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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dp8 | ||||||
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タイトル | The 1.07 Angstrom crystal structure of reduced (CuI) poplar plastocyanin A at pH 4.0 | ||||||
![]() | Plastocyanin A, chloroplastic | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / membrane / thylakoid / transit peptide / plastocyanin-like domain / copper-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() electron transporter, transferring electrons from cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / chloroplast thylakoid lumen / chloroplast thylakoid membrane / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kachalova, G.S. / Shosheva, A.H. / Bourenkov, G.P. / Donchev, A.A. / Dimitrov, M.I. / Bartunik, H.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural comparison of the poplar plastocyanin isoforms PCa and PCb sheds new light on the role of the copper site geometry in interactions with redox partners in oxygenic photosynthesis. 著者: Kachalova, G.S. / Shosheva, A.C. / Bourenkov, G.P. / Donchev, A.A. / Dimitrov, M.I. / Bartunik, H.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4dp0C ![]() 4dp1C ![]() 4dp2C ![]() 4dp4C ![]() 4dp5C ![]() 4dp6C ![]() 4dp7C ![]() 4dp9C ![]() 4dpaC ![]() 4dpbC ![]() 4dpcC ![]() 1plcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10493.607 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 70-168 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CU1 / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.76 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 2.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium phosphate buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月5日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.07→15.85 Å / Num. all: 34778 / Num. obs: 33658 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 10.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 22.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.07→1.09 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1717 / % possible all: 90.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PLC 解像度: 1.07→15.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 0.832 / SU ML: 0.019 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.027 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.07→15.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.07→1.098 Å / Total num. of bins used: 20
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