PDB-4dwj: Crystal structure of Thymidylate Kinase from Staphylococcus aureu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dwj

タイトル

Crystal structure of Thymidylate Kinase from Staphylococcus aureus in complex with Thymidine Monophosphate

要素

Thymidylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI / THYMIDYLATE KINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Thymidylate Kinase from Staphylococcus aureus in complex with Thymidine Monophosphate
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2012年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月11日	Group: Structure summary
改定 1.2	2012年10月10日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dwj.cif.gz	649.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dwj.ent.gz	541 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dwj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4dwj_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dwj_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	4dwj_validation.xml.gz	59.9 KB	表示
CIF形式データ	4dwj_validation.cif.gz	78.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/4dwj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/4dwj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ccjS 2ccg S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ccj-d 4mqb-2 4rzx-d 2ccg-d 2cck-d 5c5y-2 4zyn-1 4hlc-d 4qg7-d 4hld-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC105704

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate kinase

B: Thymidylate kinase

C: Thymidylate kinase

D: Thymidylate kinase

E: Thymidylate kinase

F: Thymidylate kinase

G: Thymidylate kinase

H: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

212 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thymidylate kinase

B: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Thymidylate kinase

D: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Thymidylate kinase

G: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.7 kDa, 2 ポリマー
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4

F: Thymidylate kinase

H: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.662, 73.409, 96.868
Angle α, β, γ (deg.)	81.48, 90.10, 90.12
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.999996, -0.002746, -0.000905), (-0.002753, -0.999966, -0.007742), (-0.000884, 0.007744, -0.99997)	-0.08248, -102.79011, -16.7886

#1: タンパク質	Thymidylate kinase / dTMP kinase 分子量: 26198.518 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: tmk, SAV0482 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: P65248, dTMP kinase
#2: 化合物	ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP 分子量: 322.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₂O₈P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES, 25 % PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97886 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月16日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97886 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.74→30 Å / Num. all: 39979 / Num. obs: 39979 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 71.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.27
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2CCJ

2ccj

解像度: 2.74→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 36.772 / SU ML: 0.347 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.444 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26817	2016	5 %	RANDOM
R_work	0.20065	-	-	-
obs	0.20412	37963	94.71 %	-
all	-	37963	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.257 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.15 Å²	-0.26 Å²	-0.55 Å²
2-	-	-4.26 Å²	3.12 Å²
3-	-	-	-1.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.74→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12722	0	120	75	12917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	13060
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	8931
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.744	1.981	17632
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.108	3	21750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.341	5	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.661	24.349	653
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.399	15	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.092	15	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	14386
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	2583

LS精密化シェル

解像度: 2.736→2.807 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	163	-
R_work	0.269	2747	-
obs	-	-	92.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7807	-0.1352	-0.4867	5.1092	-0.876	1.3281	0.0441	0.175	-0.12	-0.3912	-0.0225	-0.0955	-0.0918	-0.1257	-0.0215	0.0726	0.0563	-0.0179	0.2564	-0.0407	0.163	-1.2141	-39.817	-17.0285
2	1.0395	-0.2661	-0.5268	5.2354	-0.2008	1.2275	0.1974	0.1028	0.056	-0.0848	-0.1095	-0.537	-0.2468	0.0142	-0.0879	0.0623	0.0249	0.0303	0.2315	0.0174	0.213	3.5849	-25.2842	-14.2611
3	0.4759	0.3176	0.2711	3.2868	-0.8506	1.4693	0.0426	-0.0996	0.0876	0.2148	0.0054	0.0106	0.0609	-0.2879	-0.048	0.0309	-0.0077	0.0124	0.2519	-0.0259	0.1626	-1.1932	-62.889	-0.2326
4	0.0445	-0.2207	-0.1385	4.2317	0.291	5.1977	0.0421	-0.046	-0.0085	0.0657	0.0907	-0.4186	0.2613	0.1707	-0.1328	0.0692	-0.0159	-0.033	0.1911	0.0185	0.2375	4.1135	-77.6545	-2.9188
5	0.8604	0.0013	0.0971	2.7307	-0.668	1.3651	0.1094	0.1681	-0.0573	-0.2458	-0.0574	-0.0439	-0.0476	-0.2698	-0.052	0.0553	0.0591	0.0019	0.2026	-0.0153	0.1214	-29.9693	-83.5829	-1.3147
6	1.1235	-0.2532	-0.4249	3.1022	-0.0049	2.8284	0.0491	0.1334	0.1019	0.0064	-0.034	-0.2842	-0.2119	-0.2365	-0.0151	0.0602	0.0575	0.0185	0.1275	0.0307	0.205	-25.5613	-69.0831	1.906
7	0.5297	0.116	0.3352	5.0236	-0.7581	0.8975	0.0458	-0.1475	0.1023	0.4123	-0.1703	-0.1874	0.1317	-0.039	0.1245	0.0979	-0.057	0.0181	0.2556	-0.0571	0.1688	-30.337	-33.9013	15.7321
8	1.104	0.3411	0.3506	4.7772	0.0571	0.5498	0.2163	-0.1312	-0.0498	0.1005	-0.2219	-0.5481	0.1584	0.0575	0.0056	0.0625	0.0005	-0.0231	0.2292	0.038	0.2086	-25.9367	-49.1077	12.4266
9	1.4117	0.2297	-0.3355	3.9388	-0.9064	3.9406	-0.0072	0.2452	-0.2311	-0.079	0.0941	0.423	0.0355	-0.4313	-0.0869	0.0228	-0.0237	-0.0256	0.179	-0.0217	0.2	-0.814	-33.4485	30.9846
10	1.6486	-0.3401	0.4067	4.3728	1.0999	8.4589	-0.1168	0.1049	-0.0052	0.1383	0.1122	0.0389	-1.4245	-0.1876	0.0046	0.3062	0.004	0.0412	0.0839	0.0125	0.1006	3.536	-17.9875	33.8278
11	1.6012	-0.4163	-0.0574	4.4099	-1.5331	4.4174	-0.0955	-0.2297	0.2643	-0.0741	0.4296	0.9136	-0.0146	-0.6616	-0.334	0.024	-0.025	-0.0098	0.265	-0.0019	0.3406	-33.562	-41.0304	-32.0139
12	1.9466	0.0581	-0.2948	3.6574	-0.5617	5.2081	-0.0361	-0.0094	0.1111	-0.1673	0.1905	0.0076	0.6999	-0.1199	-0.1544	0.1005	-0.0115	-0.0282	0.1168	0.0179	0.1315	-25.0002	-49.5882	-34.5405
13	0.798	0.938	0.4915	5.2611	-1.6752	4.8219	0.2379	-0.1047	0.2133	0.7994	-0.1511	0.1484	0.4805	0.0081	-0.0868	0.3902	-0.0657	0.0862	0.0932	-0.0158	0.1607	0.9469	-56.5791	47.6884
14	1.1286	0.0983	0.2993	6.0074	-0.1211	4.4699	0.4093	0.031	-0.0705	0.5555	-0.3097	-0.7048	1.2637	0.4804	-0.0996	0.7208	0.0775	-0.0957	0.1345	0.045	0.1297	7.5011	-69.9814	45.2921
15	1.4705	-0.0558	-1.1455	4.4101	-0.9664	4.2986	0.2312	0.2189	-0.1147	-0.8749	-0.0427	0.4514	-0.4614	-0.2826	-0.1885	0.4505	0.0961	-0.1178	0.1302	0.0167	0.1473	-30.932	-75.4135	44.743
16	1.6317	-0.3705	-0.2794	6.8872	0.4519	4.1733	0.3534	-0.0209	0.0033	-0.7235	-0.2971	-0.6466	-0.8703	0.3203	-0.0563	0.4844	-0.0563	0.0702	0.0985	0.0434	0.1359	-22.3565	-67.8545	49.3977

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	124 - 204
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 125
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	126 - 204
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	2 - 134
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	135 - 204
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	2 - 126
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	127 - 204
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	2 - 128
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	129 - 204
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	2 - 81
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	82 - 204
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	2 - 122
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	123 - 203
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	1 - 82
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	83 - 203

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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