PDB-4dwh: Structure of the major type 1 pilus subunit FIMA bound to the FIM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dwh

タイトル

Structure of the major type 1 pilus subunit FIMA bound to the FIMC (2.5 A resolution)

要素

Chaperone protein fimC
Type-1 fimbrial protein, A chain

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN/CHAPERONE / PROTEIN-CHAPERONE COMPLEX / IMMUNOGLOBIN-LIKE FOLD / INVOLVED IN TYPE 1 PILUS ASSEMBLY / STRUCTURAL PROTEIN-CHAPERONE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / : / protein folding chaperone / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / cell adhesion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Scharer, M.A. / Puorger, C. / Crespo, M. / Glockshuber, R. / Capitani, G.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Quality control of disulfide bond formation in pilus subunits by the chaperone FimC.
著者: Crespo, M.D. / Puorger, C. / Scharer, M.A. / Eidam, O. / Grutter, M.G. / Capitani, G. / Glockshuber, R.

履歴

登録	2012年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月1日	Group: Database references
改定 1.2	2012年10月17日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dwh.cif.gz	267 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dwh.ent.gz	217.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dwh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/4dwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/4dwh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sqbSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5i44-2 3fi2-d 5awm-d 4e73-d 4g1w-d 3oy1-d 4yxa-1 1l6x-d 1vra-d 3kvx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chaperone protein fimC

B: Type-1 fimbrial protein, A chain

C: Chaperone protein fimC

D: Type-1 fimbrial protein, A chain

ヘテロ分子

76 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chaperone protein fimC

B: Type-1 fimbrial protein, A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Chaperone protein fimC

D: Type-1 fimbrial protein, A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.370, 48.810, 113.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.90, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 1:43 or resseq 47:93 or resseq...
2	1	1	chain 'C' and (resseq 1:43 or resseq 47:93 or resseq...
1	1	2	chain 'B' and (resseq 17:89 or resseq 95:114 or resseq 129:159 ) and name ca
2	1	2	chain 'D' and (resseq 17:89 or resseq 95:114 or resseq 129:159 ) and name ca

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.072917, 0.001934, -0.997336), (0.00792, -0.999968, -0.00136), (-0.997307, -0.0078, -0.07293)	52.543301, 54.809601, 56.110401
2	given	(0.063152, 0.022668, -0.997746), (0.005351, -0.999735, -0.022375), (-0.99799, -0.003926, -0.063257)	52.396599, 55.831799, 55.736301

詳細

FimC-FimA heterodimer

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Chaperone protein fimC 分子量: 22754.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b4316, fimC, JW4279 / プラスミド: pFimC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31697
#2: タンパク質	Type-1 fimbrial protein, A chain / Type-1A pilin 分子量: 14295.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b4314, fimA, JW4277, pilA / プラスミド: pFimAt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04128

-
非ポリマー , 5種, 151分子

#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 40% (v/v) PEG 400 0.1 M phosphate/citrate pH 4.2 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 0.99986 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月20日

放射

モノクロメーター: Fixed exit double, channel DCM Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99986 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→45.26 Å / Num. obs: 23307 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.203 / Net I/σ(I): 12.05

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.8	13.6	0.856	3.48	1	100
2.8-3		0.518	5.29	1	99.9
3-3.5		0.275	9.9	1	99.9
3.5-4		0.157	16.81	1	100
4-5		0.099	23.85	1	99.9
5-6		0.1	21.71	1	99.8
6-10		0.085	26.27	1	100
10-20		0.055	38.72	1	100
20-25		0.058	37.42	1	100
25-45.26		0.052	37.66	1	83.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
RemDAq		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SQB

3sqb

解像度: 2.5→45.26 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.41 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2942	792	3.4 %
R_work	0.2327	-	-
obs	0.2348	23296	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 58.789 Å² / k_sol: 0.385 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.9735 Å²	-0 Å²	-7.2699 Å²
2-	-	-5.6784 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.295 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4984	0	126	135	5245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5175
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.892	6986
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.853	1906
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	822
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	902

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	180	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059
1	2	C	180	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059
2	1	B	123	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
2	2	D	123	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5002-2.6568	0.3408	131	0.2724	3717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6568-2.8619	0.3425	132	0.273	3735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8619-3.1498	0.3319	130	0.2412	3702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1498-3.6054	0.3425	131	0.2333	3727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6054-4.5418	0.2575	133	0.2092	3774	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5418-45.2679	0.251	135	0.2259	3849	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.012	-0.03	-0.0315	1.5383	0.8591	0.5047	0.0362	-0.0545	-0.1929	0.4071	0.0094	-0.0855	0.2507	0.0565	-0.0025	0.1776	-0.0204	-0.0691	0.0701	0.0158	0.233	16.1644	14.2851	19.3004
2	2.0925	-2.2114	-0.063	4.4063	-0.0816	1.0767	-0.2233	-0.2317	-0.0062	0.3336	0.2131	0.0004	0.0642	-0.1022	-0.005	0.0833	0.0118	-0.0382	0.0718	0.0249	0.1491	10.2628	25.3323	17.821
3	2.1018	-0.0352	-0.4805	1.9014	-0.0153	1.4699	0.1019	0.4822	0.2601	-0.4416	-0.0468	0.2485	-0.0872	-0.2053	-0.0091	0.265	0.0237	-0.0875	0.1679	0.0159	0.2346	18.9938	12.1871	-7.5157
4	4.5084	0.1471	0.0949	4.9103	-0.467	4.6085	0.3293	0.5788	0.0537	-0.1191	-0.0483	-0.0488	-0.4185	0.3756	-0.2512	0.0945	0.0404	0.0361	0.1615	-0.0009	0.2076	26.6934	16.9016	-4.5554
5	2.5806	0.479	0.4727	1.1383	0.2835	1.6515	0.003	0.0752	0.3017	-0.0736	0.0245	0.1281	-0.0977	-0.2766	0.015	0.1721	-0.0945	-0.0869	0.1473	0.111	0.1936	3.9031	36.4466	12.5185
6	0.0082	-0.0002	0.0111	0.027	0.0184	0.0269	-0.1355	0.4195	0.0881	0.1367	0.0485	-0.3808	-0.0823	-0.2345	0.0857	0.3332	-0.0349	-0.2671	0.4275	-0.0002	0.4621	7.2151	32.2718	4.223
7	2.3081	-0.1535	0.1292	1.5071	-0.5145	1.1208	0.0994	-0.1452	0.1267	-0.134	0.0025	0.1842	-0.0351	-0.374	0.0499	0.1062	0.0167	-0.0934	0.182	-0.0643	0.157	1.8321	35.9338	12.1653
8	0.1968	0.2041	0.0135	0.413	0.0136	-0.0062	-0.0249	-0.0056	0.2277	-0.1888	0.0251	0.2212	-0.0316	-0.0405	0.0041	0.0927	0.1332	-0.3427	0.0038	0.0254	0.2932	33.4892	40.0804	39.4047
9	1.1261	0.1252	0.0343	2.9037	-0.8766	1.3263	-0.0371	0.0749	0.1297	-0.2596	0.0806	-0.0157	-0.0409	-0.0616	0.0028	0.1284	0.0003	-0.1463	0.0075	0.0222	0.1498	40.5935	36.8958	39.587
10	3.6211	-0.3286	-1.639	4.0745	0.4961	2.2095	-0.1942	-0.1783	0.2741	0.556	-0.1405	-0.4426	0.1418	0.3899	0.2328	0.2379	-0.0588	-0.1073	0.1708	0.0039	0.2219	62.3286	41.1642	38.9078
11	0.1795	-0.7295	-0.0684	2.9944	0.2909	3.2587	-0.3094	-0.037	0.2759	0.3089	-0.062	-0.3224	-0.077	0.5224	0.2392	0.3303	0.0006	-0.1185	0.2004	0.0384	0.373	61.1786	39.5077	36.0419
12	0.9234	-0.0605	0.3162	0.59	-0.2454	1.6479	-0.081	-0.4005	-0.1431	0.141	0.0439	-0.0926	0.1361	0.0827	-0.0737	0.2078	0.1402	-0.2106	0.2628	-0.0161	0.2272	40.8579	18.8293	51.3821
13	7.3409	5.6086	7.349	5.3304	5.8002	8.7142	0.1182	-0.2209	-0.4597	1.6289	-0.0138	-0.656	1.8561	1.4011	-0.1028	0.6164	0.0658	-0.1264	0.3727	0.0284	0.3782	48.8696	24.6865	43.4382
14	2.3472	-0.4166	0.7426	1.3597	-0.1592	1.2113	-0.1361	-0.4667	0.0842	0.1338	0.0258	0.0947	-0.188	-0.1701	-0.4477	0.1796	0.0139	-0.2018	0.2539	-0.0365	0.2562	40.1708	18.8983	53.6188

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:87)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 88:116)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 117:184)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 185:204)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 17:104)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 105:129)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 130:159)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 1:92)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 93:128)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 129:165)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 166:205)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 17:114)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 115:129)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 130:159)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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