMB114 (バクテリア)
遺伝子: HIMB114_0051, HIMB114_1443 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0RMU8
#2: 糖
ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジミリストイルホスファチジルコリン


分子量: 678.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H73NO8P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 5% PEG 8000 (v/v), 100mM HEPES-NaOH, pH 7.0, 100mM CaCl2, 10% Glycerol, 20% 1,4-Butandiol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291KK

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.005 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月15日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. all: 31124 / Num. obs: 31031 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.05→3.16 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.052→45.329 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.67 / FOM work R set: 0.7241 / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1429 4.61 %THIN SHELL
Rwork0.2372 ---
all0.2389 31124 --
obs0.2389 31018 99.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.73 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 237.88 Å2 / Biso mean: 95.8998 Å2 / Biso min: 39.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1301 Å20 Å2-0 Å2
2--3.1301 Å20 Å2
3----6.2647 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.052→45.329 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6787 0 121 6 6914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117068
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4529621
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7632558
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0931216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061107
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0525-3.1616000.3105301999
3.1616-3.2881000.27513077100
3.2881-3.43770.33294040.24462690100
3.4377-3.6189000.25393098100
3.6189-3.84550.293870.2352699100
3.8455-4.1422000.22943099100
4.1422-4.55870.30912760.21932818100
4.5587-5.2175000.21513120100
5.2175-6.57040.39672150.28722937100
6.5704-45.33420.15861470.2178303298
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 44.7968 Å / Origin y: -38.6596 Å / Origin z: 14.9821 Å
111213212223313233
T0.3993 Å2-0.0014 Å20.0763 Å2-0.3241 Å20.0539 Å2--0.3763 Å2
L1.3106 °20.1362 °2-0.0358 °2-1.7756 °2-0.1166 °2--2.61 °2
S-0.1058 Å °-0.0673 Å °0.0269 Å °0.2134 Å °-0.0382 Å °-0.0358 Å °0.011 Å °0.0283 Å °0.0953 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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