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- PDB-4du0: Crystal structure of human alpha-defensin 1, HNP1 (G17A mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4du0
タイトルCrystal structure of human alpha-defensin 1, HNP1 (G17A mutant)
要素Neutrophil defensin 1
キーワードANTIBIOTIC / cysteine rich antimicrobial peptide / alpha-defensin / HNP1 / human alpha-defensin 1 / G17A mutant / defensin fold / antimicrobial peptide / human neutrophils
機能・相同性
機能・相同性情報


pore-forming activity / Defensins / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / innate immune response in mucosa ...pore-forming activity / Defensins / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / innate immune response in mucosa / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / azurophil granule lumen / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / collagen-containing extracellular matrix / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mammalian defensins signature. / Alpha-defensin, C-terminal / Mammalian defensin / Defensin propeptide / Alpha-defensin propeptide / Alpha-defensin / Defensin propeptide / Beta/alpha-defensin, C-terminal / Defensin/corticostatin family
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutrophil defensin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wu, X. / Lu, W. / Pazgier, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Invariant gly residue is important for alpha-defensin folding, dimerization, and function: a case study of the human neutrophil alpha-defensin HNP1
著者: Zhao, L. / Ericksen, B. / Wu, X. / Zhan, C. / Yuan, W. / Li, X. / Pazgier, M. / Lu, W.
履歴
登録2012年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月2日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil defensin 1
B: Neutrophil defensin 1
C: Neutrophil defensin 1
D: Neutrophil defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,30410
ポリマ－13,8654
非ポリマー4396
水1,892105
1
A: Neutrophil defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6294
ポリマ－3,4661
非ポリマー1633
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neutrophil defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6503
ポリマ－3,4661
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Neutrophil defensin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4661
ポリマ－3,4661
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Neutrophil defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5582
ポリマ－3,4661
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Neutrophil defensin 1
ヘテロ分子

D: Neutrophil defensin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1876
ポリマ－6,9322
非ポリマー2554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_456x-1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area760 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area4310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.453, 50.083, 78.883
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Neutrophil defensin 1 / Defensin / alpha 1 / HNP-1 / HP-1 / HP1 / HP 1-56 / Neutrophil defensin 2 / HNP-2 / HP-2 / HP2


分子量: 3466.137 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 65-94 / 変異: G81A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P59665
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 Magnesium Chloride, 0.1M HEPES, pH7.5, 30% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月4日
放射モノクロメーター: side scattering I-beam bend single crystal, asymmetric cut 4.9650 deg
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 12600 / Num. obs: 12600 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.859 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 625 / Rsym value: 0.981 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1GNY

1gny


解像度: 1.9→42.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 5.885 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21219 610 4.9 %RANDOM
Rwork0.17508 ---
all0.17 11994 --
obs0.17683 11946 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.804 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.29 Å20 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3---0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数956 0 26 105 1087
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7871.9491384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9235120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg15.89118.18244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.59315146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2711516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0221.5602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6472952
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0173419
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6824.5430
LS精密化 シェル解像度: 1.898→1.947 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 41 -
Rwork0.221 839 -
obs--95.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.73550.07780.14463.39111.72081.2955-0.0744-0.08510.1317-0.3113-0.06150.1968-0.2165-0.14070.13590.08270.0137-0.02530.0508-0.04810.07720.43517.622714.8005
21.89260.09930.39225.2620.46622.10050.01580.0778-0.14440.0044-0.156-0.07140.14180.03250.14030.0203-0.00520.00830.0174-0.00280.03342.579910.0530.4713
31.8537-0.6525-0.43193.41564.525712.7749-0.0962-0.22730.19010.01580.3845-0.4892-0.09090.8779-0.28820.012-0.0014-0.00450.1287-0.08640.132814.94522.582916.9444
42.63780.078-0.25930.3002-0.14391.4791-0.01460.1620.2568-0.02480.0420.0679-0.0045-0.0636-0.02740.0056-0.0026-0.00770.04880.03030.042912.870413.318739.5337
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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