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- PDB-4dwh: Structure of the major type 1 pilus subunit FIMA bound to the FIM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dwh
タイトルStructure of the major type 1 pilus subunit FIMA bound to the FIMC (2.5 A resolution)
要素
  • Chaperone protein fimC
  • Type-1 fimbrial protein, A chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/CHAPERONE / PROTEIN-CHAPERONE COMPLEX / IMMUNOGLOBIN-LIKE FOLD / INVOLVED IN TYPE 1 PILUS ASSEMBLY / STRUCTURAL PROTEIN-CHAPERONE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / cell adhesion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily ...Pili assembly chaperone, C-terminal / Pili assembly chaperone PapD, C-terminal domain / Pili assembly chaperone, bacterial / Pili assembly chaperone, conserved site / Pili assembly chaperone, C-terminal domain superfamily / Gram-negative pili assembly chaperone signature. / Pili assembly chaperone, N-terminal / : / Pili and flagellar-assembly chaperone, PapD N-terminal domain / PapD-like superfamily / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / Type-1 fimbrial protein, A chain / Chaperone protein FimC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Scharer, M.A. / Puorger, C. / Crespo, M. / Glockshuber, R. / Capitani, G.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Quality control of disulfide bond formation in pilus subunits by the chaperone FimC.
著者: Crespo, M.D. / Puorger, C. / Scharer, M.A. / Eidam, O. / Grutter, M.G. / Capitani, G. / Glockshuber, R.
履歴
登録2012年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Database references
改定 1.22012年10月17日Group: Database references
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein fimC
B: Type-1 fimbrial protein, A chain
C: Chaperone protein fimC
D: Type-1 fimbrial protein, A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,03920
ポリマ－74,0994
非ポリマー1,94016
水2,432135
1
A: Chaperone protein fimC
B: Type-1 fimbrial protein, A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,17712
ポリマ－37,0502
非ポリマー1,12710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15320 Å2
手法PISA
2
C: Chaperone protein fimC
D: Type-1 fimbrial protein, A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8638
ポリマ－37,0502
非ポリマー8136
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.370, 48.810, 113.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'A' and (resseq 1:43 or resseq 47:93 or resseq...
211chain 'C' and (resseq 1:43 or resseq 47:93 or resseq...
112chain 'B' and (resseq 17:89 or resseq 95:114 or resseq 129:159 ) and name ca
212chain 'D' and (resseq 17:89 or resseq 95:114 or resseq 129:159 ) and name ca

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.072917, 0.001934, -0.997336), (0.00792, -0.999968, -0.00136), (-0.997307, -0.0078, -0.07293)52.543301, 54.809601, 56.110401
2given(0.063152, 0.022668, -0.997746), (0.005351, -0.999735, -0.022375), (-0.99799, -0.003926, -0.063257)52.396599, 55.831799, 55.736301
詳細FimC-FimA heterodimer

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Chaperone protein fimC


分子量: 22754.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b4316, fimC, JW4279 / プラスミド: pFimC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31697
#2: タンパク質 Type-1 fimbrial protein, A chain / Type-1A pilin


分子量: 14295.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b4314, fimA, JW4277, pilA / プラスミド: pFimAt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04128

-
非ポリマー , 5種, 151分子

#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 40% (v/v) PEG 400 0.1 M phosphate/citrate pH 4.2 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99986 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月20日
放射モノクロメーター: Fixed exit double, channel DCM Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.26 Å / Num. obs: 23307 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Net I/σ(I): 12.05
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.5-2.813.60.8563.481100
2.8-30.5185.29199.9
3-3.50.2759.9199.9
3.5-40.15716.811100
4-50.09923.85199.9
5-60.121.71199.8
6-100.08526.271100
10-200.05538.721100
20-250.05837.421100
25-45.260.05237.66183.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
RemDAqデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SQB

3sqb


解像度: 2.5→45.26 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.41 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2942 792 3.4 %
Rwork0.2327 --
obs0.2348 23296 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.789 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.9735 Å2-0 Å2-7.2699 Å2
2---5.6784 Å2-0 Å2
3----0.295 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4984 0 126 135 5245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045175
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8926986
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8531906
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061822
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004902
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.059
12C180X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.059
21B123X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
22D123X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5002-2.65680.34081310.27243717X-RAY DIFFRACTION100
2.6568-2.86190.34251320.2733735X-RAY DIFFRACTION100
2.8619-3.14980.33191300.24123702X-RAY DIFFRACTION100
3.1498-3.60540.34251310.23333727X-RAY DIFFRACTION100
3.6054-4.54180.25751330.20923774X-RAY DIFFRACTION100
4.5418-45.26790.2511350.22593849X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.012-0.03-0.03151.53830.85910.50470.0362-0.0545-0.19290.40710.0094-0.08550.25070.0565-0.00250.1776-0.0204-0.06910.07010.01580.23316.164414.285119.3004
22.0925-2.2114-0.0634.4063-0.08161.0767-0.2233-0.2317-0.00620.33360.21310.00040.0642-0.1022-0.0050.08330.0118-0.03820.07180.02490.149110.262825.332317.821
32.1018-0.0352-0.48051.9014-0.01531.46990.10190.48220.2601-0.4416-0.04680.2485-0.0872-0.2053-0.00910.2650.0237-0.08750.16790.01590.234618.993812.1871-7.5157
44.50840.14710.09494.9103-0.4674.60850.32930.57880.0537-0.1191-0.0483-0.0488-0.41850.3756-0.25120.09450.04040.03610.1615-0.00090.207626.693416.9016-4.5554
52.58060.4790.47271.13830.28351.65150.0030.07520.3017-0.07360.02450.1281-0.0977-0.27660.0150.1721-0.0945-0.08690.14730.1110.19363.903136.446612.5185
60.0082-0.00020.01110.0270.01840.0269-0.13550.41950.08810.13670.0485-0.3808-0.0823-0.23450.08570.3332-0.0349-0.26710.4275-0.00020.46217.215132.27184.223
72.3081-0.15350.12921.5071-0.51451.12080.0994-0.14520.1267-0.1340.00250.1842-0.0351-0.3740.04990.10620.0167-0.09340.182-0.06430.1571.832135.933812.1653
80.19680.20410.01350.4130.0136-0.0062-0.0249-0.00560.2277-0.18880.02510.2212-0.0316-0.04050.00410.09270.1332-0.34270.00380.02540.293233.489240.080439.4047
91.12610.12520.03432.9037-0.87661.3263-0.03710.07490.1297-0.25960.0806-0.0157-0.0409-0.06160.00280.12840.0003-0.14630.00750.02220.149840.593536.895839.587
103.6211-0.3286-1.6394.07450.49612.2095-0.1942-0.17830.27410.556-0.1405-0.44260.14180.38990.23280.2379-0.0588-0.10730.17080.00390.221962.328641.164238.9078
110.1795-0.7295-0.06842.99440.29093.2587-0.3094-0.0370.27590.3089-0.062-0.3224-0.0770.52240.23920.33030.0006-0.11850.20040.03840.37361.178639.507736.0419
120.9234-0.06050.31620.59-0.24541.6479-0.081-0.4005-0.14310.1410.0439-0.09260.13610.0827-0.07370.20780.1402-0.21060.2628-0.01610.227240.857918.829351.3821
137.34095.60867.3495.33045.80028.71420.1182-0.2209-0.45971.6289-0.0138-0.6561.85611.4011-0.10280.61640.0658-0.12640.37270.02840.378248.869624.686543.4382
142.3472-0.41660.74261.3597-0.15921.2113-0.1361-0.46670.08420.13380.02580.0947-0.188-0.1701-0.44770.17960.0139-0.20180.2539-0.03650.256240.170818.898353.6188
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:87)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 88:116)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 117:184)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 185:204)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 17:104)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 105:129)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 130:159)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 1:92)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 93:128)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 129:165)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 166:205)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 17:114)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 115:129)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 130:159)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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