PDB-4dx7: Transport of drugs by the multidrug transporter AcrB involves an ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dx7

タイトル

Transport of drugs by the multidrug transporter AcrB involves an access and a deep binding pocket that are separated by a switch-loop

要素

Acriflavine resistance protein B
DARPIN

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / DARPin / multidrug efflux protein

機能・相同性

機能・相同性情報

alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.253 Å

データ登録者

Eicher, T. / Cha, H. / Seeger, M.A. / Brandstaetter, L. / El-Delik, J. / Bohnert, J.A. / Kern, W.V. / Verrey, F. / Gruetter, M.G. / Diederichs, K. / Pos, K.M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Transport of drugs by the multidrug transporter AcrB involves an access and a deep binding pocket that are separated by a switch-loop.
著者: Eicher, T. / Cha, H.J. / Seeger, M.A. / Brandstatter, L. / El-Delik, J. / Bohnert, J.A. / Kern, W.V. / Verrey, F. / Grutter, M.G. / Diederichs, K. / Pos, K.M.

履歴

登録	2012年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Source and taxonomy
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dx7.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dx7.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dx7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dx7_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dx7_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	4dx7_validation.xml.gz	146.6 KB	表示
CIF形式データ	4dx7_validation.cif.gz	206.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/4dx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dx/4dx7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dx5C 4dx6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6q4o-d 5jmn-d 4u8v-d 4u96-d 6sgr-d 5nc5-d 2j8s-d 4u8y-d 6sgs-d 4dx5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Acriflavine resistance protein B

B: Acriflavine resistance protein B

C: Acriflavine resistance protein B

D: DARPIN

E: DARPIN

ヘテロ分子

388 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.943, 163.285, 245.766
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質	Acriflavine resistance protein B 分子量: 114736.289 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: P31224
#2: タンパク質	DARPIN 分子量: 18317.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Xl1blue

-
糖 , 2種, 8分子

#3: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
#7: 糖	ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 6種, 1716分子

#4: 化合物	ChemComp-DM2 / DOXORUBICIN / ADRIAMYCIN / ドキソルビシン分子量: 543.519 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₂₉NO₁₁ / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#5: 化合物	ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン分子量: 170.335 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆
#6: 化合物	ChemComp-D10 / DECANE / デカン分子量: 142.282 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン分子量: 86.175 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.01 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.025M ADA, pH 6.5, 0.2M ammonium sulfate, 7.66% PEG 4000, 8.8% glycerol, 0.004M doxorubicin, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→49.153 Å / Num. all: 274592 / Num. obs: 274585 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 14.94

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.25-2.39	0.984	1.75	1	97.3
2.39-2.55	0.712	3.13	1	100
2.55-2.76	0.441	4.97	1	100
2.76-3.02	0.244	8.54	1	100
3.02-3.37	0.135	14.48	1	100
3.37-3.89	0.071	25.27	1	100
3.89-4.76	0.045	37.64	1	100
4.76-6.7	0.042	39.72	1	100
6.7-49.153	0.03	48.42	1	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.253→49.093 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2273	13724	5 %
R_work	0.1849	-	-
obs	0.187	274555	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.01 Å² / k_sol: 0.32 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.6515 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	8.8845 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.233 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.253→49.093 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25979	0	515	1700	28194

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	26990
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.05	36616
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.662	9728
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	4322
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4620

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2527-2.2783	0.3408	392	0.3116	7546	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2783-2.3051	0.338	458	0.2785	8698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3051-2.3332	0.3216	452	0.2692	8623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3332-2.3627	0.3047	459	0.2624	8656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3627-2.3938	0.3099	461	0.2485	8633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.4266	0.2855	452	0.2437	8665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4266-2.4613	0.3174	458	0.2416	8690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4613-2.498	0.2845	452	0.2291	8642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.498-2.537	0.2725	473	0.217	8688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.537-2.5786	0.2702	441	0.2197	8686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5786-2.6231	0.2826	456	0.2103	8662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6231-2.6708	0.2451	465	0.1934	8725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6708-2.7221	0.2427	450	0.1905	8681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7221-2.7777	0.2555	457	0.1932	8657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7777-2.8381	0.2497	462	0.1863	8742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8381-2.9041	0.2314	455	0.1786	8660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9041-2.9767	0.2198	456	0.1748	8731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9767-3.0572	0.2416	461	0.1772	8694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0572-3.1471	0.2175	461	0.1676	8714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1471-3.2487	0.2152	460	0.1643	8743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2487-3.3648	0.2157	451	0.1721	8727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3648-3.4995	0.2235	472	0.1721	8744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4995-3.6587	0.2094	455	0.1674	8746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6587-3.8515	0.2031	456	0.1643	8770	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8515-4.0927	0.2068	466	0.1698	8762	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0927-4.4085	0.1926	465	0.1621	8818	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4085-4.8518	0.1902	460	0.1529	8833	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8518-5.5531	0.1999	469	0.1651	8842	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5531-6.9931	0.2395	471	0.2002	8950	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9931-49.1043	0.2091	478	0.1917	9103	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 40.481 Å / Origin y: -31.4143 Å / Origin z: -30.5952 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1179 Å²	0.0074 Å²	-0.0115 Å²	-	0.1765 Å²	-0.0331 Å²	-	-	0.1554 Å²
L	0.3865 °²	0.0445 °²	-0.0621 °²	-	0.2373 °²	-0.1084 °²	-	-	0.3479 °²
S	0.0582 Å °	0.0139 Å °	0.0648 Å °	-0.003 Å °	-0.0405 Å °	0.0353 Å °	-0.0484 Å °	0.0295 Å °	-0.0125 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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