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万見
- PDB-4dq6: Crystal structure of PLP-bound putative aminotransferase from Clo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dq6
タイトルCrystal structure of PLP-bound putative aminotransferase from Clostridium difficile 630
要素Putative pyridoxal phosphate-dependent transferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / internal aldimine with pyridoxalphosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-S-conjugate beta-lyase / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Putative C-S lyase / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / Putative C-S lyase / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / cysteine-S-conjugate beta-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Shabalin, I.G. / Onopriyenko, O. / Kudritska, M. / Chruszcz, M. / Grimshaw, S. / Porebski, P.J. / Cooper, D.R. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structures of putative aminotransferase from Clostridium difficile 630
著者: Shabalin, I.G. / Onopriyenko, O. / Kudritska, M. / Grimshaw, S. / Chruszcz, M. / Porebski, P.J. / Cooper, D.R. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Minor, W.
履歴
登録2012年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative pyridoxal phosphate-dependent transferase
B: Putative pyridoxal phosphate-dependent transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7747
ポリマ－90,1732
非ポリマー6015
水18,5911032
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6480 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area28740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.426, 56.094, 85.275
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.330, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative pyridoxal phosphate-dependent transferase


分子量: 45086.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD2733, CD630_27330 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q183G9
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1032 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein: 0.3M NaCl, 10mM Hepes pH 7.5. Precipitant: 25%PEG 2K MME, 0.2M Na Chloride, 0.1M Na Citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97718 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 119055 / Num. obs: 118460 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Χ2: 1.188 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.5-1.533.40.4932.355590.82293.6
1.53-1.553.60.45457500.85397.9
1.55-1.583.80.40558610.85699.3
1.58-1.623.90.38859330.88299.9
1.62-1.6540.35559510.89399.8
1.65-1.6940.29758700.93699.9
1.69-1.734.10.27259340.92999.9
1.73-1.784.10.22159110.96199.9
1.78-1.834.10.18759570.99999.9
1.83-1.894.10.15559261.05199.9
1.89-1.964.10.12359191.12499.9
1.96-2.044.10.10459241.18100
2.04-2.134.10.08759541.241100
2.13-2.244.20.07659581.284100
2.24-2.384.20.07159611.355100
2.38-2.564.20.06759741.499100
2.56-2.824.20.06659581.743100
2.82-3.234.20.05759731.829100
3.23-4.074.10.04560381.515100
4.07-504.10.04861491.49599.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4DGT

4dgt


解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / WRfactor Rfree: 0.1863 / WRfactor Rwork: 0.1522 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8617 / SU B: 2.993 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.0698 / SU Rfree: 0.0731 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1862 5910 5 %RANDOM
Rwork0.1525 ---
all0.1542 118680 --
obs0.1542 118099 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.63 Å2 / Biso mean: 22.3319 Å2 / Biso min: 10.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.23 Å20 Å2-1.03 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3---2.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6258 0 33 1032 7323
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.026527
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8151.9678857
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.686310899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.075802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.53825.563311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.357151211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3531525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2971
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0217179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021247
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 439 -
Rwork0.251 7595 -
all-8034 -
obs-7595 94.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.70440.25050.05660.2259-0.13540.1136-0.00780.3265-0.1948-0.04290.0138-0.02810.02210.0359-0.00610.06590.00160.00330.1041-0.04660.02522.63219.29248.446
21.68840.20150.1570.3381-0.07430.07270.0157-0.21320.17310.0427-0.02910.02820.0058-0.0240.01350.0801-0.00310.01330.0713-0.02920.0211-4.633.14170.101
31.29490.0754-0.03030.3745-0.06290.1876-0.01570.1501-0.18280.00430.00930.04380.03360.00180.00640.0566-0.0030.01020.0424-0.02550.0359-11.51516.5956.129
41.29680.35130.0970.29650.01710.0646-0.02890.35140.1961-0.0487-0.00430.0419-0.0097-0.00310.03320.07860.00740.00960.16620.04550.039323.3434.51148.575
51.24990.12040.14680.2430.07510.22460.0388-0.0665-0.17170.0401-0.0132-0.0284-0.0033-0.007-0.02560.0763-0.0023-0.00090.03240.01220.02530.54920.65370.115
61.15060.16280.10950.40370.08350.2832-0.02420.21280.1203-0.00460.0129-0.0465-0.05090.02690.01120.063-0.00180.00530.05580.02880.025837.62737.07856.123
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2A62 - 266
3X-RAY DIFFRACTION3A267 - 388
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 61
5X-RAY DIFFRACTION5B62 - 266
6X-RAY DIFFRACTION6B267 - 388

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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