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- PDB-4ds1: The Structure of a Yeast Dyn2-Nup159 Complex and the Molecular Ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ds1
タイトルThe Structure of a Yeast Dyn2-Nup159 Complex and the Molecular Basis for the Dynein Light Chain - Nuclear Pore Interaction
要素
  • Dynein light chain 1, cytoplasmic
  • Nucleoporin NUP159
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/TRANSPORT PROTEIN / nucleoporin / Dynein Light Chain fold / Peptide Binding / Nuclear Pore / STRUCTURAL PROTEIN-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisomal importomer complex / nuclear pore localization / adenyl-nucleotide exchange factor activity / nuclear pore central transport channel / nuclear pore complex assembly / establishment of mitotic spindle localization / nuclear migration along microtubule / nuclear pore cytoplasmic filaments / NLS-bearing protein import into nucleus / structural constituent of nuclear pore ...peroxisomal importomer complex / nuclear pore localization / adenyl-nucleotide exchange factor activity / nuclear pore central transport channel / nuclear pore complex assembly / establishment of mitotic spindle localization / nuclear migration along microtubule / nuclear pore cytoplasmic filaments / NLS-bearing protein import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / cytoplasmic dynein complex / nucleocytoplasmic transport / dynein intermediate chain binding / poly(A)+ mRNA export from nucleus / establishment of mitotic spindle orientation / ribosomal large subunit export from nucleus / mRNA transport / nuclear pore / cytoplasmic microtubule / ribosomal small subunit export from nucleus / Neutrophil degranulation / nuclear periphery / protein export from nucleus / transcription corepressor activity / nuclear envelope / protein transport / nuclear membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin Nup159/Nup146, N-terminal / NUP159/214 beta propeller / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily ...Nucleoporin Nup159/Nup146, N-terminal / NUP159/214 beta propeller / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NUP159 / Dynein light chain 1, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.851 Å
データ登録者Slep, K.C. / Romes, E.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure of a yeast Dyn2-Nup159 complex and molecular basis for dynein light chain-nuclear pore interaction.
著者: Romes, E.M. / Tripathy, A. / Slep, K.C.
履歴
登録2012年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22012年7月25日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
B: Nucleoporin NUP159
C: Dynein light chain 1, cytoplasmic
D: Nucleoporin NUP159


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1574
ポリマ－24,1574
非ポリマー00
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area8380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.869, 47.971, 110.703
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dynein light chain 1, cytoplasmic


分子量: 10868.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: DYN2, SLC1, YDR424C / プラスミド: pGEX-6P2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysS / 参照: UniProt: Q02647
#2: タンパク質・ペプチド Nucleoporin NUP159 / Nuclear pore protein NUP159


分子量: 1210.249 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 1116-1126 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40477
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.3 M Ammonium acetate, 5% methyl pentanediol (v/v), 35% PEG 4000 (w/v), pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月25日 / 詳細: Osmic Mirrors
放射モノクロメーター: copper Kalpha / Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→29.2 Å / Num. obs: 15081 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 15.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 62.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2PG1 lacking bound peptide

2pg1


解像度: 1.851→29.249 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1869 1490 9.99 %Random 10%
Rwork0.1514 ---
all0.1548 16062 --
obs0.1548 14920 92.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.9 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.641 Å20 Å2-0 Å2
2--3.4708 Å20 Å2
3----2.8298 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.851→29.249 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1541 0 0 217 1758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061573
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.022127
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.475563
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003263
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8505-1.91660.2472940.1801847X-RAY DIFFRACTION60
1.9166-1.99340.18931230.1441109X-RAY DIFFRACTION78
1.9934-2.08410.17791480.1451316X-RAY DIFFRACTION93
2.0841-2.19390.18241570.14111408X-RAY DIFFRACTION99
2.1939-2.33130.19631540.14371407X-RAY DIFFRACTION99
2.3313-2.51120.2071590.1511437X-RAY DIFFRACTION100
2.5112-2.76380.21931580.16381428X-RAY DIFFRACTION100
2.7638-3.16330.18581600.15891447X-RAY DIFFRACTION100
3.1633-3.98380.15891630.14851471X-RAY DIFFRACTION100
3.9838-29.25220.18341740.14971560X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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